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- PDB-6m5s: The coordinates of the apo hexameric terminase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m5s
タイトルThe coordinates of the apo hexameric terminase complex
要素
  • Tripartite terminase subunit 1
  • Tripartite terminase subunit 2
  • Tripartite terminase subunit 3
キーワードVIRAL PROTEIN / hexamer terminase complex / apo state
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA genome packaging / chromosome organization / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / host cell nucleus / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tripartite terminase subunit 1 / Herpesvirus tripartite terminase subunit 2 / Herpesvirus processing and transport protein / Herpesvirus UL33-like protein / Probable DNA packing protein, C-terminal / Probable DNA packing protein, N-terminal / Tripartite terminase subunit 3 / Probable DNA packing protein, C-terminal domain superfamily / Probable DNA packing protein, C-terminus / Probable DNA packing protein, N-terminus / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA packaging protein UL33 / Tripartite terminase subunit 3 / Tripartite terminase subunit 1 / Tripartite terminase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Yang, Y.X. / Yang, P. / Wang, N. / Chen, Z.H. / Zhou, Z.H. / Rao, Z.H. / Wang, X.X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800145 and 31570717 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020
タイトル: Architecture of the herpesvirus genome-packaging complex and implications for DNA translocation.
著者: Yunxiang Yang / Pan Yang / Nan Wang / Zhonghao Chen / Dan Su / Z Hong Zhou / Zihe Rao / Xiangxi Wang /
要旨: Genome packaging is a fundamental process in a viral life cycle and a prime target of antiviral drugs. Herpesviruses use an ATP-driven packaging motor/terminase complex to translocate and cleave ...Genome packaging is a fundamental process in a viral life cycle and a prime target of antiviral drugs. Herpesviruses use an ATP-driven packaging motor/terminase complex to translocate and cleave concatemeric dsDNA into procapsids but its molecular architecture and mechanism are unknown. We report atomic structures of a herpesvirus hexameric terminase complex in both the apo and ADP•BeF3-bound states. Each subunit of the hexameric ring comprises three components-the ATPase/terminase pUL15 and two regulator/fixer proteins, pUL28 and pUL33-unlike bacteriophage terminases. Distal to the nuclease domains, six ATPase domains form a central channel with conserved basic-patches conducive to DNA binding and trans-acting arginine fingers are essential to ATP hydrolysis and sequential DNA translocation. Rearrangement of the nuclease domains mediated by regulatory domains converts DNA translocation mode to cleavage mode. Our structures favor a sequential revolution model for DNA translocation and suggest mechanisms for concerted domain rearrangements leading to DNA cleavage.
履歴
登録2020年3月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_point_symmetry / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30091
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30091
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tripartite terminase subunit 3
B: Tripartite terminase subunit 1
C: Tripartite terminase subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,1815
ポリマ－174,0503
非ポリマー1312
水00
1
A: Tripartite terminase subunit 3
B: Tripartite terminase subunit 1
C: Tripartite terminase subunit 2
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,045,08330
ポリマ－1,044,29818
非ポリマー78512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C6 (6回回転対称))

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要素

#1: タンパク質 Tripartite terminase subunit 3 / Terminase large subunit


分子量: 76354.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)
株: 17 / 遺伝子: TRM3, UL15
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04295, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Tripartite terminase subunit 1


分子量: 84512.750 Da / 分子数: 1 / Mutation: R216S, R312Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)
株: 17 / 遺伝子: TRM1, UL28
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P10212
#3: タンパク質 Tripartite terminase subunit 2


分子量: 13182.892 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)
株: 17 / 遺伝子: UL33, TRM2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: B9VQG1, UniProt: P10217*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HSV-1 terminase complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25249 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0039676
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.58113128
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d31.3391352
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411491
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041716

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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