PDB-6mai: Crystal structure of Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mai

タイトル

Crystal structure of Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase from Legionella pneumophila Philadelphia 1

要素

Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase from Legionella pneumophila Philadelphia 1
著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2018年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mai.cif.gz	76 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mai.ent.gz	54.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mai.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6mai_validation.pdf.gz	422.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mai_full_validation.pdf.gz	422.2 KB	表示
XML形式データ	6mai_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	6mai_validation.cif.gz	13.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/6mai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/6mai	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1euwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mao-1 4lhr-1 1mq7-1 2xcd-1 2hrm-1 3mdx-1 2xcd-2 5cxd-d 3k21-1 1dup-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-LepnA.01206.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

17.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
52.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.650, 84.650, 55.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-466- HOH

#1: タンパク質	Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase 分子量: 17391.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: dut, lpg2487 / プラスミド: LepnA.01206.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZSN0, dUTP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.9 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Microlytic MCSG1 screen, condition A1: 20% PEG 8000, 100mM HEPES/NaOH pH 7.5: LepnA.01206.a.B1.PS38438 at 24.33mg/ml: cryo: 20% EG in two steps: tray 301633a1, puck PXP9-8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→42.325 Å / Num. obs: 20693 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 7.736 % / B_iso Wilson estimate: 29.774 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.038 / R_rim(I) all: 0.04 / Χ²: 1.033 / Net I/σ(I): 31.78

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.85	4.949	0.471	3.15	1404	0.871	0.525	90.4
1.85-1.9	4.984	0.374	4.02	1385	0.924	0.417	92.5
1.9-1.95	5.076	0.27	5.56	1419	0.956	0.3	95
1.95-2.01	5.233	0.212	7.2	1358	0.97	0.235	95.1
2.01-2.08	5.33	0.159	10.11	1349	0.986	0.176	97.1
2.08-2.15	5.969	0.137	12.55	1349	0.989	0.15	98.5
2.15-2.23	6.911	0.11	16.87	1275	0.993	0.119	99.5
2.23-2.32	7.384	0.09	20.37	1233	0.996	0.097	99.6
2.32-2.43	7.696	0.08	23.63	1220	0.997	0.086	99.8
2.43-2.55	8.181	0.067	28.86	1141	0.998	0.071	99.8
2.55-2.68	8.855	0.058	34.26	1092	0.998	0.062	99.9
2.68-2.85	10.283	0.049	42.78	1037	0.999	0.052	99.9
2.85-3.04	11.116	0.044	51.01	979	0.999	0.046	100
3.04-3.29	11.051	0.035	62.11	908	1	0.036	100
3.29-3.6	11.037	0.028	74.99	835	1	0.03	99.9
3.6-4.03	11.038	0.025	81.88	769	1	0.026	100
4.03-4.65	10.988	0.021	91.86	665	1	0.022	99.8
4.65-5.69	10.99	0.02	91.72	575	1	0.021	100
5.69-8.05	10.942	0.022	86.47	446	1	0.023	100
8.05-42.325	10.134	0.019	97.83	254	0.999	0.02	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(1.14_3211)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1euw

1euw

解像度: 1.8→42.325 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.04

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1768	2013	9.73 %	0
R_work	0.154	-	-	-
obs	0.1562	20691	97.67 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.66 Å² / B_iso mean: 28.2452 Å² / B_iso min: 10.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→42.325 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1040	0	16	192	1248
B_iso mean	-	-	47.54	41.87	-
残基数	-	-	-	-	137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1110
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.893	1518
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.033	679
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	184
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	197

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8002-1.8452	0.2497	130	0.228	1230	1360	90
1.8452-1.8951	0.265	132	0.2112	1243	1375	92
1.8951-1.9509	0.2292	141	0.1809	1294	1435	95
1.9509-2.0138	0.1989	160	0.1704	1263	1423	95
2.0138-2.0858	0.1455	104	0.1541	1358	1462	97
2.0858-2.1693	0.1959	141	0.1634	1347	1488	99
2.1693-2.268	0.1933	181	0.1592	1306	1487	100
2.268-2.3876	0.1954	145	0.1576	1363	1508	100
2.3876-2.5372	0.2033	132	0.1591	1389	1521	100
2.5372-2.733	0.1991	163	0.1539	1344	1507	100
2.733-3.008	0.1752	142	0.1584	1369	1511	100
3.008-3.4431	0.1914	141	0.1449	1377	1518	100
3.4431-4.3373	0.1569	140	0.1308	1394	1534	100
4.3373-42.3367	0.1304	161	0.1498	1401	1562	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4143	1.6318	0.358	2.4187	-1.4552	1.2135	0.0753	-0.0707	0.6359	-0.0209	0.0733	-0.0491	-0.4564	0.5486	-0.1852	0.264	-0.1352	-0.026	0.2688	-0.0363	0.2013	-23.779	36.7748	8.9188
2	1.281	0.1087	0.4698	0.9421	-0.0965	2.2075	0.0288	0.0392	0.0461	0.0399	0.0306	-0.1054	-0.0551	0.3373	-0.0568	0.0993	-0.0277	0.0016	0.1716	-0.0202	0.1423	-29.8833	27.597	1.9933
3	2.0045	0.5814	-0.4691	0.7639	0.1182	2.3617	0.0288	0.1132	0.1005	-0.0544	0.0531	-0.0228	-0.337	0.4471	-0.0649	0.1331	-0.0382	-0.0012	0.1453	-0.0026	0.1669	-32.6031	31.4743	-3.13
4	4.4637	1.4841	-0.2869	6.8053	0.2243	2.5444	0.159	-0.5243	-0.4258	0.4139	-0.1558	0.2741	0.5635	-0.379	-0.0256	0.3489	-0.0545	0.0057	0.2321	0.0836	0.2062	-49.5306	6.2202	17.9857
5	8.7201	3.4918	-6.2611	5.3264	-2.7374	4.6319	0.0991	-0.5226	0.4591	0.3472	-0.0313	0.1462	0.011	0.3614	0.0165	0.1836	-0.0468	-0.0632	0.4147	-0.0508	0.1991	-23.9789	28.3737	17.4448

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 29 )	A	10 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 97 )	A	30 - 97
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 98 through 124 )	A	98 - 124
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 125 through 138 )	A	125 - 138
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 2 through 9 )	A	2 - 9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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