PDB-6mbp: GLP Methyltransferase with Inhibitor EML741- P3121 Crystal Form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mbp

タイトル

GLP Methyltransferase with Inhibitor EML741- P3121 Crystal Form

要素

Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHBITOR / Histone / H3 / Methylation Inhibition / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / peptidyl-lysine monomethylation / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3K27 methyltransferase activity / facultative heterochromatin formation / C2H2 zinc finger domain binding / protein-lysine N-methyltransferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.947 Å

データ登録者

Horton, J.R. / Cheng, X.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery of a Novel Chemotype of Histone Lysine Methyltransferase EHMT1/2 (GLP/G9a) Inhibitors: Rational Design, Synthesis, Biological Evaluation, and Co-crystal Structure.
著者: Milite, C. / Feoli, A. / Horton, J.R. / Rescigno, D. / Cipriano, A. / Pisapia, V. / Viviano, M. / Pepe, G. / Amendola, G. / Novellino, E. / Cosconati, S. / Cheng, X. / Castellano, S. / Sbardella, G.

履歴

登録	2018年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mbp.cif.gz	248.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mbp.ent.gz	196.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mbp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6mbp_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mbp_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6mbp_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	6mbp_validation.cif.gz	38.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/6mbp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/6mbp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6mboC 3fpdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ttg-d 3hna-d 2igq-d 3swc-d 3mo2-6 3mo0-d 3mo5-6 4i51-d 5w7f-1 5v9j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1

B: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1

ヘテロ分子

63.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.510, 95.510, 147.201
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1 / Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 1 / Eu-HMTase1 / G9a-like protein 1 / GLP1 / Histone ...Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 1 / Eu-HMTase1 / G9a-like protein 1 / GLP1 / Histone H3-K9 methyltransferase 5 / H3-K9-HMTase 5 / Lysine N-methyltransferase 1D 分子量: 30232.373 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1006-1266 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EHMT1, EUHMTASE1, GLP, KIAA1876, KMT1D / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H9B1, histone-lysine N-methyltransferase

#1: タンパク質

Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1 / Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 1 / Eu-HMTase1 / G9a-like protein 1 / GLP1 / Histone ...

分子量: 30232.373 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1006-1266 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EHMT1, EUHMTASE1, GLP, KIAA1876, KMT1D / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H9B1, histone-lysine N-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 438分子

#2: 化合物	ChemComp-JDG / 2-cyclohexyl-7-methoxy-N-[1-(propan-2-yl)piperidin-4-yl]-8-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]-3H-1,4-benzodiazepin-5-amine 分子量: 523.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₄₉N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.63 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 15% PEG 4000, 20% isopropanol and 100mM citrate (pH 5.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.947→45.424 Å / Num. obs: 109623 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 20.8
反射シェル	解像度: 1.947→2.02 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 10961 / CC_1/2: 0.836 / R_pim(I) all: 0.396 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3FPD

3fpd

解像度: 1.947→45.424 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.56

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1816	3817	3.48 %
R_work	0.1608	-	-
obs	0.1616	109564	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.947→45.424 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4175	0	184	414	4773

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4575
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.847	6196
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.271	2741
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	632
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	811

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9473-1.9719	0.272	127	0.2764	3638	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9719-1.9979	0.2518	140	0.2486	3920	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9979-2.0253	0.216	142	0.2448	3925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0253-2.0542	0.2581	142	0.2293	3894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0542-2.0848	0.2478	144	0.2304	3961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0848-2.1174	0.2367	148	0.2181	3972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1174-2.1521	0.2335	137	0.2036	3894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1521-2.1892	0.2238	143	0.2076	3890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1892-2.2291	0.1928	142	0.1939	3951	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2291-2.2719	0.2133	146	0.1927	3935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2719-2.3183	0.2102	140	0.17	3914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3183-2.3687	0.1657	144	0.1745	3920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3687-2.4238	0.2122	140	0.1786	3874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4238-2.4844	0.2181	140	0.1709	3970	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4844-2.5516	0.2103	142	0.1733	3965	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5516-2.6267	0.1967	141	0.1573	3923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6267-2.7114	0.1883	143	0.1618	3929	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7114-2.8083	0.1927	143	0.1648	3945	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8083-2.9207	0.2214	139	0.1687	3916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9207-3.0536	0.22	142	0.1585	3902	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0536-3.2146	0.1666	142	0.1654	3950	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2146-3.4159	0.2048	139	0.1483	3933	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4159-3.6796	0.1539	141	0.1397	3930	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6796-4.0497	0.1453	145	0.1328	3906	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0497-4.6352	0.1303	141	0.1199	3936	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6352-5.8379	0.1292	145	0.1275	3937	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8379-45.4367	0.1713	139	0.1543	3917	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7909	-0.1833	-4.6147	6.4821	0.6182	4.2917	-0.0306	0.8133	0.0642	-0.7526	0.1099	-0.2522	0.164	-0.2984	-0.0477	0.364	-0.0218	-0.0191	0.3757	-0.007	0.2521	-39.6258	11.8079	0.9986
2	1.2713	1.9558	-3.3345	3.9762	-4.1855	8.7913	-0.37	0.0097	-0.198	-0.4283	-0.0755	-0.6301	0.8423	0.3374	0.4039	0.3179	0.0412	0.036	0.2311	-0.0312	0.2708	-30.756	10.2224	3.7346
3	2.2193	-0.6287	-0.6134	2.0363	-0.0639	1.1316	0.0382	-0.107	0.3252	0.2377	0.0888	-0.1409	-0.1443	0.0652	-0.1197	0.2627	0.0205	0.0032	0.1995	-0.0365	0.2153	-48.5846	30.036	23.2271
4	9.6076	-3.453	-7.4496	1.5336	2.5251	5.9776	-0.1419	0.2414	0.1194	0.0466	0.0354	-0.0578	0.1211	-0.1217	0.0953	0.2342	0.0122	0.0244	0.2027	0.0102	0.2033	-43.1396	23.458	8.5602
5	2.9175	-0.1546	-0.0638	2.8204	-1.8926	3.7589	-0.0934	-0.3932	0.0627	0.3868	-0.0016	-0.3586	-0.2169	0.3191	0.1013	0.2239	0.0253	-0.0236	0.2043	-0.0378	0.2004	-32.3551	19.3599	17.9275
6	3.0388	-0.072	-1.5325	1.7292	-0.4646	3.9471	0.1133	-0.0535	0.2842	0.0807	0.06	-0.1647	-0.2835	0.1766	-0.1819	0.2023	-0.006	-0.0225	0.1405	-0.0164	0.1841	-35.3559	26.9527	14.0946
7	8.3535	-1.3705	1.6335	7.3585	-3.1967	2.7812	0.058	-0.1847	0.4161	0.6218	-0.3658	-1.1724	-0.7062	1.2438	0.2796	0.3213	-0.0824	-0.0854	0.5115	-0.0012	0.4406	-17.8777	28.3098	12.3419
8	6.7527	0.2148	-0.5973	1.3449	-0.2551	3.4324	-0.1411	0.016	0.169	0.2478	0.0281	0.9677	-0.2271	-0.4195	0.0993	0.3348	0.1057	0.0818	0.2091	-0.009	0.5447	-72.4003	19.7807	21.8451
9	4.7539	-5.1195	-4.7091	5.2127	4.6985	4.0862	-0.4695	-0.5263	0.0542	0.7184	0.4335	-0.1375	0.3164	0.2318	0.0228	0.3724	0.0503	-0.0048	0.2712	0.0343	0.2664	-47.5831	8.1941	30.1731
10	7.7022	1.7167	-0.3853	3.6459	0.3696	1.586	-0.1695	0.2712	-0.4383	-0.0642	0.1364	0.064	0.1662	0.0126	0.0399	0.2363	0.0424	0.0003	0.1398	-0.0137	0.1759	-52.0663	-5.1799	13.018
11	9.4128	-6.1716	-0.3003	5.4597	-0.1902	0.7002	0.1036	0.593	0.2672	-0.306	-0.0807	0.3357	-0.1427	-0.4424	-0.0149	0.228	0.0342	-0.0301	0.2764	0.0456	0.2646	-58.6008	5.6686	10.9391
12	3.6463	-0.0127	0.9086	3.1224	1.1118	4.1589	-0.0108	-0.4513	-0.279	0.5987	0.0398	0.7217	0.1978	-0.1666	-0.0564	0.3316	0.0464	0.1559	0.1993	0.0613	0.4122	-67.2755	7.3496	29.2431
13	4.4296	-0.6065	0.452	2.6832	0.1757	1.8822	0.0457	-0.0963	-0.5347	0.1867	-0.0248	0.7636	0.1328	-0.2498	-0.0188	0.2644	0.0133	0.0582	0.172	0.0125	0.3956	-66.9761	1.2413	22.9713
14	7.7977	1.228	3.963	3.731	2.063	8.5012	0.4811	-0.8443	-0.7857	1.2314	-0.3517	1.4746	0.8641	-1.2867	-0.1317	0.6124	-0.1565	0.2903	0.5374	0.1104	0.8896	-79.6192	-2.3212	34.606

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 975 through 992 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 993 through 1011 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1012 through 1078 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1079 through 1106 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1107 through 1163 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1164 through 1212 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1213 through 1235 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 976 through 1011 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1012 through 1027 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1028 through 1082 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1083 through 1096 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 1097 through 1163 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 1164 through 1212 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 1213 through 1235 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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