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- PDB-6mfl: Structure of siderophore binding protein BauB bound to a complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mfl
タイトルStructure of siderophore binding protein BauB bound to a complex between two molecules of acinetobactin and ferric iron.
要素Siderophore Binding Protein BauB
キーワードMETAL TRANSPORT / Siderophore Binding Protein / periplasmic protein / substrate binding protein / iron acquisition
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
FatB domain / : / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-OPV / BauB
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gulick, A.M. / Bailey, D.C. / Wencewicz, T.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI116998 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of the Siderophore Binding Protein BauB Bound to an Unusual 2:1 Complex Between Acinetobactin and Ferric Iron.
著者: Bailey, D.C. / Bohac, T.J. / Shapiro, J.A. / Giblin, D.E. / Wencewicz, T.A. / Gulick, A.M.
履歴
登録2018年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 1.42024年5月1日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Siderophore Binding Protein BauB
B: Siderophore Binding Protein BauB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,14410
ポリマ－69,5232
非ポリマー1,6218
水6,702372
1
A: Siderophore Binding Protein BauB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5725
ポリマ－34,7621
非ポリマー8114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Siderophore Binding Protein BauB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5725
ポリマ－34,7621
非ポリマー8114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.762, 137.055, 56.208
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Siderophore Binding Protein BauB / Probable ferric acinetobactin binding protein


分子量: 34761.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: bauB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76HK0
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-OPV / ~{N}-[(4~{S},5~{S})-2-[2-(1~{H}-imidazol-4-yl)ethyl]-5-methyl-3-oxidanylidene-1,2-oxazolidin-4-yl]-2,3-bis(oxidanyl)benzamide / アシネトバクチン


分子量: 346.338 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.0941.21
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2871蒸気拡散法, ハンギングドロップ法625% PEG MME 5k, 50 mM MES
2872蒸気拡散法, ハンギングドロップ法834% PEG 4k, 100 mM EPPS

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11131
21131
31132
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL12-210.9795
シンクロトロンSSRL BL12-220.9795
シンクロトロンAPS 23-ID-D31.0332
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS3 6M1PIXEL
DECTRIS PILATUS3 6M2PIXEL2018年2月10日
DECTRIS PILATUS3 6M3PIXEL2017年11月12日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
21.03321
31
反射

Entry-ID: 6MFL

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Rmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.9-684458099.27.80.970.1780.0560.204111.6
1.9-6826033887.36.70.9950.090.0560.106211.8
1.99-45.63814997.73.20.9410.190.1434.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.9-26.40.576.7379280.9740.0760.204190.5
1.99-2.0430.5812.226100.4190.45291.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GFV

3gfv


解像度: 1.9→56.208 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.48
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2138 2140 4.84 %random
Rwork0.1694 ---
obs0.1715 44255 98.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→56.208 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4422 0 110 372 4904
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114658
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1186335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1542787
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069710
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007825
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94420.21731300.16492785X-RAY DIFFRACTION96
1.9442-1.99280.24451430.16822751X-RAY DIFFRACTION97
1.9928-2.04670.22811740.16662698X-RAY DIFFRACTION97
2.0467-2.10690.22021400.18192789X-RAY DIFFRACTION98
2.1069-2.17490.21951630.16372780X-RAY DIFFRACTION99
2.1749-2.25270.2711510.16452815X-RAY DIFFRACTION99
2.2527-2.34290.18971330.15782837X-RAY DIFFRACTION99
2.3429-2.44950.20481510.16422775X-RAY DIFFRACTION99
2.4495-2.57860.20641350.16282800X-RAY DIFFRACTION98
2.5786-2.74020.23641340.16252852X-RAY DIFFRACTION100
2.7402-2.95180.20241350.17052863X-RAY DIFFRACTION100
2.9518-3.24880.26311390.18082812X-RAY DIFFRACTION99
3.2488-3.71880.18581360.16912865X-RAY DIFFRACTION100
3.7188-4.6850.1751370.15422851X-RAY DIFFRACTION99
4.685-56.23260.22191390.19682842X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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