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- PDB-6me6: XFEL crystal structure of human melatonin receptor MT2 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6me6
タイトルXFEL crystal structure of human melatonin receptor MT2 in complex with 2-phenylmelatonin
要素Soluble cytochrome b562,Melatonin receptor type 1B,Rubredoxin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / melatonin receptor type 1B (MT2) / 2-phenylmelatonin / XFEL / LCP / BRIL / Rubredoxin / circadian rhythm / jetlag / type 2 diabetes
機能・相同性
機能・相同性情報


melatonin receptor activity / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / negative regulation of transmission of nerve impulse / positive regulation of transmission of nerve impulse / regulation of neuronal action potential / alkane catabolic process / camera-type eye development / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / negative regulation of cGMP-mediated signaling / negative regulation of vasoconstriction ...melatonin receptor activity / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / negative regulation of transmission of nerve impulse / positive regulation of transmission of nerve impulse / regulation of neuronal action potential / alkane catabolic process / camera-type eye development / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / negative regulation of cGMP-mediated signaling / negative regulation of vasoconstriction / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / regulation of insulin secretion / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / glucose homeostasis / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / negative regulation of neuron apoptotic process / periplasmic space / electron transfer activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / heme binding / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Melatonin receptor family / Melatonin receptor 1A/1B / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. ...Melatonin receptor family / Melatonin receptor 1A/1B / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Cytochrome c/b562 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JEY / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Rubredoxin / Soluble cytochrome b562 / Melatonin receptor type 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
Clostridium pasteurianum (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Johansson, L.C. / Stauch, B. / McCorvy, J. / Han, G.W. / Patel, N. / Batyuk, A. / Gati, C. / Li, C. / Grandner, J. / Hao, S. ...Johansson, L.C. / Stauch, B. / McCorvy, J. / Han, G.W. / Patel, N. / Batyuk, A. / Gati, C. / Li, C. / Grandner, J. / Hao, S. / Olsen, R.H.J. / Tribo, A.R. / Zaare, S. / Zhu, L. / Zatsepin, N.A. / Weierstall, U. / Liu, W. / Roth, B.L. / Katritch, V. / Cherezov, V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM127026 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: XFEL structures of the human MT2melatonin receptor reveal the basis of subtype selectivity.
著者: Johansson, L.C. / Stauch, B. / McCorvy, J.D. / Han, G.W. / Patel, N. / Huang, X.P. / Batyuk, A. / Gati, C. / Slocum, S.T. / Li, C. / Grandner, J.M. / Hao, S. / Olsen, R.H.J. / Tribo, A.R. / ...著者: Johansson, L.C. / Stauch, B. / McCorvy, J.D. / Han, G.W. / Patel, N. / Huang, X.P. / Batyuk, A. / Gati, C. / Slocum, S.T. / Li, C. / Grandner, J.M. / Hao, S. / Olsen, R.H.J. / Tribo, A.R. / Zaare, S. / Zhu, L. / Zatsepin, N.A. / Weierstall, U. / Yous, S. / Stevens, R.C. / Liu, W. / Roth, B.L. / Katritch, V. / Cherezov, V.
履歴
登録2018年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年4月29日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562,Melatonin receptor type 1B,Rubredoxin
B: Soluble cytochrome b562,Melatonin receptor type 1B,Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,0686
ポリマ－103,0292
非ポリマー1,0394
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area40120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.500, 146.180, 77.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562,Melatonin receptor type 1B,Rubredoxin / Cytochrome b-562 / Mel1b receptor / Rd / Mel1b receptor


分子量: 51514.578 Da / 分子数: 2
変異: M2007W, H2102I, R2106L, P37S, D86N, L108F, F129W, N137D, C140L, W246F, A305P
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア)
遺伝子: cybC, MTNR1B
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P49286, UniProt: P00268
#2: 化合物 ChemComp-JEY / N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide / 2-phenylmelatonin / 2-フェニルメラトニン


分子量: 308.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20N2O2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid, PEG 400, ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.3 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→21.99 Å / Num. obs: 35706 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 571.2 % / Biso Wilson estimate: 88.06 Å2 / Net I/σ(I): 0.14
反射 シェル解像度: 2.8→2.88 Å / 冗長度: 141.3 % / Num. unique obs: 2887 / R split: 4.307 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementPulse duration: 43 fsec. / Pulse energy: 4 µJ / Pulse photon energy: 9.52 keV / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: LCP / Flow rate: 0.3 µL/min / Injector diameter: 50 µm / Injector nozzle: LCP / Power by: HPLC pump
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 84928 / Frames indexed: 31677 / Frames total: 2154963

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
CrystFEL0.6.3データ削減
CrystFEL0.6.3データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB id: 1IRO

1iro


解像度: 2.8→21.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.477 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.423 / SU Rfree Blow DPI: 0.279 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.293
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1759 5 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.22 35193 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 130.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--41.0714 Å20 Å2-35.6811 Å2
2--38.786 Å20 Å2
3---2.2854 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.98 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→21.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6176 0 58 0 6234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0096396HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.978806HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2722SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes107HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes969HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6396HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.75
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.98
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion892SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7611SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.88 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 142 4.95 %
Rwork0.289 2724 -
all0.289 2866 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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