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万見
- PDB-6mb4: Binary (sisomicin) structure of AAC-IIIb -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mb4
タイトルBinary (sisomicin) structure of AAC-IIIb
要素Aac(3)-IIIb protein
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / acetyltransferase / promiscuity / GNAT / antibiotic resistance / ANTIBIOTIC / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic / Chem-SIS / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.302 Å
データ登録者Cuneo, M.J. / Kumar, P.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Encoding of Promiscuity in an Aminoglycoside Acetyltransferase.
著者: Kumar, P. / Selvaraj, B. / Serpersu, E.H. / Cuneo, M.J.
履歴
登録2018年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aac(3)-IIIb protein
B: Aac(3)-IIIb protein
C: Aac(3)-IIIb protein
D: Aac(3)-IIIb protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,5235
ポリマ－116,0754
非ポリマー4481
水11,331629
1
A: Aac(3)-IIIb protein
B: Aac(3)-IIIb protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4853
ポリマ－58,0382
非ポリマー4481
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area21700 Å2
手法PISA
2
C: Aac(3)-IIIb protein

D: Aac(3)-IIIb protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0382
ポリマ－58,0382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x+1/2,-y-1/2,-z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area21630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.478, 99.649, 207.605
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 7 through 52 or resid 54...
21(chain B and (resid 7 through 52 or resid 54...
31(chain C and (resid 7 through 52 or resid 54...
41(chain D and (resid 7 through 52 or resid 54...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLEULEU(chain A and (resid 7 through 52 or resid 54...AA7 - 527 - 52
12ASPASPASPASP(chain A and (resid 7 through 52 or resid 54...AA54 - 6754 - 67
13GLUGLUVALVAL(chain A and (resid 7 through 52 or resid 54...AA69 - 25269 - 252
14ALAALATHRTHR(chain A and (resid 7 through 52 or resid 54...AA254 - 271254 - 271
21SERSERLEULEU(chain B and (resid 7 through 52 or resid 54...BB7 - 527 - 52
22ASPASPASPASP(chain B and (resid 7 through 52 or resid 54...BB54 - 6754 - 67
23GLUGLUVALVAL(chain B and (resid 7 through 52 or resid 54...BB69 - 25269 - 252
24ALAALATHRTHR(chain B and (resid 7 through 52 or resid 54...BB254 - 271254 - 271
31SERSERLEULEU(chain C and (resid 7 through 52 or resid 54...CC7 - 527 - 52
32ASPASPASPASP(chain C and (resid 7 through 52 or resid 54...CC54 - 6754 - 67
33GLUGLUVALVAL(chain C and (resid 7 through 52 or resid 54...CC69 - 25269 - 252
34ALAALATHRTHR(chain C and (resid 7 through 52 or resid 54...CC254 - 271254 - 271
41SERSERLEULEU(chain D and (resid 7 through 52 or resid 54...DD7 - 527 - 52
42ASPASPASPASP(chain D and (resid 7 through 52 or resid 54...DD54 - 6754 - 67
43GLUGLUVALVAL(chain D and (resid 7 through 52 or resid 54...DD69 - 25269 - 252
44ALAALATHRTHR(chain D and (resid 7 through 52 or resid 54...DD254 - 271254 - 271

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要素

#1: タンパク質
Aac(3)-IIIb protein


分子量: 29018.799 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: aac(3)-IIIb / 発現宿主: Escherichia coli DH1 (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH1 / 参照: UniProt: Q51405
#2: 化合物 ChemComp-SIS / (1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside / Sisomicin


分子量: 447.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H37N5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 629 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細see NCBI Reference Sequence: WP_088170001.1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20-23% PEG 8000,0.1M di-ammonium phosphate and 0.1M MES, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 58699 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 23.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.379 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 258055
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.383.70.17355730.9780.0870.1940.23787.3
2.38-2.4840.18258060.9790.0880.2020.26290.7
2.48-2.594.10.17257590.9750.0830.1920.25290.5
2.59-2.734.10.15357580.9830.0740.170.26990.5
2.73-2.94.10.13557910.9870.0630.1490.26489.7
2.9-3.124.20.10756120.9890.0510.1180.30187.1
3.12-3.444.70.08660430.9960.0390.0950.37393.7
3.44-3.935.20.06561710.9970.0280.0710.36995.1
3.93-4.954.80.04960300.9980.0220.0530.49692
4.95-504.80.05361560.9960.0240.0590.79489.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BC3

6bc3


解像度: 2.302→49.958 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 1999 3.41 %
Rwork0.1949 --
obs0.1961 58615 90.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.65 Å2 / Biso mean: 25.1282 Å2 / Biso min: 5.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.302→49.958 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7960 0 62 629 8651
Biso mean--29.25 26.91 -
残基数----1060
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3160X-RAY DIFFRACTION4.698TORSIONAL
12B3160X-RAY DIFFRACTION4.698TORSIONAL
13C3160X-RAY DIFFRACTION4.698TORSIONAL
14D3160X-RAY DIFFRACTION4.698TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3024-2.360.27631330.22633747388085
2.36-2.42380.27261400.22353999413990
2.4238-2.49510.25031410.22023967410890
2.4951-2.57570.28281420.21673998414090
2.5757-2.66770.26511410.21174013415491
2.6677-2.77450.25441410.22054000414190
2.7745-2.90080.2621400.22943942408290
2.9008-3.05370.28951350.22873847398287
3.0537-3.2450.21531430.21494058420191
3.245-3.49550.25381480.2094193434194
3.4955-3.84710.22421520.17994292444496
3.8471-4.40350.19021480.1614192434093
4.4035-5.54690.16481460.15034111425790
5.5469-49.96970.20531490.1764257440690

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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