PDB-6m5o: Co-crystal structure of human serine hydroxymethyltransferase 2 i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m5o

タイトル

Co-crystal structure of human serine hydroxymethyltransferase 2 in complex with Pyridoxal 5'-phosphate (PLP) and glycodeoxycholic acid

要素

Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

BRISC complex / L-allo-threonine aldolase activity / regulation of mitochondrial translation / L-serine metabolic process / glycine metabolic process / L-serine biosynthetic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.30000663987 Å

データ登録者

Ota, T. / Senoo, A. / Ito, S. / Ueno, G. / Nagatoishi, S. / Tsumoto, K. / Sando, S.

引用

ジャーナル: Iscience / 年: 2021
タイトル: Structural basis for selective inhibition of human serine hydroxymethyltransferase by secondary bile acid conjugate.
著者: Ota, T. / Senoo, A. / Shirakawa, M. / Nonaka, H. / Saito, Y. / Ito, S. / Ueno, G. / Nagatoishi, S. / Tsumoto, K. / Sando, S.

履歴

登録	2020年3月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月3日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2021年2月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	6m5wC 4pvfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5v7i-d 3e0l-d 6siy-d 4l63-d 6uxi-d 4p3m-d 2nvv-1 4eu7-d 6lja-d 6sf9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial

B: Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, SEC-MALS

単位格子

Length a, b, c (Å)	159.840, 159.840, 211.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1004- HOH
2	1	A-1013- HOH

#1: タンパク質	Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial / SHMT / Glycine hydroxymethyltransferase / Serine methylase 分子量: 56342.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHMT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P34897, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-DXC / (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID / DEOXYCHOLIC ACID / デオキシコ-ル酸分子量: 392.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₀O₄ / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris hydrochloride pH 8.5, 8% (w/v) polyethylene glycol 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→49.3564705048 Å / Num. obs: 70999 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.25 % / R_merge(I) obs: 0.316 / R_rim(I) all: 0.324 / Net I/σ(I): 12.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.38	22.48	1.878	2.3	157463	1.921	100
2.38-2.48	22.46	1.529	2.8	156567	1.564	100
2.48-2.59	22.49	1.357	3.4	157183	1.285	99.97
2.59-2.73	22.48	0.946	4.4	157420	0.967	100
2.73-2.9	22.45	0.721	5.7	157997	0.737	100
2.9-3.12	22.43	0.488	8.1	157898	0.499	100
3.12-3.44	22.39	0.333	11.3	158536	0.34	100
3.44-3.93	22.28	0.188	18.8	158517	0.192	100
3.93-4.95	22.06	0.115	28.2	159076	0.118	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.11	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4PVF

4pvf

解像度: 2.30000663987→49.3564705048 Å / SU ML: 0.303512515499 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35660850073 / 位相誤差: 26.6768656715

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255867853927	3514	4.95152744899 %
R_work	0.201122980691	-	-
obs	0.203792694894	70968	99.9549295775 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.9272779355 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.30000663987→49.3564705048 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7306	0	0	490	7796

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069824306043	7460
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.961582764868	10112
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0494698769599	1118
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00564728230051	1318
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.3148689067	4536

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.30000663987-2.3315	0.336531323065	130	0.288965454217	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.8920863309
2.3315-2.3648	0.329485909657	128	0.281624464871	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.9645264278
2.3648-2.4001	0.339145817606	153	0.279169564264	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.8558038933
2.4001-2.4376	0.342668981328	140	0.270512115457	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.9642218247
2.4376-2.4776	0.327822256286	141	0.262880460709	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.9287241625
2.4776-2.5203	0.279548856736	140	0.262866837883	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.9285203717
2.5203-2.5661	0.311116025986	134	0.252460644187	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5661-2.6155	0.311499719342	136	0.250994236703	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.9643874644
2.6155-2.6689	0.314539174164	155	0.254231170664	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.9645264278
2.6689-2.7269	0.329449379292	132	0.249664314542	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.9640804598
2.7269-2.7903	0.333766412286	157	0.25034377762	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7903-2.8601	0.340694897465	136	0.241419652915	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.8932764141
2.8601-2.9374	0.320693617709	161	0.229943410265	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.8934280639
2.9374-3.0238	0.305805891425	130	0.23631980061	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.9290528556
3.0238-3.1214	0.292768544142	143	0.233036880236	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.9289772727
3.1214-3.233	0.275864636986	128	0.221763077797	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.233-3.3624	0.278534709716	134	0.214877082292	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3624-3.5154	0.255719414885	140	0.193307000917	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.9649122807
3.5154-3.7007	0.229456862782	137	0.183099705602	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7007-3.9324	0.190829602623	134	0.163898815891	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9324-4.2359	0.206052626206	150	0.151747940836	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2359-4.6619	0.17985188886	125	0.142393027065	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6619-5.3358	0.203372982781	157	0.143624405343	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3358-6.7198	0.198430594831	150	0.168230200444	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7198-49.3564705048	0.18759689679	143	0.159167428973	2987	X-RAY DIFFRACTION	99.8405103668

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.111370032838	-0.0188096857065	0.0143326844644	0.0014858817997	0.0261521584489	0.0641762894472	-0.0831900875805	-0.0431152751304	-0.0123540604788	-0.0632863943738	-0.0740831134324	-0.0538731556649	-0.0580774140838	-0.205495350744	-0.190810723027	-0.0230129867134	0.172224452267	-0.0142014530486	0.322054828702	0.0446164577425	0.195312529704	25.2959231964	61.3702195564	-3.81993269076
2	0.0368984395979	-0.0210205404534	0.0271230606454	0.0354662992403	0.0110868270801	0.0847039869348	-0.0233966324914	-0.0839159758603	-0.0981421197177	0.0517364011083	0.00710065857929	-0.0345550172103	0.0238565570051	-0.123467680404	-0.0161795296631	-0.0125222327773	0.1218325905	-0.0163119161743	0.211548139092	-0.0102973505075	0.223314594414	29.0071357123	52.1901308032	2.17289237874
3	0.00768722049558	0.0133509529785	0.016001357954	0.0693158362888	0.0743630789858	0.105876705164	0.0144481705692	0.0673076133497	-0.0955237727355	-0.0852062122463	0.0144863266009	0.0107569360709	-0.129965090486	0.133379929225	-0.00325048864766	0.116190731806	-0.0257407921315	-0.000480690599919	0.266875604216	0.0190685366231	0.226781442287	46.6160392941	62.7794155802	-19.9663906257
4	0.0209394170405	-0.0284410437077	0.0218426250662	-0.00670934100756	0.00415944249984	0.0439063948146	-0.234380435891	-0.194598946117	0.196519692559	-0.0448236835979	-0.0953666177335	0.11560516609	-0.313552609675	-0.440848940373	-0.62237981543	0.0609550951445	0.772745912406	-0.207417240036	0.40441574712	-0.223549198166	0.299659840452	12.5401975087	76.4464089769	-5.15315051975
5	0.072181614719	-0.0530514769711	0.011991459328	0.0534980359333	-0.0480074424653	0.0634778724725	-0.059144519486	-0.0669625382495	0.0685327029003	0.00264470097224	-0.159933735557	0.116698331426	-0.127131198793	-0.384484455245	-0.422078359811	0.0381959822214	0.51186040854	-0.267777168089	0.793821441067	-0.256288946962	0.300749244744	-1.68277590978	71.1261506998	-7.60187187505

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 43 through 216 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 217 through 367 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 368 through 504 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 43 through 277 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 278 through 504 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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