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万見
- PDB-6mdf: Mevalonate kinase from Methanosarcina mazei with 5-phosphomevalon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mdf
タイトルMevalonate kinase from Methanosarcina mazei with 5-phosphomevalonate bound
要素Mevalonate kinase
キーワードTRANSFERASE / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


mevalonate kinase / mevalonate kinase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / ergosterol biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mevalonate kinase, archaeal / Mevalonate kinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily ...Mevalonate kinase, archaeal / Mevalonate kinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PMV / Mevalonate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Miller, B.R. / Kung, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM116029 米国
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Structural insight into substrate and product binding in an archaeal mevalonate kinase.
著者: Miller, B.R. / Kung, Y.
履歴
登録2018年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mevalonate kinase
B: Mevalonate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,92817
ポリマ－63,2752
非ポリマー1,65315
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6070 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area22100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.970, 58.581, 190.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mevalonate kinase / MVK


分子量: 31637.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌) / 遺伝子: mvk, MM_1762 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PW39, mevalonate kinase
#2: 化合物 ChemComp-PMV / (3R)-3-HYDROXY-3-METHYL-5-(PHOSPHONOOXY)PENTANOIC ACID / PHOSPHOMEVALONATE / (R)-3,5-ジヒドロキシ-3-メチルペンタン酸5-りん酸


分子量: 228.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200-300 mM sodium potassium tartrate, 15-25% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月30日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→51.92 Å / Num. obs: 22260 / % possible obs: 96.95 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1031 / Net I/σ(I): 8.73
反射 シェル解像度: 2.46→2.55 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.3752 / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / Num. unique obs: 2135 / CC1/2: 0.843 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4HAC

4hac


解像度: 2.46→51.92 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2672 1158 5.21 %
Rwork0.2003 --
obs0.2038 22219 97.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→51.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4325 0 106 208 4639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034494
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.516083
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.4373593
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043732
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003777
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.46-2.5720.34471490.25762547X-RAY DIFFRACTION96
2.572-2.70760.34251420.24372586X-RAY DIFFRACTION99
2.7076-2.87720.28851420.22592631X-RAY DIFFRACTION99
2.8772-3.09930.27411460.22352634X-RAY DIFFRACTION99
3.0993-3.41120.27971360.20472644X-RAY DIFFRACTION99
3.4112-3.90470.29051360.19142608X-RAY DIFFRACTION96
3.9047-4.91910.21111530.16152687X-RAY DIFFRACTION99
4.9191-55.99570.25951540.20082724X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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