PDB-6mlp: Crystal structure of the periplasmic Lysine-, Arginine-, Ornithin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mlp

タイトル

Crystal structure of the periplasmic Lysine-, Arginine-, Ornithine-binding protein (LAO) Y14A mutant from Salmonella typhimurium complexed with histidine

要素

Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Periplasmic Binding Protein / LAO / Thermodynamics / Protein Ligand Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.485 Å

データ登録者

Romero-Romero, S. / Vergara, R. / Espinoza-Perez, G. / Rodriguez-Romero, A.

資金援助

メキシコ, 4件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: The interplay of protein-ligand and water-mediated interactions shape affinity and selectivity in the LAO binding protein.
著者: Vergara, R. / Romero-Romero, S. / Velazquez-Lopez, I. / Espinoza-Perez, G. / Rodriguez-Hernandez, A. / Pulido, N.O. / Sosa-Peinado, A. / Rodriguez-Romero, A. / Fernandez-Velasco, D.A.

履歴

登録	2018年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mlp.cif.gz	115.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mlp.ent.gz	86.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mlp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mlp_validation.pdf.gz	741.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mlp_full_validation.pdf.gz	741.6 KB	表示
XML形式データ	6mlp_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	6mlp_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mlp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mlp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mkuC 6mkwC 6mkxC 6ml0C 6ml9C 6mlaC 6mldC 6mleC 6mlgC 6mliC 6mljC 6mlnC 6mloC 6mlvC 1lagS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mla-d 6ml9-d 6mle-d 6mln-d 6mlg-d 6mlj-2 6mlo-d 1lag-d 1lah-d 6ft2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

E: Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

26.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.990, 57.219, 101.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein / LAO-binding protein 分子量: 25966.219 Da / 分子数: 1 / 変異: Y14A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: argT, STM2355 / プラスミド: pET12b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: P02911
#2: 化合物	ChemComp-HIS / HISTIDINE / ヒスチジン-N^α,3-ジカチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.37 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate. 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 30% w/v Polyethylene glycol 8,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月9日 / 詳細: Osmic VariMax Cu-HF
放射	モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→50 Å / Num. obs: 70935 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.8 % / B_iso Wilson estimate: 9 Å² / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 24.7
反射シェル	解像度: 1.48→1.51 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.719 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3362 / CC_1/2: 0.673 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LAG

1lag

解像度: 1.485→31.064 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.95

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1822	2000	5.56 %
R_work	0.1559	-	-
obs	0.1573	67388	98.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.485→31.064 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1785	0	27	245	2057

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1871
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.028	2532
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.605	678
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	284
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	330

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4851-1.5039	0.3386	124	0.2874	2054	X-RAY DIFFRACTION	86
1.5039-1.5237	0.2816	134	0.2682	2235	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5237-1.5445	0.2596	136	0.2475	2336	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5445-1.5666	0.2725	135	0.228	2267	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5666-1.59	0.2263	143	0.2154	2390	X-RAY DIFFRACTION	98
1.59-1.6148	0.2078	135	0.2071	2292	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6148-1.6413	0.2062	138	0.1906	2343	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6413-1.6696	0.2389	138	0.1971	2399	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6696-1.7	0.2301	138	0.1836	2329	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7-1.7327	0.1912	142	0.1764	2362	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7327-1.768	0.1874	135	0.1752	2386	X-RAY DIFFRACTION	99
1.768-1.8065	0.2092	138	0.1573	2374	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8065-1.8485	0.1815	147	0.1587	2424	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8485-1.8947	0.1865	136	0.146	2348	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8947-1.9459	0.159	145	0.1464	2435	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9459-2.0032	0.1676	138	0.1383	2353	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0032-2.0678	0.1812	141	0.1353	2426	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0678-2.1417	0.1417	146	0.1325	2366	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1417-2.2274	0.1484	142	0.1301	2367	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2274-2.3288	0.1486	142	0.1396	2407	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3288-2.4515	0.1749	141	0.1428	2416	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4515-2.605	0.1807	137	0.1422	2370	X-RAY DIFFRACTION	100
2.605-2.806	0.1792	138	0.1492	2381	X-RAY DIFFRACTION	100
2.806-3.0882	0.1881	136	0.1427	2418	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0882-3.5345	0.167	138	0.1337	2370	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5345-4.451	0.1599	145	0.1231	2402	X-RAY DIFFRACTION	100
4.451-31.0709	0.1592	142	0.1621	2388	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 10.6843 Å / Origin y: -0.3222 Å / Origin z: -12.7057 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.019 Å²	0.0016 Å²	-0.0027 Å²	-	0.0311 Å²	-0.0026 Å²	-	-	0.0222 Å²
L	0.3905 °²	0.0557 °²	0.1239 °²	-	0.4143 °²	0.0685 °²	-	-	0.4301 °²
S	-0.023 Å °	0.0205 Å °	0.0069 Å °	-0.0034 Å °	0.0112 Å °	0.0199 Å °	-0.0031 Å °	0.0089 Å °	-0.0004 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)