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- PDB-3mk6: Substrate and Inhibitor Binding to Pank -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mk6
タイトルSubstrate and Inhibitor Binding to Pank
要素Pantothenate kinase 3
キーワードTRANSFERASE / PANK / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Coenzyme A biosynthesis / vitamin binding / acetyl-CoA binding / pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / phosphorylation / protein homodimerization activity / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #510 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Fumble / Type II pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain / Helix non-globular / Special / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...Nucleotidyltransferase; domain 5 - #510 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Fumble / Type II pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain / Helix non-globular / Special / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Pantothenate kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Yun, M.-K. / White, S.W.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: Modulation of Pantothenate Kinase 3 Activity by Small Molecules that Interact with the Substrate/Allosteric Regulatory Domain.
著者: Leonardi, R. / Zhang, Y.M. / Yun, M.K. / Zhou, R. / Zeng, F.Y. / Lin, W. / Cui, J. / Chen, T. / Rock, C.O. / White, S.W. / Jackowski, S.
履歴
登録2010年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pantothenate kinase 3
B: Pantothenate kinase 3
C: Pantothenate kinase 3
D: Pantothenate kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,62016
ポリマ－166,6454
非ポリマー3,97512
水9,422523
1
A: Pantothenate kinase 3
C: Pantothenate kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4029
ポリマ－83,3232
非ポリマー2,0807
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8470 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area28460 Å2
手法PISA
2
B: Pantothenate kinase 3
D: Pantothenate kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2187
ポリマ－83,3232
非ポリマー1,8955
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8040 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area28970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.709, 180.380, 77.419
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Pantothenate kinase 3 / hPanK3 / Pantothenic acid kinase 3


分子量: 41661.328 Da / 分子数: 4 / 断片: Pantothenate Kinase 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PANK3 / プラスミド: pET28aLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H999, pantothenate kinase
#2: 化合物
ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Ammonium citrate dibasic, PEG 3350, and TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. all: 106621 / Num. obs: 106621 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.98→2.05 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 9736 / Rsym value: 0.473 / % possible all: 90.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIControlデータ収集
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2I7P

2i7p


解像度: 1.98→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 7.434 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23186 5292 5 %RANDOM
Rwork0.18541 ---
obs0.18771 100924 99.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.417 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.74 Å20 Å2-0.37 Å2
2---1.28 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10792 0 252 523 11567
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02211275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4621.99115251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.35851398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.30724.066482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.156151855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0871558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028404
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.25025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.27749
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2673
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1430.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0261.57104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.647211023
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.43534749
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7374.54223
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 395 -
Rwork0.222 6914 -
obs-7309 92.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.15140.1083-0.072.33850.35680.11910.0267-0.02290.04480.1877-0.02370.02950.0262-0.0125-0.003-0.0437-0.00410.0079-0.0229-0.0068-0.0743-16.4420.3036.16
20.4190.32510.06612.59190.18970.0186-0.10970.1174-0.1073-0.29450.1264-0.1166-0.0219-0.0149-0.01670.025-0.04160.0209-0.0282-0.0328-0.1068-19.14321.29635.171
30.1238-0.0732-0.0222.42640.24530.06730.012-0.0119-0.0454-0.0384-0.0009-0.0155-0.00520.0009-0.0111-0.06290.0014-0.0194-0.0297-0.0093-0.0556-15.135-38.671-5.508
40.17010.04710.08432.5781-0.03170.24840.03220.02530.07560.0884-0.04450.02890.0107-0.03320.0123-0.0607-0.0039-0.001-0.0394-0.0036-0.0656-20.26259.81746.554
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 368
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 368
3X-RAY DIFFRACTION3C6 - 367
4X-RAY DIFFRACTION4D11 - 365

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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