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- PDB-6man: Crystal structure of a DnaN sliding clamp DNA polymerase III subu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6man
タイトルCrystal structure of a DnaN sliding clamp DNA polymerase III subunit beta from Rickettsia bellii RML369-C
要素Beta sliding clamp
キーワードTRANSCRIPTION / National Institute of Allergy and Infectious Disease / NIAID / structural genomoics / DnaN / sliding clamp / polymerase / griselimycin / antibiotic / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / 3'-5' exonuclease activity / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Rickettsia bellii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a DnaN sliding clamp DNA polymerase III subunit beta from Rickettsia bellii RML369-C
著者: Edwards, T.E. / Conrady, D.G. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
履歴
登録2018年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
B: Beta sliding clamp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9664
ポリマ－85,8462
非ポリマー1202
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area32750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.880, 81.740, 89.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 0 through 3 or (resid 4...
21(chain B and (resid 0 through 12 or (resid 13...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISLYSLYS(chain A and (resid 0 through 3 or (resid 4...AA0 - 38 - 11
12VALVALILEILE(chain A and (resid 0 through 3 or (resid 4...AA4 - 512 - 13
13HISHISVALVAL(chain A and (resid 0 through 3 or (resid 4...AA0 - 3798 - 387
14HISHISVALVAL(chain A and (resid 0 through 3 or (resid 4...AA0 - 3798 - 387
15HISHISVALVAL(chain A and (resid 0 through 3 or (resid 4...AA0 - 3798 - 387
16HISHISVALVAL(chain A and (resid 0 through 3 or (resid 4...AA0 - 3798 - 387
21HISHISVALVAL(chain B and (resid 0 through 12 or (resid 13...BB0 - 128 - 20
22GLNGLNALAALA(chain B and (resid 0 through 12 or (resid 13...BB13 - 1421 - 22
23HISHISVALVAL(chain B and (resid 0 through 12 or (resid 13...BB-2 - 3796 - 387
24HISHISVALVAL(chain B and (resid 0 through 12 or (resid 13...BB-2 - 3796 - 387
25HISHISVALVAL(chain B and (resid 0 through 12 or (resid 13...BB-2 - 3796 - 387
26HISHISVALVAL(chain B and (resid 0 through 12 or (resid 13...BB-2 - 3796 - 387

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要素

#1: タンパク質 Beta sliding clamp / Sliding clamp / Beta-clamp processivity factor / DNA polymerase III beta sliding clamp subunit / ...Sliding clamp / Beta-clamp processivity factor / DNA polymerase III beta sliding clamp subunit / DNA polymerase III subunit beta


分子量: 42923.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rickettsia bellii (strain RML369-C) (バクテリア)
株: RML369-C / 遺伝子: dnaN, RBE_0656 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1RIS7
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.74 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: RibeA.17987.a.B1.PS38223 at 20 mg/mL against 26% PEG 3350, 0.25 M sodium thiocyanate, supplemented with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 301443e9, unique puck ID jka1-3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→31.706 Å / Num. obs: 35239 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.157 % / Biso Wilson estimate: 62.877 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 16.63
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.35-2.414.210.5962.7125800.8530.68199.9
2.41-2.484.2340.5033.1825400.8720.57599.9
2.48-2.554.2150.3824.1224780.9250.43799.9
2.55-2.634.240.2915.3623640.9570.33299.9
2.63-2.714.2140.2196.8823280.9770.251100
2.71-2.814.230.188.5422710.980.20599.9
2.81-2.914.2240.14310.3321370.9880.16399.9
2.91-3.034.1980.11112.9920800.9910.127100
3.03-3.174.2010.08316.1320010.9950.09599.8
3.17-3.324.1760.06419.6219060.9960.07399.8
3.32-3.54.1240.05323.5518380.9970.061100
3.5-3.724.0680.04726.4217210.9980.05499.8
3.72-3.974.0710.04129.416160.9970.047100
3.97-4.294.0670.03832.3315230.9970.04499.9
4.29-4.74.0370.03634.3513840.9980.04199.8
4.7-5.254.0750.03535.6312780.9980.0499.8
5.25-6.074.0540.03334.9711070.9970.03899.8
6.07-7.434.0640.03136.419670.9980.03599.9
7.43-10.513.9770.02737.537290.9980.03199.6
10.51-31.7063.550.02735.673910.9980.03191.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5w7z

5w7z


解像度: 2.35→31.706 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 1760 5 %
Rwork0.1878 --
obs0.1904 35235 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 160.44 Å2 / Biso mean: 67.566 Å2 / Biso min: 28.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→31.706 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5580 0 11 124 5715
Biso mean--95.62 56.3 -
残基数----754
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2234X-RAY DIFFRACTION7.812TORSIONAL
12B2234X-RAY DIFFRACTION7.812TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.41350.33171470.262425332680100
2.4135-2.48450.30381380.262125662704100
2.4845-2.56470.31051410.239925532694100
2.5647-2.65630.29571300.237825802710100
2.6563-2.76260.34871240.236425492673100
2.7626-2.88820.27151340.237425852719100
2.8882-3.04040.31551420.252425432685100
3.0404-3.23070.3181500.245625682718100
3.2307-3.47990.29191130.230926142727100
3.4799-3.82950.26131510.190225442695100
3.8295-4.38240.23751210.156926082729100
4.3824-5.51670.1581300.136726082738100
5.5167-31.70870.17531390.15422624276399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1525-0.48580.27123.9421-1.1091.61180.04490.14260.0672-0.1540.02510.22880.1126-0.013-0.05480.2899-0.0071-0.01340.3181-0.02030.4638-19.8276-2.8292-37.3175
24.31060.60431.59652.0476-0.39063.32340.1515-0.5908-0.33180.235-0.205-0.05940.42180.28550.02590.51650.03430.02990.43790.05680.4014-1.0288-23.4094-16.4936
33.08281.36791.01851.736-1.03062.64790.4515-0.8306-0.27740.3235-0.1658-0.29560.29960.0465-0.29460.7263-0.2129-0.11281.2786-0.04730.461722.78113.8358-4.4654
40.9311-0.36331.25042.5258-1.63973.18420.7447-0.9556-0.09580.7234-0.9635-0.40980.00420.886-0.17930.7721-0.3331-0.22941.55050.10010.46424.49451.1865-5.3156
52.1597-0.23321.0423.2243-1.71732.98650.1348-0.55050.47510.5504-0.1971-0.7746-0.36270.93470.21030.6338-0.25020.01671.2907-0.13460.55524.486619.203-13.7159
62.60770.14631.51633.2533-2.4794.20360.365-0.53790.33960.2395-0.1776-0.1151-0.29050.70320.01440.4611-0.16860.10680.6353-0.20950.568814.426328.1511-27.8564
72.1475-0.48961.02644.1262-1.29234.08560.17-1.14860.38820.3339-0.09940.2345-0.50160.65830.09940.4887-0.28110.04080.9272-0.15640.465818.144825.2568-18.1132
81.7319-0.75231.19213.4885-2.43493.62740.1525-0.90580.71090.6453-0.219-0.0878-0.75960.6030.14980.6473-0.25070.09221.0835-0.12810.541418.444227.0356-18.7807
93.39971.28930.83173.80830.79814.16920.19-0.15970.6194-0.2862-0.020.2157-0.3864-0.2082-0.15450.32130.01580.05980.26820.01310.6012-10.898522.2291-36.2598
104.46620.2059-0.10243.36050.75763.66530.1588-0.51150.86170.15540.01770.4137-0.5797-0.1087-0.09330.4581-0.03180.130.3273-0.09280.7413-5.042830.9856-30.5893
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 140 )A0 - 140
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 141 through 379 )A141 - 379
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid -2 through 22 )B-2 - 22
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 23 through 108 )B23 - 108
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 109 through 140 )B109 - 140
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 141 through 183 )B141 - 183
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 184 through 208 )B184 - 208
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 209 through 257 )B209 - 257
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 258 through 311 )B258 - 311
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 312 through 379 )B312 - 379

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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