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万見
- PDB-6m8q: Cleavage and Polyadenylation Specificity Factor Subunit 3 (CPSF3)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m8q
タイトルCleavage and Polyadenylation Specificity Factor Subunit 3 (CPSF3) in complex with NVP-LTM531
要素Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3
キーワードHYDROLASE / POLYADENYLATION / METALLO-B-LACTAMASE / PRE-MRNA PROCESSING / ARTEMIS / V(D)J RECOMBINATION / DOUBLE-STRAND BREAK REPAIR / RNA BINDING PROTEIN / HYDROXYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / 5'-3' RNA exonuclease activity / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / mRNA 3'-end processing / RNA Polymerase II Transcription Termination ...mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / 5'-3' RNA exonuclease activity / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / mRNA 3'-end processing / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA endonuclease activity / ribonucleoprotein complex / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / CPSF73-100_C / Rossmann fold - #10890 / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain ...Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term / CPSF73-100_C / Rossmann fold - #10890 / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JBG / PHOSPHATE ION / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Weihofen, W.A. / Salcius, M. / Michaud, G.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: CPSF3-dependent pre-mRNA processing as a druggable node in AML and Ewing's sarcoma.
著者: Ross, N.T. / Lohmann, F. / Carbonneau, S. / Fazal, A. / Weihofen, W.A. / Gleim, S. / Salcius, M. / Sigoillot, F. / Henault, M. / Carl, S.H. / Rodriguez-Molina, J.B. / Miller, H.R. / Brittain, ...著者: Ross, N.T. / Lohmann, F. / Carbonneau, S. / Fazal, A. / Weihofen, W.A. / Gleim, S. / Salcius, M. / Sigoillot, F. / Henault, M. / Carl, S.H. / Rodriguez-Molina, J.B. / Miller, H.R. / Brittain, S.M. / Murphy, J. / Zambrowski, M. / Boynton, G. / Wang, Y. / Chen, A. / Molind, G.J. / Wilbertz, J.H. / Artus-Revel, C.G. / Jia, M. / Akinjiyan, F.A. / Turner, J. / Knehr, J. / Carbone, W. / Schuierer, S. / Reece-Hoyes, J.S. / Xie, K. / Saran, C. / Williams, E.T. / Roma, G. / Spencer, M. / Jenkins, J. / George, E.L. / Thomas, J.R. / Michaud, G. / Schirle, M. / Tallarico, J. / Passmore, L.A. / Chao, J.A. / Beckwith, R.E.J.
履歴
登録2018年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3
B: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,22511
ポリマ－108,6862
非ポリマー1,5399
水8,719484
1
A: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1606
ポリマ－54,3431
非ポリマー8175
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0655
ポリマ－54,3431
非ポリマー7224
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.222, 106.222, 206.035
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3 / Cleavage and polyadenylation specificity factor 73 kDa subunit / CPSF 73 kDa subunit / mRNA 3'-end- ...Cleavage and polyadenylation specificity factor 73 kDa subunit / CPSF 73 kDa subunit / mRNA 3'-end-processing endonuclease CPSF-73


分子量: 54343.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPSF3, CPSF73 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NiCo21(DE3)
参照: UniProt: Q9UKF6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-JBG / N-{3,5-dichloro-2-hydroxy-4-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)ethoxy]benzene-1-carbonyl}-L-phenylalanine


分子量: 496.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27Cl2N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: Tetragonal bipyrimidal
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Reservoir solution: 100 mM Tris HCl pH 7.0; 0.4 M NaH2PO4; 1.466 K2HPO; 0.2 M NaCl 10 mg/mL Protein solution: CPSF3 protein in; 20 mM Hepes pH 7.7; 150 mM NaCl; 5 % glycerol; 1 mM DTT; 0.5 mM ...詳細: Reservoir solution: 100 mM Tris HCl pH 7.0; 0.4 M NaH2PO4; 1.466 K2HPO; 0.2 M NaCl 10 mg/mL Protein solution: CPSF3 protein in; 20 mM Hepes pH 7.7; 150 mM NaCl; 5 % glycerol; 1 mM DTT; 0.5 mM NVP-LTM531 Co-crystallization Protocol: 50 nL of protein mixed with 50 nL of reservoir solution. Crystals grew within 1 day with tetragonal bipyramidal habitus and reached a maximum size of 50 micrometers after 3 days. Cryo-protection Protocol: supplemented reservoir solution with 10 and 20% glycerol, respectively, and subsequently added both solution within 5 min. Crystals incubate for another 5 min before harvesting.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→94.41 Å / Num. obs: 42063 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 55.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.49→2.5 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.272 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.4精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2I7T

2i7t


解像度: 2.49→73.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9277 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8951 / SU R Cruickshank DPI: 0.348 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.404 / SU Rfree Blow DPI: 0.242 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.237
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2208 2110 5.04 %RANDOM
Rwork0.1625 ---
obs0.1654 41862 99.41 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.2546 Å20 Å20 Å2
2--9.2546 Å20 Å2
3----18.5091 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.239 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→73.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7255 0 85 484 7824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017507HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1810160HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2642SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes188HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1080HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7507HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.19
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.45
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion976SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8861SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2743 137 4.57 %
Rwork0.2112 2864 -
all0.214 3001 -
obs--99.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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