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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m7x | ||||||
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タイトル | Structure of human CYP11B1 in complex with fadrozole | ||||||
要素 | Cytochrome P450 11B1, mitochondrial | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / CYP11B1 / S-fadrozole / cortisol | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective CYP11B1 causes AH4 / steroid 11beta-monooxygenase / steroid 11-beta-monooxygenase activity / corticosterone 18-monooxygenase activity / cortisol metabolic process / aldosterone biosynthetic process / cortisol biosynthetic process / glucocorticoid biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / sterol metabolic process ...Defective CYP11B1 causes AH4 / steroid 11beta-monooxygenase / steroid 11-beta-monooxygenase activity / corticosterone 18-monooxygenase activity / cortisol metabolic process / aldosterone biosynthetic process / cortisol biosynthetic process / glucocorticoid biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / sterol metabolic process / cellular response to potassium ion / C21-steroid hormone biosynthetic process / cellular response to peptide hormone stimulus / Endogenous sterols / cellular response to hormone stimulus / cholesterol metabolic process / regulation of blood pressure / glucose homeostasis / mitochondrial inner membrane / iron ion binding / immune response / heme binding / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.095 Å | ||||||
データ登録者 | Scott, E.E. / Brixius-Anderko, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019 タイトル: Structure of human cortisol-producing cytochrome P450 11B1 bound to the breast cancer drug fadrozole provides insights for drug design. 著者: Brixius-Anderko, S. / Scott, E.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6m7x.cif.gz | 373.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6m7x.ent.gz | 307.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6m7x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6m7x_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6m7x_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6m7x_validation.xml.gz | 36.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6m7x_validation.cif.gz | 52.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/6m7x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/6m7x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4fdhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55676.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP11B1, S11BH / プラスミド: pCWori+ / 発現宿主: Escherichia coli DH5alpha (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P15538, steroid 11beta-monooxygenase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M imidazole (pH 7.0), 12% PEG 20,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月9日 / 詳細: Rh coated collimating mirrors, K-B focusing mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.095→38.45 Å / Num. obs: 82404 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 11667 / Rpim(I) all: 0.443 / % possible all: 96.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4FDH 解像度: 2.095→38.446 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.39
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.095→38.446 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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