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- PDB-6mh8: High-viscosity injector-based Pink Beam Serial Crystallography of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mh8
タイトルHigh-viscosity injector-based Pink Beam Serial Crystallography of Micro-crystals at a Synchrotron Radiation Source
要素Adenosine receptor A2a, Soluble cytochrome b562 chimeric construct
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / Pink beam serial crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / sensory perception / positive regulation of urine volume ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / sensory perception / positive regulation of urine volume / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / synaptic transmission, dopaminergic / : / inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of vascular permeability / synaptic transmission, cholinergic / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / positive regulation of glutamate secretion / blood circulation / response to caffeine / intermediate filament / eating behavior / presynaptic active zone / alpha-actinin binding / membrane depolarization / regulation of calcium ion transport / asymmetric synapse / axolemma / : / cellular defense response / prepulse inhibition / phagocytosis / response to amphetamine / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / regulation of mitochondrial membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of long-term synaptic potentiation / locomotory behavior / central nervous system development / astrocyte activation / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of protein secretion / apoptotic signaling pathway / electron transport chain / positive regulation of apoptotic signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / blood coagulation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / postsynaptic membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / periplasmic space / electron transfer activity / calmodulin binding / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / glutamatergic synapse / lipid binding / apoptotic process / dendrite / heme binding / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZMA / Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Martin-Garcia, J.M. / Zhu, L. / Mendez, D. / Lee, M. / Chun, E. / Li, C. / Hu, H. / Subramanian, G. / Kissick, D. / Ogata, C. ...Martin-Garcia, J.M. / Zhu, L. / Mendez, D. / Lee, M. / Chun, E. / Li, C. / Hu, H. / Subramanian, G. / Kissick, D. / Ogata, C. / Henning, R. / Ishchenko, A. / Dobson, Z. / Zhan, S. / Weierstall, U. / Spence, J.C.H. / Fromme, P. / Zatsepin, N.A. / Fischetti, R.F. / Cherezov, V. / Liu, W.
資金援助 米国, 10件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1565180 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R21DA042298 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM124152 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM095583 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM127086 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R24GM111072 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ACB-12002 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AGM12006 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: High-viscosity injector-based pink-beam serial crystallography of microcrystals at a synchrotron radiation source.
著者: Martin-Garcia, J.M. / Zhu, L. / Mendez, D. / Lee, M.Y. / Chun, E. / Li, C. / Hu, H. / Subramanian, G. / Kissick, D. / Ogata, C. / Henning, R. / Ishchenko, A. / Dobson, Z. / Zhang, S. / ...著者: Martin-Garcia, J.M. / Zhu, L. / Mendez, D. / Lee, M.Y. / Chun, E. / Li, C. / Hu, H. / Subramanian, G. / Kissick, D. / Ogata, C. / Henning, R. / Ishchenko, A. / Dobson, Z. / Zhang, S. / Weierstall, U. / Spence, J.C.H. / Fromme, P. / Zatsepin, N.A. / Fischetti, R.F. / Cherezov, V. / Liu, W.
履歴
登録2018年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell / Item: _reflns.pdbx_R_split / _reflns_shell.pdbx_R_split
改定 1.32019年11月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62023年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a, Soluble cytochrome b562 chimeric construct
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3122
ポリマ－49,9741
非ポリマー3371
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.000, 179.000, 142.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a, Soluble cytochrome b562 chimeric construct / Cytochrome b-562


分子量: 49974.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29274, UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-ZMA / 4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol / ZM-241385


分子量: 337.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N7O2 / コメント: アンタゴニスト*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5 / 詳細: sodium citrate pH 5.0, PEG 400, sodium thiocyanate

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.033-1.67
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月24日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0331
21.671
反射解像度: 4.2→50 Å / Num. obs: 4021 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 11.5 % / R split: 0.27 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 4.2→4.3 Å / R split: 0.262

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
CrystFELデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UVI

5uvi


解像度: 4.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.841 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.798 / SU B: 84.914 / SU ML: 1.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.27 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28767 353 10 %RANDOM
Rwork0.24997 ---
obs0.25385 3179 87.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 58.074 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.82 Å2-0 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 4.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2978 0 25 0 3003
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0193073
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022985
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0431.9584192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86136789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0735387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.51823.675117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.45815475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1281513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.2499
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023466
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02731
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4025.9511560
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3825.9461559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2228.9061943
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2238.9111944
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8535.9221513
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8525.9211514
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.478.822250
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.52254.85413268
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.52254.85313269
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 4.2→4.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 22 -
Rwork0.208 209 -
obs--78.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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