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- PDB-6mob: Crystal structure of KIT1 in complex with DP2976 via co-crystalli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mob
タイトルCrystal structure of KIT1 in complex with DP2976 via co-crystallization
要素Mast/stem cell growth factor receptor Kit
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Deciphera / Kit1 kinase / DP2976 / decode / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants ...Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by extracellular domain mutants of KIT / stem cell factor receptor activity / hematopoietic stem cell migration / melanocyte adhesion / positive regulation of pyloric antrum smooth muscle contraction / positive regulation of colon smooth muscle contraction / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / melanocyte migration / Kit signaling pathway / positive regulation of dendritic cell cytokine production / regulation of bile acid metabolic process / positive regulation of small intestine smooth muscle contraction / immature B cell differentiation / mast cell differentiation / positive regulation of mast cell proliferation / mast cell chemotaxis / Fc receptor signaling pathway / glycosphingolipid metabolic process / mast cell proliferation / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / positive regulation of pseudopodium assembly / positive regulation of mast cell cytokine production / lymphoid progenitor cell differentiation / melanocyte differentiation / germ cell migration / myeloid progenitor cell differentiation / digestive tract development / erythropoietin-mediated signaling pathway / negative regulation of programmed cell death / embryonic hemopoiesis / lamellipodium assembly / tongue development / pigmentation / megakaryocyte development / Regulation of KIT signaling / stem cell population maintenance / mast cell degranulation / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / cytokine binding / growth factor binding / somatic stem cell population maintenance / hemopoiesis / ectopic germ cell programmed cell death / spermatid development / T cell differentiation / hematopoietic progenitor cell differentiation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / response to cadmium ion / ovarian follicle development / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / SH2 domain binding / B cell differentiation / acrosomal vesicle / cell chemotaxis / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / erythrocyte differentiation / epithelial cell proliferation / stem cell differentiation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / visual learning / Signaling by SCF-KIT / receptor protein-tyrosine kinase / cytokine-mediated signaling pathway / fibrillar center / cytoplasmic side of plasma membrane / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / male gonad development / cell-cell junction / PIP3 activates AKT signaling / regulation of cell shape / regulation of cell population proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / spermatogenesis / protease binding / protein autophosphorylation / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / inflammatory response
類似検索 - 分子機能
Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain ...Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JWY / NITRATE ION / Mast/stem cell growth factor receptor Kit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Safford, K. / Chun, L.
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2019
タイトル: Ripretinib (DCC-2618) Is a Switch Control Kinase Inhibitor of a Broad Spectrum of Oncogenic and Drug-Resistant KIT and PDGFRA Variants.
著者: Smith, B.D. / Kaufman, M.D. / Lu, W.P. / Gupta, A. / Leary, C.B. / Wise, S.C. / Rutkoski, T.J. / Ahn, Y.M. / Al-Ani, G. / Bulfer, S.L. / Caldwell, T.M. / Chun, L. / Ensinger, C.L. / Hood, M.M. ...著者: Smith, B.D. / Kaufman, M.D. / Lu, W.P. / Gupta, A. / Leary, C.B. / Wise, S.C. / Rutkoski, T.J. / Ahn, Y.M. / Al-Ani, G. / Bulfer, S.L. / Caldwell, T.M. / Chun, L. / Ensinger, C.L. / Hood, M.M. / McKinley, A. / Patt, W.C. / Ruiz-Soto, R. / Su, Y. / Telikepalli, H. / Town, A. / Turner, B.A. / Vogeti, L. / Vogeti, S. / Yates, K. / Janku, F. / Abdul Razak, A.R. / Rosen, O. / Heinrich, M.C. / Flynn, D.L.
履歴
登録2018年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,66616
ポリマ－35,3321
非ポリマー1,33415
水5,603311
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area15570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.699, 80.699, 145.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Mast/stem cell growth factor receptor Kit / SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c- ...SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c-kit / v-kit Hardy-Zuckerman 4 feline sarcoma viral oncogene homolog


分子量: 35331.887 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 566-693,754-935 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIT, SCFR / プラスミド: pBACgus / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): TniPro / 参照: UniProt: P10721, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-JWY / N-{4-chloro-5-[1-ethyl-7-(methylamino)-2-oxo-1,2-dihydro-1,6-naphthyridin-3-yl]-2-fluorophenyl}-N'-phenylurea


分子量: 465.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H21ClFN5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.2 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12 mg/mL Kit1 protein in 20 mM Tris pH 8.0, 0.25 M sodium chloride, 5 mM imidazole, 5 mM DTT, 1 mM EDTA, crystallant: 2.5 M ammonium nitrate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 5-fold molar excess ...詳細: 12 mg/mL Kit1 protein in 20 mM Tris pH 8.0, 0.25 M sodium chloride, 5 mM imidazole, 5 mM DTT, 1 mM EDTA, crystallant: 2.5 M ammonium nitrate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 5-fold molar excess DP2976, Crystal ID 204905d1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月17日
放射モノクロメーター: DCM with cryo-cooled 1st crystal sagittally bent 2nd crystal followed by vertically focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 43821 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.52 / Num. unique obs: 4487 / Χ2: 0.97 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Beryllium, internal model

解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.064 / SU ML: 0.065 / SU R Cruickshank DPI: 0.1031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 2217 5.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.183 43799 96.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 67 Å2 / Biso mean: 25.35 Å2 / Biso min: 10.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2412 0 89 311 2812
Biso mean--33.73 39.15 -
残基数----306
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222639
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4891.9993581
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6425334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.76823.333105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.67415458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9971515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212011
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 165 -
Rwork0.26 3055 -
all-3220 -
obs--98.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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