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万見
- PDB-6mcf: Solution structure of 7SK stem-loop 1 with HIV-1 Tat RNA Binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mcf
タイトルSolution structure of 7SK stem-loop 1 with HIV-1 Tat RNA Binding Domain
要素
  • 7SK Stem-loop 1 RNA
  • Protein Tat
キーワードTRANSCRIPTION / RNA Binding Domain / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-activation response element binding / Interactions of Tat with host cellular proteins / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / positive regulation of viral transcription / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / symbiont-mediated suppression of host translation initiation / evasion of host immune response / host cell nucleolus / molecular sequestering activity / actinin binding ...trans-activation response element binding / Interactions of Tat with host cellular proteins / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / positive regulation of viral transcription / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / symbiont-mediated suppression of host translation initiation / evasion of host immune response / host cell nucleolus / molecular sequestering activity / actinin binding / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / RNA-binding transcription regulator activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / cyclin binding / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / PKR-mediated signaling / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / protein domain specific binding / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / apoptotic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tat domain superfamily / Immunodeficiency virus transactivating regulatory protein (Tat) / Transactivating regulatory protein (Tat)
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Protein Tat
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Pham, V.V. / D'Souza, V.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103297-01 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)55108516 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: HIV-1 Tat interactions with cellular 7SK and viral TAR RNAs identifies dual structural mimicry.
著者: Pham, V.V. / Salguero, C. / Khan, S.N. / Meagher, J.L. / Brown, W.C. / Humbert, N. / de Rocquigny, H. / Smith, J.L. / D'Souza, V.M.
履歴
登録2018年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7SK Stem-loop 1 RNA
B: Protein Tat


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5212
ポリマ－20,5212
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, Used to determine the NMR Buffer conditions that led to 1:1 binding of the 7SK RNA:Tat RNA Binding domain complex, SAXS, Used the envelope of the Bound ...根拠: isothermal titration calorimetry, Used to determine the NMR Buffer conditions that led to 1:1 binding of the 7SK RNA:Tat RNA Binding domain complex, SAXS, Used the envelope of the Bound complex and saw there wasn't much difference between the free and the bound in the SAXS so used this to help model the free 7SK-SL1 structure
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2780 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10040 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: RNA鎖 7SK Stem-loop 1 RNA


分子量: 18358.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質・ペプチド Protein Tat / Transactivating regulatory protein


分子量: 2162.533 Da / 分子数: 1 / Fragment: RNA BINDING DOMAIN RESIDUES 44-60 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04608

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
116isotropic12D 1H-1H NOESY
157isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic12D 1H-15N HSQC
134isotropic12D 1H-15N HSQC
143isotropic12D 1H-13C HSQC
165isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM 7SK Stem-loop 1 RNA, 0.5 mM [U-13C; U-15N] HIV-1 Tat RNA Binding Domain selectively labeled with the following schema: 1) R49, K50, R57, A58 2) K51, R52, Q54, R55 3) R53, Q54, R56, 90% H2O/10% D2O7SK Stem-loop 1 RNA:Tat RNA Binding Domain-190% H2O/10% D2O
solution40.5 mM [U-13C; U-15N] 7SK Stem-loop 1 RNA, 0.5 mM HIV-1 Tat RNA Binding Domain, 90% H2O/10% D2O7SK Stem-loop 1 RNA:Tat RNA Binding Domain-290% H2O/10% D2O
solution30.5 mM 7SK Stem-loop 1 RNA, 0.5 mM [U-13C; U-15N] HIV-1 Tat RNA Binding Domain selectively labeled with the following schema: 1) R49, K50, R57, A58 2) K51, R52, Q54, R55 3) R53, Q54, R56, 100% D2O7SK Stem-loop 1 RNA:Tat RNA Binding Domain-3100% D2O
solution50.5 mM [U-13C; U-15N] 7SK Stem-loop 1 RNA, 0.5 mM HIV-1 Tat RNA Binding Domain, 100% D2O7SK Stem-loop 1 RNA:Tat RNA Binding Domain-4100% D2O
solution60.5 mM 7SK Stem-loop 1 RNA, 0.5 mM HIV-1 Tat RNA Binding Domain, 90% H2O/10% D2O7SK Stem-loop 1 RNA:Tat RNA Binding Domain-590% H2O/10% D2O
solution70.5 mM 7SK Stem-loop 1 RNA, 0.5 mM HIV-1 Tat RNA Binding Domain, 100% D2O7SK Stem-loop 1 RNA:Tat RNA Binding Domain-6100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mM7SK Stem-loop 1 RNAnatural abundance1
0.5 mMHIV-1 Tat RNA Binding Domain selectively labeled with the following schema: 1) R49, K50, R57, A58 2) K51, R52, Q54, R55 3) R53, Q54, R56[U-13C; U-15N]1
0.5 mM7SK Stem-loop 1 RNA[U-13C; U-15N]4
0.5 mMHIV-1 Tat RNA Binding Domainnatural abundance4
0.5 mM7SK Stem-loop 1 RNAnatural abundance3
0.5 mMHIV-1 Tat RNA Binding Domain selectively labeled with the following schema: 1) R49, K50, R57, A58 2) K51, R52, Q54, R55 3) R53, Q54, R56[U-13C; U-15N]3
0.5 mM7SK Stem-loop 1 RNA[U-13C; U-15N]5
0.5 mMHIV-1 Tat RNA Binding Domainnatural abundance5
0.5 mM7SK Stem-loop 1 RNAnatural abundance6
0.5 mMHIV-1 Tat RNA Binding Domainnatural abundance6
0.5 mM7SK Stem-loop 1 RNAnatural abundance7
0.5 mMHIV-1 Tat RNA Binding Domainnatural abundance7
試料状態イオン強度: 10mM phosphates, 70mM NaCl mM / Label: 7SK_conditions / pH: 5.4 / 圧: 100000 Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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