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- PDB-6mkm: Crystallographic solvent mapping analysis of DMSO/Tris bound to APE1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mkm
タイトルCrystallographic solvent mapping analysis of DMSO/Tris bound to APE1
要素DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
キーワードLYASE / Apurinic/apyrimidinic endonuclease / DNA repair / abasic site / solvent mapping
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of Abasic Sites (AP sites) / phosphodiesterase activity, acting on 3'-phosphoglycolate-terminated DNA strands / telomere maintenance via base-excision repair / class II DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / site-specific endodeoxyribonuclease activity, specific for altered base / DNA-(abasic site) binding / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / double-stranded telomeric DNA binding / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / phosphodiesterase I activity ...Resolution of Abasic Sites (AP sites) / phosphodiesterase activity, acting on 3'-phosphoglycolate-terminated DNA strands / telomere maintenance via base-excision repair / class II DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / site-specific endodeoxyribonuclease activity, specific for altered base / DNA-(abasic site) binding / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / double-stranded telomeric DNA binding / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / phosphodiesterase I activity / exodeoxyribonuclease III / 3'-5'-DNA exonuclease activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / phosphoric diester hydrolase activity / DNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / uracil DNA N-glycosylase activity / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / base-excision repair, gap-filling / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / regulation of mRNA stability / telomere maintenance / cell redox homeostasis / DNA endonuclease activity / base-excision repair / chromatin DNA binding / transcription corepressor activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / endonuclease activity / regulation of apoptotic process / DNA recombination / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / transcription coactivator activity / oxidoreductase activity / ribosome / nuclear speck / DNA repair / centrosome / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AP endonucleases family 1 signature 2. / AP endonuclease 1, conserved site / AP endonucleases family 1 signature 3. / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase ...AP endonucleases family 1 signature 2. / AP endonuclease 1, conserved site / AP endonucleases family 1 signature 3. / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair nuclease/redox regulator APEX1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.673 Å
データ登録者Georgiadis, M.M. / He, H. / Chen, Q.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA205166 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery of Macrocyclic Inhibitors of Apurinic/Apyrimidinic Endonuclease 1.
著者: Trilles, R. / Beglov, D. / Chen, Q. / He, H. / Wireman, R. / Reed, A. / Chennamadhavuni, S. / Panek, J.S. / Brown, L.E. / Vajda, S. / Porco Jr., J.A. / Kelley, M.R. / Georgiadis, M.M.
履歴
登録2018年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4146
ポリマ－32,0111
非ポリマー4035
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint18 kcal/mol
Surface area12420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.552, 136.601, 45.084
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / APEX nuclease / APEN / Apurinic-apyrimidinic endonuclease 1 / APE-1 / REF-1 / Redox factor-1


分子量: 32011.375 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 40-318 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APEX1, APE, APE1, APEX, APX, HAP1, REF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P27695, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES, pH 6.0, 200 mM sodium chloride, 18-21% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.07109 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月25日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07109 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→50 Å / Num. obs: 32466 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 17.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.027 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 138760
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.67-1.72.90.38413070.639179.4
1.7-1.733.50.3914040.626183.3
1.73-1.763.70.34114460.644188.4
1.76-1.83.90.27815080.722188
1.8-1.843.90.2615470.849193.3
1.84-1.8840.2215720.873193.1
1.88-1.9340.19316041.083196.9
1.93-1.9840.16416401.102196.9
1.98-2.0440.14416711.134198.5
2.04-2.140.12916691.061199.2
2.1-2.184.20.1216501.118199
2.18-2.274.30.11316971.15199.5
2.27-2.374.60.10916901.096199.2
2.37-2.494.80.09516801.128199.2
2.49-2.6550.08817061.157199.6
2.65-2.865.10.07616921.087199.4
2.86-3.1450.07117201.085199.4
3.14-3.64.80.06417241.122198.6
3.6-4.534.50.05717201.125197.9
4.53-504.70.05318191.063196.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.673→37.626 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2497 1652 5.1 %
Rwork0.2046 --
obs0.2069 32423 95.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / Bsol: 51.416 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 96.47 Å2 / Biso mean: 24.53 Å2 / Biso min: 4.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.2921 Å20 Å2-0 Å2
2--10.7169 Å2-0 Å2
3----4.4247 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.673→37.626 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2228 0 24 158 2410
Biso mean--32.56 29.6 -
残基数----281
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042328
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9343157
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064333
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004410
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.325857
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6726-1.72190.37981060.28342065217178
1.7219-1.77740.32561200.26012315243588
1.7774-1.8410.30221270.22832410253791
1.841-1.91470.28361270.2182523265095
1.9147-2.00180.27291430.20882573271697
2.0018-2.10730.23181530.19782646279999
2.1073-2.23940.28321360.20152674281099
2.2394-2.41220.25371540.20352650280499
2.4122-2.65490.25221600.20252663282399
2.6549-3.0390.28621450.19732706285199
3.039-3.82820.20481540.18512710286499
3.8282-37.63560.20771270.18732836296397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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