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- PDB-6mgn: mouse Id1 (51-104) - human hE47 (348-399) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mgn
タイトルmouse Id1 (51-104) - human hE47 (348-399) complex
要素
  • DNA-binding protein inhibitor ID-1
  • Transcription factor E2-alpha
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-binding protein inhibitor ID-1 / transcription factor E2-alpha isoform E47 [Homo sapiens]
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin D response element binding / regulation of vasculature development / negative regulation of endothelial cell differentiation / Oncogene Induced Senescence / negative regulation of dendrite morphogenesis / bHLH transcription factor binding / immunoglobulin V(D)J recombination / lung vasculature development / positive regulation of actin filament bundle assembly / collagen metabolic process ...vitamin D response element binding / regulation of vasculature development / negative regulation of endothelial cell differentiation / Oncogene Induced Senescence / negative regulation of dendrite morphogenesis / bHLH transcription factor binding / immunoglobulin V(D)J recombination / lung vasculature development / positive regulation of actin filament bundle assembly / collagen metabolic process / endothelial cell morphogenesis / endothelial cell apoptotic process / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / TGFBR3 expression / transcription regulator inhibitor activity / negative regulation of cold-induced thermogenesis / B cell lineage commitment / proteasome binding / Myogenesis / lung morphogenesis / E-box binding / regulation of MAPK cascade / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of cell cycle / BMP signaling pathway / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of angiogenesis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / B cell differentiation / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / protein destabilization / circadian regulation of gene expression / euchromatin / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / circadian rhythm / heart development / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nervous system development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / cell differentiation / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / negative regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-binding protein inhibitor / : / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor E2-alpha / DNA-binding protein inhibitor ID-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Benezra, R. / Pavletich, N.P. / Gall, A.-L. / Goldgur, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)PO1 CA094060 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: A Small-Molecule Pan-Id Antagonist Inhibits Pathologic Ocular Neovascularization.
著者: Wojnarowicz, P.M. / Lima E Silva, R. / Ohnaka, M. / Lee, S.B. / Chin, Y. / Kulukian, A. / Chang, S.H. / Desai, B. / Garcia Escolano, M. / Shah, R. / Garcia-Cao, M. / Xu, S. / Kadam, R. / ...著者: Wojnarowicz, P.M. / Lima E Silva, R. / Ohnaka, M. / Lee, S.B. / Chin, Y. / Kulukian, A. / Chang, S.H. / Desai, B. / Garcia Escolano, M. / Shah, R. / Garcia-Cao, M. / Xu, S. / Kadam, R. / Goldgur, Y. / Miller, M.A. / Ouerfelli, O. / Yang, G. / Arakawa, T. / Albanese, S.K. / Garland, W.A. / Stoller, G. / Chaudhary, J. / Norton, L. / Soni, R.K. / Philip, J. / Hendrickson, R.C. / Iavarone, A. / Dannenberg, A.J. / Chodera, J.D. / Pavletich, N. / Lasorella, A. / Campochiaro, P.A. / Benezra, R.
履歴
登録2018年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor E2-alpha
B: DNA-binding protein inhibitor ID-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7272
ポリマ－11,7272
非ポリマー00
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area6550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.962, 54.962, 81.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-738-

HOH

21A-753-

HOH

31A-758-

HOH

41A-780-

HOH

51B-259-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor E2-alpha / Class B basic helix-loop-helix protein 21 / bHLHb21 / Immunoglobulin enhancer-binding factor ...Class B basic helix-loop-helix protein 21 / bHLHb21 / Immunoglobulin enhancer-binding factor E12/E47 / Immunoglobulin transcription factor 1 / Kappa-E2-binding factor / Transcription factor 3 / TCF-3 / Transcription factor ITF-1


分子量: 6142.190 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 558-609 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCF3, BHLHB21, E2A, ITF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15923
#2: タンパク質・ペプチド DNA-binding protein inhibitor ID-1 / Inhibitor of DNA binding 1 / Inhibitor of differentiation 1


分子量: 5584.515 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 59-104 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Id1, Id, Id-1, Idb1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20067
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.38 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M potassium phosphate (pH 6.0), 0.25 M NaCl, 22.5% PEG8000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 10249 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7 % / Rpim(I) all: 0.026 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 29.3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Rsym value: 0.317

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T9O

5t9o
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.901→19.432 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2175 1059 10.33 %
Rwork0.1827 --
obs0.1861 10248 98.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→19.432 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数817 0 0 167 984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007823
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7141103
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2525
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048128
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004143
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9005-1.9870.32291170.23261123X-RAY DIFFRACTION99
1.987-2.09160.22351300.17861132X-RAY DIFFRACTION100
2.0916-2.22250.21071220.17221142X-RAY DIFFRACTION99
2.2225-2.39380.20321380.16941128X-RAY DIFFRACTION99
2.3938-2.63420.22971410.17511135X-RAY DIFFRACTION99
2.6342-3.01410.2111470.18721132X-RAY DIFFRACTION98
3.0141-3.79280.18481260.17461165X-RAY DIFFRACTION98
3.7928-19.4330.22931380.18981232X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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