PDB-6mln: Crystal structure of the periplasmic Lysine-, Arginine-, Ornithin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mln

タイトル

Crystal structure of the periplasmic Lysine-, Arginine-, Ornithine-binding protein (LAO) S72A mutant from Salmonella typhimurium complexed with arginine

要素

Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Periplasmic Binding Protein / LAO / Thermodynamics / Protein Ligand Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.721 Å

データ登録者

Romero-Romero, S. / Vergara, R. / Espinoza-Perez, G. / Rodriguez-Romero, A.

資金援助

メキシコ, 4件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: The interplay of protein-ligand and water-mediated interactions shape affinity and selectivity in the LAO binding protein.
著者: Vergara, R. / Romero-Romero, S. / Velazquez-Lopez, I. / Espinoza-Perez, G. / Rodriguez-Hernandez, A. / Pulido, N.O. / Sosa-Peinado, A. / Rodriguez-Romero, A. / Fernandez-Velasco, D.A.

履歴

登録	2018年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mln.cif.gz	116.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mln.ent.gz	88.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mln.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mln_validation.pdf.gz	451.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mln_full_validation.pdf.gz	451.7 KB	表示
XML形式データ	6mln_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	6mln_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mln ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mln	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mkuC 6mkwC 6mkxC 6ml0C 6ml9C 6mlaC 6mldC 6mleC 6mlgC 6mliC 6mljC 6mloC 6mlpC 6mlvC 1lafS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mlp-d 6ml9-d 6mla-d 1lah-d 6mle-d 6mlj-2 5gkw-4 6mlg-d 1lag-d 6ft2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

E: Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

26.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.804, 59.050, 115.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein / LAO-binding protein 分子量: 26042.314 Da / 分子数: 1 / 変異: S72A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: argT, STM2355 / プラスミド: pET12b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: P02911
#2: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate. 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 30% w/v Polyethylene glycol 8,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月16日 / 詳細: Osmic VariMax Cu-HF
放射	モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 54116 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / B_iso Wilson estimate: 13.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 44.1
反射シェル	解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.385 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique obs: 2679 / CC_1/2: 0.91 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LAF

1laf

解像度: 1.721→32.225 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1747	2000	7.25 %
R_work	0.144	-	-
obs	0.1462	51410	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.721→32.225 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1762	0	50	266	2078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1836
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.999	2472
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.459	652
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	273
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	322

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7212-1.743	0.2427	135	0.1935	1744	X-RAY DIFFRACTION	96
1.743-1.7659	0.2456	138	0.1867	1715	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7659-1.7901	0.2186	139	0.1681	1778	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7901-1.8157	0.1846	139	0.1691	1768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8157-1.8428	0.2025	139	0.1559	1802	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8428-1.8716	0.1882	137	0.1455	1716	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8716-1.9023	0.153	145	0.1501	1786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9023-1.9351	0.1879	144	0.1393	1786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9351-1.9703	0.1818	137	0.1487	1739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9703-2.0082	0.2044	137	0.1602	1761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0082-2.0491	0.1934	143	0.1422	1802	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0491-2.0937	0.2216	136	0.1359	1746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0937-2.1424	0.1583	136	0.1381	1757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1424-2.1959	0.1412	136	0.1343	1773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1959-2.2553	0.1817	133	0.1341	1783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2553-2.3216	0.2008	141	0.1421	1778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3216-2.3966	0.1721	139	0.1442	1744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3966-2.4822	0.1948	136	0.1417	1798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4822-2.5815	0.1801	138	0.1422	1757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5815-2.699	0.156	137	0.1352	1764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.699-2.8412	0.1744	135	0.1417	1780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8412-3.0191	0.1742	136	0.1321	1764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0191-3.252	0.1574	138	0.1339	1767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.252-3.5788	0.1641	133	0.124	1755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5788-4.0958	0.1388	140	0.1304	1799	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0958-5.1569	0.1365	139	0.1393	1755	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1569-32.2309	0.2149	141	0.1894	1766	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 3.0487 Å / Origin y: -0.1307 Å / Origin z: -12.922 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0304 Å²	0.0032 Å²	0.0008 Å²	-	0.0512 Å²	-0.0004 Å²	-	-	0.0436 Å²
L	0.6236 °²	0.2094 °²	-0.1468 °²	-	0.6792 °²	0.0902 °²	-	-	0.8974 °²
S	-0.0244 Å °	0.0333 Å °	-0.0136 Å °	0.0005 Å °	0.0202 Å °	-0.06 Å °	0.0199 Å °	-0.0242 Å °	-0.0002 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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