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- PDB-6mf9: Crystal structure of CGD4-650 with compound BI2536 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mf9
タイトルCrystal structure of CGD4-650 with compound BI2536
要素ZnKn (C2HC)+Athook+bromo domain protein, Taf250, transcription initiation factor IID
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / CGD4_650 / BI2536 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


translation initiation factor activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R78 / Transcription initiation factor IID
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.037 Å
データ登録者Dong, A. / Lin, Y.L. / Hou, D. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Vedadi, M. / Hui, R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of CGD4-650 with compound BI2536
著者: Dong, A. / Lin, Y.L. / Hou, D. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Vedadi, M. / Hui, R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2018年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ZnKn (C2HC)+Athook+bromo domain protein, Taf250, transcription initiation factor IID
B: ZnKn (C2HC)+Athook+bromo domain protein, Taf250, transcription initiation factor IID
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9404
ポリマ－37,8972
非ポリマー1,0432
水1,67593
1
A: ZnKn (C2HC)+Athook+bromo domain protein, Taf250, transcription initiation factor IID
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4702
ポリマ－18,9491
非ポリマー5221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ZnKn (C2HC)+Athook+bromo domain protein, Taf250, transcription initiation factor IID
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4702
ポリマ－18,9491
非ポリマー5221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.785, 89.869, 95.635
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ZnKn (C2HC)+Athook+bromo domain protein, Taf250, transcription initiation factor IID


分子量: 18948.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (strain Iowa II) (小形クリプトスポリジウム)
株: Iowa II / 遺伝子: cgd4_650 / プラスミド: pET15-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: Q5CQH9
#2: 化合物 ChemComp-R78 / 4-{[(7R)-8-cyclopentyl-7-ethyl-5-methyl-6-oxo-5,6,7,8-tetrahydropteridin-2-yl]amino}-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide / BI-2536


分子量: 521.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H39N7O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.08 % / Mosaicity: 0.524 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% PEG 8K, 0.1M Tris 8.5 and 2mM BI2536

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 23656 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.076 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 116351
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.03-2.074.90.88211740.5280.4851.010.65499.9
2.07-2.150.75511620.790.3750.8460.599.9
2.1-2.144.90.64511550.7210.3230.7240.50799.8
2.14-2.194.90.50511640.8410.2520.5660.52100
2.19-2.234.80.47111420.8350.2380.5290.61699.2
2.23-2.294.40.40911640.8910.2160.4640.77799.7
2.29-2.344.70.3311700.9290.1690.3720.59499.8
2.34-2.415.20.29111710.9480.140.3240.592100
2.41-2.485.20.2411600.9640.1150.2660.624100
2.48-2.565.20.20411670.9670.0980.2270.673100
2.56-2.655.10.17411820.9790.0850.1940.72100
2.65-2.7650.14311710.9820.070.160.89199.9
2.76-2.884.90.12611640.9840.0630.1410.95599
2.88-3.034.50.10711850.9880.0550.1211.248100
3.03-3.225.30.09211970.9920.0440.1021.427100
3.22-3.475.20.07911970.9940.0380.0881.656100
3.47-3.8250.06812010.9950.0330.0762.0999.9
3.82-4.374.50.0611870.9940.0310.0682.40198.8
4.37-5.5150.05512290.9950.0270.0612.14399.8
5.51-504.50.04413140.9980.0220.0491.86699.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EQF

1eqf


解像度: 2.037→47.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.091 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2257 632 2.7 %RANDOM
Rwork0.1821 ---
obs0.1833 22974 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.64 Å2 / Biso mean: 37.473 Å2 / Biso min: 23.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.02 Å20 Å20 Å2
2--1.92 Å2-0 Å2
3----0.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.037→47.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2052 0 74 93 2219
Biso mean--48.6 41.99 -
残基数----253
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0152232
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4461.7763041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4541.7444683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1315261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.29720.86481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.46315332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8621510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02410
LS精密化 シェル解像度: 2.037→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 61 -
Rwork0.296 1579 -
all-1640 -
obs--93.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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