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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mb5 | ||||||
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タイトル | AAC-IIIb binary with NEOMYCIN | ||||||
![]() | Aac(3)-IIIb protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / acetyltransferase / promiscuity / GNAT / antibiotic resistance / ANTIBIOTIC / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex | ||||||
機能・相同性 | aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / response to antibiotic / NEOMYCIN / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuneo, M.J. / Kumar, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Encoding of Promiscuity in an Aminoglycoside Acetyltransferase. 著者: Kumar, P. / Selvaraj, B. / Serpersu, E.H. / Cuneo, M.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 847.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 849.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29018.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NMY / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | see NCBI Reference Sequence: WP_088170001.1 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.16 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 1-3%PEG 4000, 20-25% isopropanol,0.1M HEPES, pH=7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月1日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→45.951 Å / Num. obs: 22720 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 37.15 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→45.951 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.62
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 91.02 Å2 / Biso mean: 44.6403 Å2 / Biso min: 27.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→45.951 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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