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万見
- PDB-6mdx: Mechanism of protease dependent DPC repair -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mdx
タイトルMechanism of protease dependent DPC repair
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*C)-3')
  • SprT-like domain-containing protein Spartan
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DPC repair / protease / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA covalent cross-linking repair / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / protein autoprocessing / polyubiquitin modification-dependent protein binding / translesion synthesis / response to UV / ubiquitin binding / positive regulation of protein ubiquitination / Translesion Synthesis by POLH ...protein-DNA covalent cross-linking repair / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / protein autoprocessing / polyubiquitin modification-dependent protein binding / translesion synthesis / response to UV / ubiquitin binding / positive regulation of protein ubiquitination / Translesion Synthesis by POLH / metalloendopeptidase activity / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / nuclear speck / DNA damage response / chromatin / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
SprT-like / SprT-like domain-containing protein Spartan / SprT-like family / SprT homologues. / Rad18-like CCHC zinc finger / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / TRIETHYLENE GLYCOL / DNA / DNA-dependent metalloprotease SPRTN
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Li, F. / Raczynska, J. / Chen, Z. / Yu, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)RP150538-P2 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Structural Insight into DNA-Dependent Activation of Human Metalloprotease Spartan.
著者: Li, F. / Raczynska, J.E. / Chen, Z. / Yu, H.
履歴
登録2018年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SprT-like domain-containing protein Spartan
D: DNA (5'-D(P*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1297
ポリマ－22,5972
非ポリマー5325
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.324, 29.507, 50.298
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-446-

HOH

21A-549-

HOH

31A-550-

HOH

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 SprT-like domain-containing protein Spartan / DNA damage protein targeting VCP / DVC1 / Protein with SprT-like domain at the N terminus / Spartan


分子量: 22063.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPRTN, C1orf124, DVC1, UNQ1880/PRO4323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H040
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*C)-3')


分子量: 533.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 5種, 218分子

#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.64 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate at pH 5.5 and 14% (w/v) PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月9日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 28797 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 11.97 Å2 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 29.8
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1396 / Rpim(I) all: 0.51 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
Cootモデル構築
HKL-3000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→46.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.764 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19278 1868 6.8 %RANDOM
Rwork0.15915 ---
obs0.16145 25729 96.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.285 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0 Å20 Å2
2--0.07 Å2-0 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.55→46.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1527 39 29 213 1808
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0141958
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.661.6732678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0541.7153835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg24.9765.668247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.96621.15113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.81315279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.471514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022428
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02408
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0391.438864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0411.438863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1292.1441082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1272.1451083
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.7571094
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.7581093
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.641583
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.28925.6492119
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.2925.6442120
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.94434
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded20.139517
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 110 -
Rwork0.24 1464 -
obs--76.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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