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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m98 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the high-affinity copper transporter Ctr1 in complex with Cu(I) | ||||||
![]() | Chimera protein of High affinity copper uptake protein 1 and Soluble cytochrome b562 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Membrane proteins / Ion transporters / Ion channels. | ||||||
機能・相同性 | ![]() copper ion transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ren, F. / Yuan, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structures of the high-affinity copper transporter Ctr1. 著者: Ren, F. / Logeman, B.L. / Zhang, X. / Liu, Y. / Thiele, D.J. / Yuan, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26272.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 遺伝子: COPT1, copt1, cybC / 発現宿主: ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 50 mM zinc acetate, 50 mM sodium cacodylate pH 5.9, and 28% PEG 400. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3776 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 7470 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 21.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.178 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 713 / CC1/2: 0.779 / Rpim(I) all: 0.501 / % possible gt: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 109.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.21→20 Å
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拘束条件 |
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