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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mo6 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the selenomethionine-substituted human sulfide:quinone oxidoreductase | |||||||||
![]() | Sulfide:quinone oxidoreductase, mitochondrial | |||||||||
![]() | membrane protein / oxidoreductase / sulfide:quinone oxidoreductase / Rossman fold / hydrogen sulfide metabolism / thiocystine | |||||||||
機能・相同性 | ![]() eukaryotic sulfide quinone oxidoreductase / glutathione-dependent sulfide quinone oxidoreductase activity / sulfide oxidation, using sulfide:quinone oxidoreductase / Sulfide oxidation to sulfate / sulfide:quinone oxidoreductase activity / quinone binding / FAD binding / mitochondrial inner membrane / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Jackson, M.R. / Jorns, M.S. / Loll, P.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: X-Ray Structure of Human Sulfide:Quinone Oxidoreductase: Insights into the Mechanism of Mitochondrial Hydrogen Sulfide Oxidation. 著者: Jackson, M.R. / Loll, P.J. / Jorns, M.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 336.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 285.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47062.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9Y6N5, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; キノンおよび類縁体が電子受容体 #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.79 % 解説: bright yellow obelisk-shaped crystals with typical linear dimensions of 0.08 x 0.08 x 0.5 cubic mm |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 500 uL reservoir of 20% (w/v) glycerol, 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 0.3-0.5 M ammonium acetate, 7-10% (w/v) PEG 4,000, 0.1% (w/v) 1,2-diheptanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (DHPC) ...詳細: 500 uL reservoir of 20% (w/v) glycerol, 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 0.3-0.5 M ammonium acetate, 7-10% (w/v) PEG 4,000, 0.1% (w/v) 1,2-diheptanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (DHPC), 310 uM decylubiquinone (DCQ; stock in 10% (w/v) DHPC) and 10 mM sodium thiosulfate pentahydrate. To the coverslip; apply 1 uL aliquot of 10.66% (w/v) 1-Oleoyl-rac-glycerol (monoolein; stock in ethanol) and air dry for 3 minutes. Add 1uL enzyme followed by 1uL reservoir condition (no mixing). Temp details: daily fluctuation as low as 288K to 302K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月7日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.59→68.72 Å / Num. obs: 68911 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 85.7 % / Biso Wilson estimate: 40.5 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.251 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.253 / Net I/σ(I): 22.9 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 151.83 Å2 / Biso mean: 39.568 Å2 / Biso min: 17.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.59→62.692 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24
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