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- PDB-6miq: Crystal structure of Taf14 YEATS domain in complex with histone H3K9bu -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6miq
タイトルCrystal structure of Taf14 YEATS domain in complex with histone H3K9bu
要素
  • Histone H3K9bu
  • Transcription initiation factor TFIID subunit 14
キーワードTRANSCRIPTION / Epigenetic / Histone reader
機能・相同性
機能・相同性情報


NuA3b histone acetyltransferase complex / NuA3a histone acetyltransferase complex / NuA3 histone acetyltransferase complex / transcription factor TFIIF complex / Ino80 complex / mediator complex / SWI/SNF complex / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / Chromatin modifying enzymes ...NuA3b histone acetyltransferase complex / NuA3a histone acetyltransferase complex / NuA3 histone acetyltransferase complex / transcription factor TFIIF complex / Ino80 complex / mediator complex / SWI/SNF complex / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / Chromatin modifying enzymes / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / histone binding / gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / cadherin binding / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / DNA repair / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
SAS complex subunit SAS5/transcription initiation factor TFIID subunit 14 / YEATS domain / YEATS / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. ...SAS complex subunit SAS5/transcription initiation factor TFIID subunit 14 / YEATS domain / YEATS / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription initiation factor TFIID subunit 14 / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Klein, B.J. / Andrews, F.H. / Vann, K.R. / Kutateladze, T.G.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the pi-pi-pi stacking mechanism and DNA-binding activity of the YEATS domain.
著者: Klein, B.J. / Vann, K.R. / Andrews, F.H. / Wang, W.W. / Zhang, J. / Zhang, Y. / Beloglazkina, A.A. / Mi, W. / Li, Y. / Li, H. / Shi, X. / Kutateladze, A.G. / Strahl, B.D. / Liu, W.R. / Kutateladze, T.G.
履歴
登録2018年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 14
C: Histone H3K9bu


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0682
ポリマ－17,0682
非ポリマー00
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, HSQC NMR titration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area8180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.149, 113.149, 26.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 14 / Actin non-complementing mutant 1 / Chromosome stability protein 10 / SWI/SNF chromatin-remodeling ...Actin non-complementing mutant 1 / Chromosome stability protein 10 / SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit TAF14 / SWI/SNF complex 29 kDa subunit / SWI/SNF complex subunit TAF14 / TBP-associated factor 14 / TBP-associated factor 30 kDa / Transcription factor G 30 kDa subunit / Transcription initiation factor TFIIF 30 kDa subunit


分子量: 16180.497 Da / 分子数: 1 / 断片: YEATS domain residues 1-137 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TAF14, ANC1, CST10, SWP29, TAF30, TFG3, YPL129W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35189
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3K9bu


分子量: 888.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 44% PEG600 (v/v) and 0.2 M citric acid (pH 6.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→98 Å / Num. obs: 31249 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.9 % / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 34
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Rsym value: 0.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IOK

5iok


解像度: 1.75→56.575 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2178 1073 5.42 %
Rwork0.1719 --
obs0.1745 19811 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→56.575 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1190 0 0 206 1396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061249
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9091703
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.9731052
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006224
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7501-1.82970.25251070.20912316X-RAY DIFFRACTION100
1.8297-1.92620.22981350.19652292X-RAY DIFFRACTION100
1.9262-2.04690.21921420.17842330X-RAY DIFFRACTION100
2.0469-2.20490.20681150.18252349X-RAY DIFFRACTION100
2.2049-2.42680.21591540.17582300X-RAY DIFFRACTION100
2.4268-2.7780.22431400.18072341X-RAY DIFFRACTION100
2.778-3.49990.24791290.16942363X-RAY DIFFRACTION100
3.4999-56.60410.19951510.15732447X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4345-2.44050.18433.6614-0.29180.4725-0.0682-0.0239-0.19530.13650.05330.04470.16060.0070.03150.21610.03870.02830.1506-0.01350.1225-23.8834129.47770.5894
27.74072.8946-5.61094.6884-1.43144.33150.1582-0.70320.23881.6049-0.33270.3770.24720.22980.17940.46260.0434-0.00650.2969-0.01180.2896-13.4627116.13219.9755
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID -3:137 )A-3 - 137
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND ( RESID 4:8 OR RESID 9:9 ) )C4 - 8
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN C AND ( RESID 4:8 OR RESID 9:9 ) )C9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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