PDB-6mle: Crystal structure of the periplasmic Lysine-, Arginine-, Ornithin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mle

タイトル

Crystal structure of the periplasmic Lysine-, Arginine-, Ornithine-binding protein (LAO) from Salmonella typhimurium complexed with arginine

要素

Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Periplasmic Binding Protein / LAO / Thermodynamics / Protein Ligand Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid binding / amino acid transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.858 Å

データ登録者

Romero-Romero, S. / Vergara, R. / Espinoza-Perez, G. / Rodriguez-Romero, A.

資金援助

メキシコ, 4件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: The interplay of protein-ligand and water-mediated interactions shape affinity and selectivity in the LAO binding protein.
著者: Vergara, R. / Romero-Romero, S. / Velazquez-Lopez, I. / Espinoza-Perez, G. / Rodriguez-Hernandez, A. / Pulido, N.O. / Sosa-Peinado, A. / Rodriguez-Romero, A. / Fernandez-Velasco, D.A.

履歴

登録	2018年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mle.cif.gz	118.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mle.ent.gz	90.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mle.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mle ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mle	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mkuC 6mkwC 6mkxC 6ml0C 6ml9C 6mlaC 6mldC 6mlgC 6mliC 6mljC 6mlnC 6mloC 6mlpC 6mlvC 1lafS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mlp-d 6ml9-d 6mlg-d 6mla-d 1lag-d 6mlj-2 1lst-d 1z4o-2 6mln-d 6ft2-d 6mlo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

E: Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

26.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.318, 58.931, 115.383
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein / LAO-binding protein 分子量: 26058.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: argT, STM2355 / プラスミド: pET12b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: P02911
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.57 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate. 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 30% w/v Polyethylene glycol 8,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月16日 / 詳細: Osmic VariMax Cu-HF
放射	モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 40694 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 22 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2001 / CC_1/2: 0.614 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LAF

1laf

解像度: 1.858→32.208 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.51

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2264	1915	9.2 %
R_work	0.1709	-	-
obs	0.1761	38659	93.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.858→32.208 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1802	0	20	325	2147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1852
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.934	2499
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.554	668
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	277
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	328

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8583-1.8838	0.3579	128	0.2999	1223	X-RAY DIFFRACTION	80
1.8838-1.9107	0.3329	125	0.2685	1279	X-RAY DIFFRACTION	88
1.9107-1.9392	0.3094	135	0.2409	1347	X-RAY DIFFRACTION	88
1.9392-1.9695	0.3221	140	0.2443	1342	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9695-2.0018	0.3101	128	0.2288	1335	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0018-2.0363	0.2482	133	0.2018	1366	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0363-2.0733	0.2882	144	0.2091	1390	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0733-2.1132	0.2473	142	0.2063	1372	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1132-2.1563	0.2519	139	0.202	1336	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1563-2.2032	0.2886	143	0.1913	1414	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2032-2.2544	0.2891	144	0.1873	1416	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2544-2.3108	0.2349	138	0.205	1392	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3108-2.3733	0.2752	148	0.181	1412	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3733-2.4431	0.2526	142	0.1738	1435	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4431-2.5219	0.2732	135	0.1787	1434	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5219-2.612	0.2311	146	0.1851	1407	X-RAY DIFFRACTION	95
2.612-2.7165	0.2504	149	0.1937	1444	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7165-2.8401	0.2188	146	0.1833	1432	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8401-2.9897	0.2494	151	0.1761	1457	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9897-3.1769	0.2189	146	0.1705	1485	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1769-3.4219	0.2208	153	0.1646	1468	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4219-3.7658	0.1794	156	0.1425	1458	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7658-4.3097	0.1718	144	0.1227	1491	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3097-5.4255	0.1707	154	0.1185	1473	X-RAY DIFFRACTION	98
5.4255-32.2132	0.1823	149	0.1527	1493	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 3.0358 Å / Origin y: 0.39 Å / Origin z: -12.9407 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0633 Å²	0.0083 Å²	0.0001 Å²	-	0.0833 Å²	-0.0049 Å²	-	-	0.0753 Å²
L	0.3161 °²	0.1368 °²	0.0246 °²	-	0.7159 °²	0.1213 °²	-	-	0.4227 °²
S	-0.0193 Å °	0.0415 Å °	-0.0059 Å °	-0.0036 Å °	0.018 Å °	-0.0308 Å °	0.026 Å °	0.0096 Å °	0.0009 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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