[日本語] English
万見
- PDB-6mii: Crystal structure of minichromosome maintenance protein MCM/DNA c... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mii
タイトルCrystal structure of minichromosome maintenance protein MCM/DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • Minichromosome maintenance protein MCM
キーワードHYDROLASE/DNA / MCM / DNA / helicase / AAA+ / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MCM complex / helicase activity / single-stranded DNA binding / DNA helicase / DNA replication / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / : / MCM protein C-terminal winged helix-turn-helix domain / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein ...mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / : / MCM protein C-terminal winged helix-turn-helix domain / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-08T / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Minichromosome maintenance protein MCM
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Enemark, E.J. / Meagher, M. / Epling, L.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM098771 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: DNA translocation mechanism of the MCM complex and implications for replication initiation.
著者: Meagher, M. / Epling, L.B. / Enemark, E.J.
履歴
登録2018年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Minichromosome maintenance protein MCM
B: Minichromosome maintenance protein MCM
C: Minichromosome maintenance protein MCM
D: Minichromosome maintenance protein MCM
E: Minichromosome maintenance protein MCM
F: Minichromosome maintenance protein MCM
X: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)418,75425
ポリマ－415,4577
非ポリマー3,29618
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The MCM complex forms a well-established hexameric ring.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area51890 Å2
ΔGint-259 kcal/mol
Surface area142540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.665, 186.665, 281.489
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 7分子 ABCDEFX

#1: タンパク質
Minichromosome maintenance protein MCM


分子量: 68641.961 Da / 分子数: 6
変異: UNP residues 2-265, GGSGGS linker, UNP residues 275-612
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: MCM, SSO0774 / プラスミド: pEE078.1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q9UXG1, DNA helicase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 3605.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 36分子

#3: 化合物 ChemComp-08T / [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium


分子量: 492.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H14BeF3N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.3 % / 解説: long tetragonal rod
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50 mM MES, pH 6.0, 100 mM sodium chloride, 20 mM magnesium chloride, 9% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月26日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. obs: 84725 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.125 / Rrim(I) all: 0.036 / Χ2: 0.743 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 3.15→3.26 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 1.789 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 7600 / CC1/2: 0.245 / Rpim(I) all: 0.877 / Rrim(I) all: 2.007 / Χ2: 0.515 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 4R7Y & 2VL6

4r7y

2vl6


解像度: 3.15→44.698 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2413 4259 5.06 %
Rwork0.1881 --
obs0.1908 84156 96.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→44.698 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28089 201 186 18 28494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00729024
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04439349
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.3817932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0584519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064974
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1436-3.17930.3773830.35681581X-RAY DIFFRACTION59
3.1793-3.21670.39261190.34342357X-RAY DIFFRACTION86
3.2167-3.25590.37611470.32172430X-RAY DIFFRACTION92
3.2559-3.29710.36711280.30542619X-RAY DIFFRACTION96
3.2971-3.34050.33641630.29242679X-RAY DIFFRACTION98
3.3405-3.38620.33881320.2822681X-RAY DIFFRACTION99
3.3862-3.43460.34051440.27562640X-RAY DIFFRACTION99
3.4346-3.48580.28361310.26212703X-RAY DIFFRACTION99
3.4858-3.54030.31211460.24772683X-RAY DIFFRACTION99
3.5403-3.59830.29111580.23532681X-RAY DIFFRACTION99
3.5983-3.66030.27691500.21582672X-RAY DIFFRACTION99
3.6603-3.72680.30661400.21362678X-RAY DIFFRACTION99
3.7268-3.79850.24151600.21032689X-RAY DIFFRACTION99
3.7985-3.8760.25891390.20852690X-RAY DIFFRACTION99
3.876-3.96020.26651370.20742691X-RAY DIFFRACTION99
3.9602-4.05230.26791480.19062712X-RAY DIFFRACTION99
4.0523-4.15350.24841360.18782722X-RAY DIFFRACTION99
4.1535-4.26570.22061470.16862693X-RAY DIFFRACTION99
4.2657-4.39120.21531540.16742701X-RAY DIFFRACTION99
4.3912-4.53280.23261280.16782738X-RAY DIFFRACTION99
4.5328-4.69460.23631350.16812718X-RAY DIFFRACTION99
4.6946-4.88230.25661410.16762745X-RAY DIFFRACTION99
4.8823-5.10430.21461650.17182708X-RAY DIFFRACTION99
5.1043-5.37290.2321380.17362761X-RAY DIFFRACTION99
5.3729-5.70890.23481490.17612747X-RAY DIFFRACTION99
5.7089-6.14870.27421600.19882759X-RAY DIFFRACTION99
6.1487-6.76560.28971420.19662781X-RAY DIFFRACTION99
6.7656-7.74020.26571500.17792808X-RAY DIFFRACTION100
7.7402-9.73520.16521300.15322870X-RAY DIFFRACTION100
9.7352-44.7030.19021590.16682960X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.5199-2.31730.47119.88890.4297.07480.05470.77951.0407-1.16280.3206-0.2892-1.02991.2538-0.32391.2191-0.32270.2220.9583-0.00821.092999.246261.112148.0194
28.34490.2152-0.49379.0907-3.10776.3865-0.216-0.11780.8784-0.23710.037-0.41140.3957-0.44120.18731.0676-0.20070.07450.7735-0.09111.132481.05947.754658.0624
38.80433.49415.41163.22870.5258.5547-1.3115-1.72370.8975-0.1695-1.0353-0.0791-0.9619-0.32062.22731.5695-0.033-0.13181.8219-0.38862.067388.684768.425179.2514
42.3472-1.55250.60133.75830.19573.2047-0.1314-0.1299-0.21620.53770.3510.82820.0283-0.5188-0.17711.02530.1270.43970.87310.1791.192855.03550.527230.325
53.95891.1957-0.22875.7696-1.62778.06820.1091-0.4099-1.12570.0955-0.5721-1.29130.99511.37820.46261.36580.27440.10871.4520.26641.418697.582314.884564.2806
68.3580.2746-1.93872.3395-2.17737.9428-0.0387-0.43010.08420.1034-0.2512-0.09690.03170.4610.30691.20370.0214-0.04910.82030.05890.901675.715922.874672.8846
77.87351.97220.19585.10723.59872.7507-0.6132-1.1141.51411.3682-0.3878-0.6476-1.75152.52330.40081.6679-0.387-0.50091.7793-0.1091.369795.448345.518880.1017
84.1121.9484-1.81563.5946-1.46894.13070.27540.07730.3631-0.03130.13930.2192-0.34660.0230.03231.114-0.02730.22380.5795-0.0461.010558.089316.788342.7132
99.6376-2.93731.4046.97720.15647.47950.2261-0.1676-0.85110.4301-0.3535-0.52750.4120.42210.11171.0245-0.0434-0.05660.96890.27810.908869.0373.4472104.5545
106.9663-1.791-1.71483.85751.32326.4153-0.0324-0.38120.04430.25940.35670.2381-0.27110.3808-0.3291.346-0.07030.07811.08770.15320.810356.862622.31794.9337
119.52643.8239-0.13139.4872-0.40797.27070.5923-0.23740.3021.7522-0.7151-2.4556-1.07281.48880.01381.6163-0.444-0.40961.9968-0.00961.596186.412129.962496.0022
123.6419-0.3918-0.49382.93450.18423.15050.3309-0.31710.027-0.19250.0310.1054-0.031-0.313-0.27420.8435-0.08430.16810.69760.1550.83337.40135.539269.7693
134.8553-1.0150.17025.60924.68039.594-0.1301-1.64430.05672.03280.44010.1514-0.4659-0.0648-0.2852.32570.33810.31871.95260.04350.961839.185736.3602124.866
141.8077-0.24830.49265.47170.74214.4091-0.0245-0.13730.47320.71580.57970.145-0.1977-0.5063-0.50441.65050.28180.17741.54980.02781.086842.604546.6314102.4627
156.6693-0.29690.12924.4528-0.57466.20970.3352-1.05050.59871.5468-0.2676-0.7467-1.20780.856-0.0932.2953-0.3602-0.26442.0314-0.12441.481370.806837.9072111.2112
163.4808-0.4030.14983.3110.53712.020.0497-0.1237-0.05530.28110.22440.2802-0.1216-0.7131-0.21921.02750.23250.37461.2510.28450.883415.831728.303786.6707
173.6211-2.56542.8126.3460.44683.46170.5748-0.71920.87362.4794-0.15751.0128-1.944-1.8342-0.33413.37170.26480.89841.7754-0.02491.871639.367384.5066107.0728
181.78042.06721.51757.117-2.64886.61040.27660.32870.38370.99670.05260.2136-0.9182-0.26-0.40052.15070.42430.33121.60950.14611.956447.170571.171187.4917
196.98690.6293.36662.27071.45094.60790.1016-0.4473-0.42990.19530.4589-1.4979-0.30850.3773-0.53022.4650.0456-0.17911.6275-0.29162.078363.533760.4759111.588
202.0695-0.0124-0.46984.5311-1.19831.72990.21560.14320.64790.46820.14110.5219-0.5063-0.7163-0.1681.62680.57980.60841.56050.36071.476914.14762.246175.7249
211.29340.903-2.26952.9666-3.49665.5551.1254-0.29142.8378-0.11890.6838-0.6479-3.30290.2006-0.92153.0639-0.0940.75481.2964-0.05963.065966.943596.337167.451
224.7695-2.5127-3.09811.45982.38645.80710.6308-0.38251.3434-0.24940.3123-0.8502-0.7487-0.6686-0.90211.6122-0.1310.20140.9320.25381.595466.316871.646864.7809
239.15732.36532.24116.62684.71133.45211.9357-2.0350.77280.97350.5057-1.7984-0.62810.3853-2.60362.7451-0.57410.25032.4262-0.49621.933372.411975.242795.0684
242.9202-0.1124-1.07211.5232-1.09424.11030.03350.0530.17980.23620.14590.1929-0.6465-0.6662-0.01941.70170.57230.53331.11530.32091.298733.555373.188147.6767
253.4783-0.86725.15830.2069-1.28477.6539-0.91831.41930.5410.4683-0-2.3581-2.9489-0.45710.37322.0040.17780.78351.42640.37461.903244.50640.979368.38
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN F AND RESID 7:107 )F7 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN F AND ( RESID 108:134 OR RESID 190:265 ) )F108 - 134
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN F AND ( RESID 108:134 OR RESID 190:265 ) )F190 - 265
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN F AND ( RESID 135:189 OR RESID 2002:2002 ) )F135 - 189
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN F AND ( RESID 135:189 OR RESID 2002:2002 ) )F2002
6X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN F AND ( RESID 275:604 OR RESID 2001:2001 OR RESID 2003:2003 ) )F275 - 604
7X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN F AND ( RESID 275:604 OR RESID 2001:2001 OR RESID 2003:2003 ) )F2001
8X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN F AND ( RESID 275:604 OR RESID 2001:2001 OR RESID 2003:2003 ) )F2003
9X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 7:107 )A7 - 107
10X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND ( RESID 108:134 OR RESID 190:265 ) )A108 - 134
11X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND ( RESID 108:134 OR RESID 190:265 ) )A190 - 265
12X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND ( RESID 135:189 OR RESID 2002:2002 ) )A135 - 189
13X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND ( RESID 135:189 OR RESID 2002:2002 ) )A2002
14X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND ( RESID 275:604 OR RESID 2001:2001 OR RESID 2003:2003 ) )A275 - 604
15X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND ( RESID 275:604 OR RESID 2001:2001 OR RESID 2003:2003 ) )A2001
16X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND ( RESID 275:604 OR RESID 2001:2001 OR RESID 2003:2003 ) )A2003
17X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 7:107 )B7 - 107
18X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND ( RESID 108:134 OR RESID 190:265 ) )B108 - 134
19X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND ( RESID 108:134 OR RESID 190:265 ) )B190 - 265
20X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND ( RESID 135:189 OR RESID 2002:2002 ) )B135 - 189
21X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND ( RESID 135:189 OR RESID 2002:2002 ) )B2002
22X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND ( RESID 275:604 OR RESID 2001:2001 OR RESID 2003:2003 ) )B275 - 604
23X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND ( RESID 275:604 OR RESID 2001:2001 OR RESID 2003:2003 ) )B2001
24X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND ( RESID 275:604 OR RESID 2001:2001 OR RESID 2003:2003 ) )B2003
25X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 7:107 )C7 - 107
26X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND ( RESID 108:134 OR RESID 190:265 ) )C108 - 134
27X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND ( RESID 108:134 OR RESID 190:265 ) )C190 - 265
28X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND ( RESID 135:189 OR RESID 2002:2002 ) )C135 - 189
29X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND ( RESID 135:189 OR RESID 2002:2002 ) )C2002
30X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND ( RESID 275:604 OR RESID 2001:2001 OR RESID 2003:2003 ) )C275 - 604
31X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND ( RESID 275:604 OR RESID 2001:2001 OR RESID 2003:2003 ) )C2001
32X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND ( RESID 275:604 OR RESID 2001:2001 OR RESID 2003:2003 ) )C2003
33X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 7:107 )D7 - 107
34X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND ( RESID 108:134 OR RESID 190:265 ) )D108 - 134
35X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND ( RESID 108:134 OR RESID 190:265 ) )D190 - 265
36X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND ( RESID 135:189 OR RESID 2002:2002 ) )D135 - 189
37X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND ( RESID 135:189 OR RESID 2002:2002 ) )D2002
38X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND ( RESID 275:604 OR RESID 2001:2001 OR RESID 2003:2003 ) )D275 - 604
39X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND ( RESID 275:604 OR RESID 2001:2001 OR RESID 2003:2003 ) )D2001
40X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND ( RESID 275:604 OR RESID 2001:2001 OR RESID 2003:2003 ) )D2003
41X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN E AND RESID 7:107 )E7 - 107
42X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN E AND ( RESID 108:134 OR RESID 190:265 ) )E108 - 134
43X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN E AND ( RESID 108:134 OR RESID 190:265 ) )E190 - 265
44X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN E AND ( RESID 135:189 OR RESID 2002:2002 ) )E135 - 189
45X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN E AND ( RESID 135:189 OR RESID 2002:2002 ) )E2002
46X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN E AND ( RESID 275:607 OR RESID 2001:2001 OR RESID 2003:2003 ) )E275 - 607
47X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN E AND ( RESID 275:607 OR RESID 2001:2001 OR RESID 2003:2003 ) )E2001
48X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN E AND ( RESID 275:607 OR RESID 2001:2001 OR RESID 2003:2003 ) )E2003
49X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN X AND RESID 2:11 )X2 - 11

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る