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- PDB-6mnr: Rhesus macaque anti-HIV V3 antibody DH753 with gp120 V3 ZAM18 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mnr
タイトルRhesus macaque anti-HIV V3 antibody DH753 with gp120 V3 ZAM18 peptide
要素
  • Ab DH753 heavy chain Fab fragment
  • Ab DH753 light chain
  • Envelope glycoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 gp120 V3 antibody
機能・相同性Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / viral envelope / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Envelope glycoprotein
機能・相同性情報
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Nicely, N.I.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI120801 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1-AI100645 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Difficult-to-neutralize global HIV-1 isolates are neutralized by antibodies targeting open envelope conformations.
著者: Han, Q. / Jones, J.A. / Nicely, N.I. / Reed, R.K. / Shen, X. / Mansouri, K. / Louder, M. / Trama, A.M. / Alam, S.M. / Edwards, R.J. / Bonsignori, M. / Tomaras, G.D. / Korber, B. / Montefiori, ...著者: Han, Q. / Jones, J.A. / Nicely, N.I. / Reed, R.K. / Shen, X. / Mansouri, K. / Louder, M. / Trama, A.M. / Alam, S.M. / Edwards, R.J. / Bonsignori, M. / Tomaras, G.D. / Korber, B. / Montefiori, D.C. / Mascola, J.R. / Seaman, M.S. / Haynes, B.F. / Saunders, K.O.
履歴
登録2018年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: Envelope glycoprotein
H: Ab DH753 heavy chain Fab fragment
L: Ab DH753 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5777
ポリマ－49,2273
非ポリマー3504
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area19870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.855, 71.817, 134.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#1: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein


分子量: 2394.710 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: A0A0K0KAD3

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Ab DH753 heavy chain Fab fragment


分子量: 24036.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK-293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Ab DH753 light chain


分子量: 22795.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK-293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 3種, 88分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium sulfate decahydrate, 20% PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 23370 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / Rpim(I) all: 0.035 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 1154 / Rpim(I) all: 0.237 / Rsym value: 0.525 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBs 5JR1, 5IIE

5jr1

5iie


解像度: 2.201→43.41 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.58
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2545 1999 8.57 %Random selection
Rwork0.1919 ---
obs0.1972 23313 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.201→43.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3309 0 19 84 3412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093417
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1294647
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2781198
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005588
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2008-2.25580.31761390.25191485X-RAY DIFFRACTION99
2.2558-2.31680.34391420.23861517X-RAY DIFFRACTION100
2.3168-2.38490.39021390.24651478X-RAY DIFFRACTION100
2.3849-2.46190.31441400.22931493X-RAY DIFFRACTION100
2.4619-2.54990.3451420.22071506X-RAY DIFFRACTION100
2.5499-2.6520.27421400.22011498X-RAY DIFFRACTION100
2.652-2.77270.27091410.22961503X-RAY DIFFRACTION100
2.7727-2.91880.30481410.221504X-RAY DIFFRACTION100
2.9188-3.10160.30021430.22671517X-RAY DIFFRACTION100
3.1016-3.3410.23131430.22671522X-RAY DIFFRACTION100
3.341-3.67710.27751430.19141524X-RAY DIFFRACTION100
3.6771-4.20880.21981450.161558X-RAY DIFFRACTION100
4.2088-5.30110.17471470.13451555X-RAY DIFFRACTION100
5.3011-43.41880.23321540.17431654X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3089-0.053-1.08963.6996-0.03495.2986-0.20430.4156-0.1878-0.34440.1949-0.01460.39020.17030.03650.3255-0.0452-0.05970.31080.07430.2799-29.2767-10.9584-17.2738
26.2040.4940.33143.1894-0.5463.09680.0369-0.3866-0.1422-0.0517-0.01480.02830.13630.18470.00080.1821-0.0252-0.01170.26970.05750.1987-24.9575-9.1973-8.9719
33.22741.9157-1.65923.3203-2.67224.65470.05310.1120.1355-0.54470.0055-0.10260.05150.0567-0.0130.38370.01060.02780.1620.01270.3397-42.07242.5331-33.7422
44.2504-1.97491.26725.374-1.72386.1834-0.0464-0.80750.62660.7581-0.1044-0.1659-1.0892-0.2430.11820.6604-0.1069-0.01890.534-0.24930.477-23.333413.55680.3671
54.1875-1.13241.52276.4639-1.3685.060.0918-0.39830.80730.307-0.2259-0.0811-0.45160.00640.16780.2775-0.0926-0.01360.3441-0.08640.3701-20.67539.909-6.3074
64.94130.46952.76014.74781.45534.4530.1344-0.1019-0.2457-0.09680.09230.2513-0.1945-0.3122-0.19850.42860.03980.05430.19650.03920.3598-51.33614.9447-28.4847
75.64042.20143.61984.82422.94622.9161-0.33750.31310.6860.9596-0.1909-0.52670.15191.13450.53070.399-0.0196-0.0470.50670.07780.3964-10.5215-4.51872.2845
88.48593.94681.33733.76453.59684.7988-0.5395-0.63020.4260.41390.221-1.0744-0.16510.61160.12430.2393-0.0427-0.16320.59980.06020.5259-11.1933-4.5522-2.1874
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain H and resid 1:26)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain H and resid 27:113)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain H and resid 114:214)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain L and resid 2:32)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain L and resid 33:106A)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain L and resid 107:208)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain P and resid 305:309)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain P and resid 312:320)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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