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万見
- PDB-6mid: Cryo-EM structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragment... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mid
タイトルCryo-EM structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195
要素
  • E protein
  • M protein
  • monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain
  • monoclonal antibody ZIKV-195 light chain
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / virus / monoclonal antibody / complex / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...immunoglobulin complex / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / molecular adaptor activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / immune response / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / centrosome / GTP binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus envelope glycoprotein M-like / Monooxygenase - #260 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Monooxygenase ...Flavivirus envelope glycoprotein M-like / Monooxygenase - #260 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Monooxygenase / : / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Immunoglobulin lambda variable 1-36
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Long, F. / Rossmann, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)AI076331 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Structural basis of a potent human monoclonal antibody against Zika virus targeting a quaternary epitope.
著者: Feng Long / Michael Doyle / Estefania Fernandez / Andrew S Miller / Thomas Klose / Madhumati Sevvana / Aubrey Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Richard J Kuhn / Michael S Diamond / ...著者: Feng Long / Michael Doyle / Estefania Fernandez / Andrew S Miller / Thomas Klose / Madhumati Sevvana / Aubrey Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Richard J Kuhn / Michael S Diamond / James E Crowe / Michael G Rossmann /
要旨: Zika virus (ZIKV) is a major human pathogen and member of the genus in the Flaviviridae family. In contrast to most other insect-transmitted flaviviruses, ZIKV also can be transmitted sexually and ...Zika virus (ZIKV) is a major human pathogen and member of the genus in the Flaviviridae family. In contrast to most other insect-transmitted flaviviruses, ZIKV also can be transmitted sexually and from mother to fetus in humans. During recent outbreaks, ZIKV infections have been linked to microcephaly, congenital disease, and Guillain-Barré syndrome. Neutralizing antibodies have potential as therapeutic agents. We report here a 4-Å-resolution cryo-electron microscopy structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195. The footprint of the ZIKV-195 Fab fragment expands across two adjacent envelope (E) protein protomers. ZIKV neutralization by this antibody is presumably accomplished by cross-linking the E proteins, which likely prevents formation of E protein trimers required for fusion of the viral and cellular membranes. A single dose of ZIKV-195 administered 5 days after virus inoculation showed marked protection against lethality in a stringent mouse model of infection.
履歴
登録2018年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9131
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9131
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E protein
B: M protein
C: E protein
D: M protein
E: E protein
F: M protein
H: monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain
L: monoclonal antibody ZIKV-195 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,99611
ポリマ－214,7228
非ポリマー1,2733
水00
1
A: E protein
B: M protein
C: E protein
D: M protein
E: E protein
F: M protein
H: monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain
L: monoclonal antibody ZIKV-195 light chain
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,959,739660
ポリマ－12,883,347480
非ポリマー76,392180
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: E protein
B: M protein
C: E protein
D: M protein
E: E protein
F: M protein
H: monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain
L: monoclonal antibody ZIKV-195 light chain
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.08 MDa, 40 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,079,97855
ポリマ－1,073,61240
非ポリマー6,36615
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: E protein
B: M protein
C: E protein
D: M protein
E: E protein
F: M protein
H: monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain
L: monoclonal antibody ZIKV-195 light chain
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.3 MDa, 48 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,295,97466
ポリマ－1,288,33548
非ポリマー7,63918
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 E protein


分子量: 54444.051 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 291-794 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Zika virus (isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013) (ジカ熱ウイルス)
株: isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013 / 参照: UniProt: A0A024B7W1
#2: タンパク質 M protein


分子量: 8496.883 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 216-290 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Zika virus (isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013) (ジカ熱ウイルス)
株: isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013 / 参照: UniProt: A0A024B7W1
#3: 抗体 monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain


分子量: 14148.739 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab variable domain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 monoclonal antibody ZIKV-195 light chain


分子量: 11750.902 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab variable domain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0B4J1U3
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195COMPLEXPurified from infected Vero cells overexpressing the furin protease#1-#40MULTIPLE SOURCES
2Zika virusVIRUS#1-#21NATURAL
3monoclonal antibody ZIKV-195COMPLEX#3-#41NATURAL
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
12Zika virus (isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013) (ジカ熱ウイルス)2043570isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013
23Homo sapiens (ヒト)9606
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 8 / 詳細: NTE buffer at pH 8.0
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris1
2120 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMEDTA1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Fab fragments were mixed with purified mature virus particles to make complexes.
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1691

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1FindEM粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8EMfitモデルフィッティング
10jspr初期オイラー角割当
11jspr最終オイラー角割当
12RELION分類
13jspr３次元再構成
20PHENIXモデル精密化real space refinement
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10687
詳細: The map was masked by removing the internal nucleic acid region and the external background region.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: The occupancy of bound Fabs was low. Due to poor density, only the variable domain of Fab molecule was modeled and fit into one of the three Fab binding sites on each icosahedral asymmetric unit.
原子モデル構築PDB-ID: 6CO8

6co8


Accession code: 6CO8 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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