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- PDB-6mil: Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with histone H3K9bu -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mil
タイトルCrystal structure of AF9 YEATS domain in complex with histone H3K9bu
要素
  • Histone H3K9bu
  • Protein AF-9
キーワードTRANSCRIPTION / Epigenetic / Histone reader
機能・相同性
機能・相同性情報


modification-dependent protein binding / histone H3K9ac reader activity / histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / hematopoietic stem cell differentiation ...modification-dependent protein binding / histone H3K9ac reader activity / histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / hematopoietic stem cell differentiation / Chromatin modifying enzymes / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / : / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / epigenetic regulation of gene expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / transcription elongation factor complex / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / nucleosome / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / chromosome / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Oxidative Stress Induced Senescence / histone binding / molecular adaptor activity / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
YEATS domain / AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. ...YEATS domain / AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Protein AF-9 / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Vann, K.R. / Klein, B.J. / Kutateladze, T.G.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the pi-pi-pi stacking mechanism and DNA-binding activity of the YEATS domain.
著者: Klein, B.J. / Vann, K.R. / Andrews, F.H. / Wang, W.W. / Zhang, J. / Zhang, Y. / Beloglazkina, A.A. / Mi, W. / Li, Y. / Li, H. / Shi, X. / Kutateladze, A.G. / Strahl, B.D. / Liu, W.R. / Kutateladze, T.G.
履歴
登録2018年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein AF-9
B: Histone H3K9bu
C: Protein AF-9
D: Histone H3K9bu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7236
ポリマ－37,5154
非ポリマー2082
水6,161342
1
A: Protein AF-9
B: Histone H3K9bu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8643
ポリマ－18,7582
非ポリマー1061
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area9050 Å2
手法PISA
2
C: Protein AF-9
D: Histone H3K9bu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8603
ポリマ－18,7582
非ポリマー1021
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area9010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.989, 44.913, 70.804
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

HOH

21A-419-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Protein AF-9 / ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated ...ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated to chromosome 3 protein / YEATS domain-containing protein 3


分子量: 16611.160 Da / 分子数: 2 / 断片: YEATS domain residues 1-138 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLLT3, AF9, YEATS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42568
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3K9bu


分子量: 2146.497 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM sodium malonate, 100 mM Bis-Tris propane pH 8.5, and 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 27470 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 6.1 % / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.93→2 Å / Rsym value: 0.407

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TMP

4tmp


解像度: 1.93→48.819 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2358 1818 7.27 %
Rwork0.1828 --
obs0.1866 25016 84.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→48.819 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2438 0 14 342 2794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072543
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9313421
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.895982
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055347
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006448
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9301-1.98230.3067740.2702966X-RAY DIFFRACTION46
1.9823-2.04060.3374910.26611159X-RAY DIFFRACTION55
2.0406-2.10640.27361100.23721357X-RAY DIFFRACTION66
2.1064-2.18170.26991320.22931631X-RAY DIFFRACTION78
2.1817-2.26910.34461320.24391722X-RAY DIFFRACTION82
2.2691-2.37240.28291490.23141906X-RAY DIFFRACTION91
2.3724-2.49740.31591530.22331949X-RAY DIFFRACTION94
2.4974-2.65390.27821520.22942013X-RAY DIFFRACTION95
2.6539-2.85880.28871600.22792021X-RAY DIFFRACTION96
2.8588-3.14640.25911600.19252057X-RAY DIFFRACTION98
3.1464-3.60160.22581650.16022100X-RAY DIFFRACTION100
3.6016-4.53710.17691680.13062127X-RAY DIFFRACTION100
4.5371-48.83490.18361720.15342190X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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