PDB-6m5h: A class C beta-lactamase mutant - Y150F

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m5h

タイトル

A class C beta-lactamase mutant - Y150F

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / beta-lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Bae, D.W. / Jung, Y.E. / Cha, S.S.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2020
タイトル: Novel inhibition mechanism of carbapenems on the ACC-1 class C beta-lactamase.
著者: Bae, D.W. / Jung, Y.E. / Jeong, B.G. / Cha, S.S.

履歴

登録	2020年3月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m5h.cif.gz	93.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m5h.ent.gz	66.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m5h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6m5h_validation.pdf.gz	427.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6m5h_full_validation.pdf.gz	429.5 KB	表示
XML形式データ	6m5h_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	6m5h_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/6m5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/6m5h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6m5pC 6m5qC 6k8xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lt1-1 6k9t-d 3x2t-2 5hle-d 6t35-d 2zj9-1 6y8l-d 7a3z-d 1f9t-d 3wrd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

40.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.150, 59.980, 55.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.310, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 40697.316 Da / 分子数: 1 / 変異: Y150F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla-ACC-1, acc-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XB24, beta-lactamase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 30% polyethylene glycol 1500, 0.1M sodium cacodylate (pH 5.5), 0.2M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.98→50 Å / Num. obs: 430004 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.35 % / R_sym value: 0.01 / Net I/σ(I): 6.54
反射シェル	解像度: 0.98→4.39 Å / Num. unique obs: 30255 / CC_1/2: 0.061

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6K8X

6k8x

解像度: 1.2→32.99 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2066	-	-
R_work	0.1775	-	-
obs	-	121606	98.68 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→32.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2769	0	0	383	3152

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0097	2830
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1462	3848
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0988	441
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0082	491
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8113	1032

LS精密化シェル

解像度: 1.2→1.255 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25377	-	-
R_work	0.2403	-	-
obs	-	14777	97 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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