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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mdt | ||||||||||||
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| タイトル | Crystal structure of the B41 SOSIP.664 Env trimer with PGT124 and 35O22 Fabs, in P63 space group | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / HIV / ENVELOPE / GLYCOPROTEIN / PREFUSION TRIMER / GLYCAN / HIV-1 GP120 / HIV-1 GP41 / N332 SUPERSITE / IMMUNE SYSTEM / NEUTRALIZING ANTIBODIES / COMPLEX / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX | ||||||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
| 生物種 | ![]() Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.816 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kumar, S. / Sarkar, A. / Wilson, I.A. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019タイトル: Capturing the inherent structural dynamics of the HIV-1 envelope glycoprotein fusion peptide. 著者: Kumar, S. / Sarkar, A. / Pugach, P. / Sanders, R.W. / Moore, J.P. / Ward, A.B. / Wilson, I.A. | ||||||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 6mdt.cif.gz | 323.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb6mdt.ent.gz | 258.9 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 6mdt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 6mdt_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 6mdt_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
| XML形式データ | 6mdt_validation.xml.gz | 63.4 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 6mdt_validation.cif.gz | 81.3 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/6mdt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/6mdt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 |
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| 単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 BG
| #1: タンパク質 | 分子量: 17373.867 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 516-668 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B3UES2 |
|---|---|
| #2: タンパク質 | 分子量: 53976.965 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 30-511 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B3UF58 |
-抗体 , 4種, 4分子 DEHL
| #3: 抗体 | 分子量: 26171.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
|---|---|
| #4: 抗体 | 分子量: 23318.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
| #5: 抗体 | 分子量: 25460.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
| #6: 抗体 | 分子量: 23056.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
-糖 , 8種, 23分子 
| #7: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #8: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #9: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #10: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #11: 多糖 | #12: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #13: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #14: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
| Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.28 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M Calcium acetate, 0.1M MES (pH 6), 15%(v/v) PEG400 |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å |
| 検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月22日 |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 28747 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.9 % / CC1/2: 0.77 / Net I/σ(I): 6.4 |
| 反射 シェル | 解像度: 3.8→3.94 Å / 冗長度: 9.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2842 / CC1/2: 0.27 / % possible all: 99.9 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: 4R26, 5CEZ 解像度: 3.816→41.956 Å / SU ML: 0.8 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 37.87
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.816→41.956 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
|
ムービー
コントローラー
万見について





Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
X線回折
引用














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