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- PDB-6mis: Native ananain in complex with E-64 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mis
タイトルNative ananain in complex with E-64
要素Ananain
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Pineapple cysteine protease E-64 inhibitor Complex / PLANT PROTEIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ananain / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E64 / Ananain
類似検索 - 構成要素
生物種Ananas comosus (アナナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Yongqing, T. / Wilmann, P.G. / Pike, R.N. / Wijeyewickrema, L.C.
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2019
タイトル: Determination of the crystal structure and substrate specificity of ananain.
著者: Yongqing, T. / Wilmann, P.G. / Pan, J. / West, M.L. / Brown, T.J. / Mynott, T. / Pike, R.N. / Wijeyewickrema, L.C.
履歴
登録2018年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.22019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ananain
B: Ananain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4524
ポリマ－46,7312
非ポリマー7212
水2,432135
1
A: Ananain
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, Gel electrophoresis of ananain inhibited by E-64 confirmed that native ananain is 24 kDa, which is in agreement with the predicted mass based on the single ...根拠: native gel electrophoresis, Gel electrophoresis of ananain inhibited by E-64 confirmed that native ananain is 24 kDa, which is in agreement with the predicted mass based on the single polypeptide chain of ananain. Ananain-E64 complex lost the hydrolytic activity of ananain.
  • 23.7 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7262
ポリマ－23,3651
非ポリマー3601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ananain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7262
ポリマ－23,3651
非ポリマー3601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.463, 84.340, 85.177
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ananain


分子量: 23365.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ananas comosus (アナナス) / 参照: UniProt: P80884, ananain
#2: 化合物 ChemComp-E64 / N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE


分子量: 360.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30N5O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 % / 解説: Yellow-green colour rods of 0.1 - 0.2 mm
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: The inhibited ananain was desalted using a PD10 column equilibrated with 20 mM Tris, pH 8.0, 20 mM NaCl and then concentrated to 6.5 mg/ml. A reservoir solution comprised of 72% (w/v) MPD, 0. ...詳細: The inhibited ananain was desalted using a PD10 column equilibrated with 20 mM Tris, pH 8.0, 20 mM NaCl and then concentrated to 6.5 mg/ml. A reservoir solution comprised of 72% (w/v) MPD, 0.1 M Tris, pH 8.8. Equal reservoir to protein ratio with streak seeding using previous native ananain crystals
PH範囲: 8.6-8.9

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953689 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953689 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→85.18 Å / Num. obs: 33613 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.98→2.09 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 4647 / Rpim(I) all: 0.349 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IWD.pdb

1iwd


解像度: 1.98→59.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 2.727 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.032
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2296 1678 5 %RANDOM
Rwork0.1942 ---
obs0.1959 31884 96.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 73.72 Å2 / Biso mean: 21.548 Å2 / Biso min: 8.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.75 Å20 Å20 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3---5.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→59.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3282 0 50 135 3467
Biso mean--36.52 21.7 -
残基数----430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0193416
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023087
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8491.9364621
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1173.0017137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9785428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.82123.099142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.0215529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6651522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2485
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02770
LS精密化 シェル解像度: 1.968→2.019 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 85 -
Rwork0.383 1574 -
all-1659 -
obs--65.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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