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万見
- PDB-6mer: PcdhgB3 EC1-4 in 50 mM HEPES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mer
タイトルPcdhgB3 EC1-4 in 50 mM HEPES
要素Protocadherin gamma-B3
キーワードCELL ADHESION / cell-adhesion / neuronal self-avoidance
機能・相同性
機能・相同性情報


homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / nervous system development / cell adhesion / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cadherin, C-terminal catenin-binding domain / Cadherin C-terminal cytoplasmic tail, catenin-binding region / Cadherin, cytoplasmic C-terminal domain / Cadherin cytoplasmic C-terminal / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. ...Cadherin, C-terminal catenin-binding domain / Cadherin C-terminal cytoplasmic tail, catenin-binding region / Cadherin, cytoplasmic C-terminal domain / Cadherin cytoplasmic C-terminal / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protocadherin gamma-B3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Nicoludis, J.M. / Gaudet, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Interaction specificity of clustered protocadherins inferred from sequence covariation and structural analysis.
著者: Nicoludis, J.M. / Green, A.G. / Walujkar, S. / May, E.J. / Sotomayor, M. / Marks, D.S. / Gaudet, R.
履歴
登録2018年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protocadherin gamma-B3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,30310
ポリマ－45,9421
非ポリマー3619
水1,76598
1
A: Protocadherin gamma-B3
ヘテロ分子

A: Protocadherin gamma-B3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,60620
ポリマ－91,8842
非ポリマー72118
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area43730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.390, 161.770, 52.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Protocadherin gamma-B3 / PCDH-gamma-B3


分子量: 45942.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCDHGB3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5G1
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM Tris pH 7, 10% PEG 5000MME, 4% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→29.834 Å / Num. obs: 10828 / % possible obs: 95.75 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 82.12 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.1436 / Rrim(I) all: 0.1667 / Net I/σ(I): 9.36
反射 シェル解像度: 3→3.107 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13rc1_2961)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5k8r

5k8r


解像度: 3→29.834 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2721 1089 10.06 %
Rwork0.2243 --
obs0.2291 10826 95.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.834 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3219 0 9 98 3326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0013277
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.394455
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.092004
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003594
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.13640.3951320.33071177X-RAY DIFFRACTION94
3.1364-3.30160.3471310.32481202X-RAY DIFFRACTION96
3.3016-3.50810.3641370.2841201X-RAY DIFFRACTION97
3.5081-3.77850.29671370.251207X-RAY DIFFRACTION97
3.7785-4.15780.27831400.2281219X-RAY DIFFRACTION97
4.1578-4.75740.23441310.19651227X-RAY DIFFRACTION96
4.7574-5.98590.25261390.19621220X-RAY DIFFRACTION96
5.9859-29.83580.2371420.1971284X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.83751.93862.92841.90422.38115.323-0.33390.11340.1696-0.30490.1036-0.0308-0.1174-0.0329-0.00020.93190.0464-0.1360.8666-0.01430.900945.893558.071832.3867
23.44810.3113-0.12364.46350.93950.8645-0.06010.0922-0.18940.0068-0.0599-0.06820.09140.192400.90180.06220.01740.9385-0.05630.776539.163725.1383.6818
31.31910.3569-1.03481.43611.91364.3912-0.2773-0.27980.01010.4949-0.15630.39990.2976-0.1704-0.00010.97470.0967-0.07660.9135-0.26861.147651.0247-17.5956-22.433
42.215-0.9535-0.21424.67381.27753.8353-0.0856-0.1024-0.08350.4188-0.2470.09020.3129-0.0193-00.7755-0.02350.12950.77040.02380.750658.8809-54.3111-52.3085
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 1:95))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 96:208))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and ((resseq 209:313))
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and ((resseq 314:414))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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