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- PDB-6m58: Crystal structure of a complex between human serum albumin and th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m58
タイトルCrystal structure of a complex between human serum albumin and the antibody Fab SL335
要素
  • Heavy chain of the SL335 antibody fab
  • Light chain of the SL335 antibody Fab
  • Serum albumin
キーワードIMMUNE SYSTEM / SERUM ALBUMIN / ANTI-ALBUMIN / ANTIBODY FAB
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / small molecule binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Cho, S.Y. / Yoon, S.I.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of serum albumin recognition by SL335, an antibody Fab extending the serum half-life of protein therapeutics.
著者: Cho, S.Y. / Han, J. / Cha, S.H. / Yoon, S.I.
履歴
登録2020年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
H: Heavy chain of the SL335 antibody fab
L: Light chain of the SL335 antibody Fab
B: Serum albumin
C: Heavy chain of the SL335 antibody fab
D: Light chain of the SL335 antibody Fab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,3636
ポリマ－228,3636
非ポリマー00
水54030
1
A: Serum albumin
H: Heavy chain of the SL335 antibody fab
L: Light chain of the SL335 antibody Fab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,1813
ポリマ－114,1813
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area43260 Å2
手法PISA
2
B: Serum albumin
C: Heavy chain of the SL335 antibody fab
D: Light chain of the SL335 antibody Fab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,1813
ポリマ－114,1813
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area41930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.607, 103.931, 161.082
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.083, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768
#2: 抗体 Heavy chain of the SL335 antibody fab


分子量: 24278.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Light chain of the SL335 antibody Fab


分子量: 23331.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, Tris, pH 8.5, glycerol, sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→30 Å / Num. obs: 47902 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.95→3 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2445 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2-3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CSZ, 1AO6

5csz

1ao6


解像度: 2.95→30 Å / SU ML: 0.3698 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 25.1875
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 2296 -
Rwork0.193 --
obs-44707 98.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 62.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14723 0 0 30 14753
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.0141 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3531 134 -
Rwork0.2813 2793 -
obs--99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5609-0.1969-0.14181.29250.03741.4678-0.08660.0668-0.1994-0.041-0.11040.05660.4257-0.17550.14860.5783-0.0202-0.00220.2693-0.01870.54354.553319.098844.0874
21.9557-1.060.28542.0803-0.73121.6395-0.1728-0.1795-0.03550.24060.1808-0.0371-0.08530.1162-0.02670.55820.016-0.05260.1775-0.00740.4627.52433.66569.3257
32.6029-1.2653-1.55632.48871.14130.8835-0.06450.1105-0.29190.2551-0.043-0.29430.25890.11880.10390.87520.0796-0.03780.33480.04580.616824.23944.573864.3571
42.6334-1.2853-0.24693.63640.25590.6658-0.1351-0.01930.26020.3250.0182-0.2094-0.13340.02640.09980.4856-0.009-0.04370.17520.00260.4012-10.270256.800967.8059
53.2352-1.48560.12973.73380.97620.9397-0.0538-0.1328-0.04380.3344-0.1469-0.05450.0276-0.01110.16850.5216-0.037-0.04630.1664-0.01530.3892-13.398355.860467.6874
64.54180.217-0.26160.97631.37611.91850.0183-0.00780.26280.146-0.2640.1520.0216-0.52540.17160.4832-0.0009-0.01920.3102-0.07910.5558-39.991467.100867.3983
76.6132.75962.03571.49720.36091.31440.2322-1.03580.3052-0.0029-0.15380.46810.2344-0.9118-0.05630.5246-0.0870.02070.5526-0.07780.7445-47.165965.362472.1822
81.5753-1.9153-0.54242.37070.3632.95860.09320.7639-0.5681-0.071-0.28160.54960.4663-0.41440.06880.572-0.0006-0.09990.3453-0.09510.5343-26.055845.314847.7466
96.7033-0.82750.79450.1652-0.35771.32030.24750.9535-0.58180.2947-0.27510.09060.29190.2032-0.02030.63480.0901-0.09610.0616-0.08490.5218-16.267443.767550.5868
101.8734-0.40340.52650.2962-0.04550.1646-0.0353-0.4766-0.74280.3840.00110.31170.4440.01080.05620.6196-0.0788-0.00990.2491-0.06050.6941-21.99739.810360.9987
118.19520.6831-0.92170.0425-0.07580.09850.39541.0301-0.64510.0521-0.10150.42030.2272-0.12530.00510.63460.0193-0.09950.321-0.15370.7294-18.505737.753348.4346
120.7605-0.3013-0.55162.21090.60941.4687-0.01780.0573-0.5336-0.0962-0.31740.54670.1686-0.2892-0.2850.7290.0001-0.09820.1518-0.08090.5819-27.188542.414155.7003
133.2263-1.78810.42892.12540.79230.95390.11720.27180.4175-0.0226-0.24020.26970.0236-0.34730.15910.5525-0.03920.03190.2898-0.04230.6176-34.209358.472655.9311
143.67420.00120.41247.6683.42225.8172-0.0879-0.1267-0.0120.2582-0.2090.57690.0547-0.55570.36480.3705-0.0251-0.04560.4905-0.21610.6523-45.566662.23954.2801
153.5461-1.6863-1.55278.38532.65595.7205-0.43760.67841.0416-1.2864-0.29480.8358-0.6521-1.18060.370.72840.0975-0.39730.3383-0.13831.0227-47.585273.425346.0576
164.10931.3742-0.13351.89730.31394.3893-0.15060.0831-0.43290.33150.11910.251-0.2849-0.5550.05030.4925-0.0317-0.1030.3528-0.11880.5056-40.922358.576755.3915
174.3978-2.4227-1.29551.60181.84784.958-0.1174-0.18931.3744-0.07390.13430.3415-1.47960.07970.08570.60470.2163-0.15910.4533-0.13791.1194-45.499677.123455.8971
182.7842-1.8372-0.58868.14032.43622.8346-0.17610.55270.5187-0.64490.02061.0761-0.6938-0.19310.30160.5940.1238-0.23880.5733-0.06670.9275-50.921272.873648.9005
192.8361-1.301-0.57354.67522.06633.82770.20120.40220.148-0.5737-0.00740.9955-0.4549-0.6920.28710.3870.2166-0.40570.7293-0.1721.2368-54.257464.782347.1847
202.0462-0.0951-0.62791.53680.38782.6631-0.02670.74430.0014-0.212-0.00930.1327-0.1007-0.57510.02290.39360.0145-0.10320.6680.02750.4675-28.665260.617632.5598
211.8219-0.567-1.87670.63030.21072.27390.07780.34120.30430.06740.016-0.1329-0.1251-0.2237-0.12290.46360.051-0.05540.30040.07090.4661-11.025868.078833.8338
222.4184-1.8328-0.39444.06530.55412.50260.37290.35770.6375-0.5418-0.3582-0.4741-0.43350.2771-0.04020.57450.01070.06040.47540.29710.79668.089577.137716.7236
231.8297-1.43110.04841.73890.72211.71920.27890.36310.7026-0.2792-0.2546-0.1676-0.2675-0.1818-0.00760.72870.14150.08780.49430.21980.8039-18.690996.205523.4779
243.2856-1.8263-0.2674.8850.75662.38530.11630.4869-0.0244-0.3671-0.33940.0030.0489-0.06470.27210.40520.0621-0.00880.36090.06320.520618.447843.66117.1497
256.3260.45320.19180.81651.87145.13080.2037-0.28440.4781-0.1839-0.2020.0799-0.15530.1007-0.26360.3856-0.0122-0.07470.35570.05460.39715.167850.307226.8933
263.063-0.74360.188641.32451.82920.08170.51420.48570.025-0.004-0.2924-0.3413-0.1196-0.12760.3761-0.0207-0.01440.30910.12570.406118.474245.075722.7759
272.1601-1.34270.13773.6151.81941.07830.09320.2457-0.0479-0.4282-0.1107-0.30380.0403-0.01270.01470.50420.01180.11390.37780.07730.309919.83127.345213.1139
285.93462.42611.15584.2861.63672.6545-0.09450.6154-0.3396-0.9909-0.2106-0.40630.0996-0.3681-0.01960.69910.06180.04220.4791-0.06160.487519.897518.19326.5181
295.0051.8904-0.46663.52311.45751.00160.021-0.2614-0.4565-0.3926-0.0715-0.35470.8432-0.82730.05990.64270.00520.10560.65190.07070.384216.512918.045611.4253
304.1071-0.6236-1.76645.32322.28266.8380.3451.2316-0.5727-0.58970.6117-0.71120.60640.4567-0.71910.95960.1118-0.04560.7979-0.26090.653312.18729.5477-2.7907
316.89850.46121.27743.2081.12425.3188-0.15851.67090.1145-1.34030.656-0.23-0.62480.7717-0.48310.7437-0.010.13030.7963-0.05320.588523.967518.44621.4185
323.1604-2.2108-2.39165.06560.43073.70890.09190.4984-0.84070.3757-0.12690.84720.8183-1.04940.04180.5408-0.00280.05420.4756-0.13990.5758-5.598431.049223.871
333.3964-0.0245-1.14614.9721-2.01951.52690.16610.8354-0.074-0.30390.01230.936-0.0426-0.1714-0.08430.41480.0653-0.11520.5244-0.05520.4174-2.65541.274820.2659
344.8194-1.3732-2.29917.70834.59063.29190.1320.5799-0.38130.496-0.24150.7950.5821-0.0829-0.09290.3507-0.0306-0.05540.4359-0.0810.6192-9.747640.902124.9063
354.4057-0.7144-0.13164.0164-0.14941.5856-0.08971.0297-0.933-0.561-0.46480.29920.2177-0.3010.42080.4558-0.0133-0.06410.7977-0.24270.563-3.954434.506716.1659
364.2619-1.13280.37295.15844.47546.2337-0.0675-0.2569-0.18690.4720.7658-0.58470.1868-0.3402-0.55490.4321-0.0314-0.02050.40250.1590.43914.728743.929929.5815
370.1218-0.57240.09856.12881.11720.75480.10310.1195-0.85850.211-0.10560.97250.5168-0.33020.30140.7773-0.0940.02190.6757-0.45860.9749-5.38417.941913.6727
382.1025-0.87410.47555.07431.40743.37160.46890.2425-0.9688-0.2884-0.2586-0.39680.8069-0.1231-0.24870.7346-0.0004-0.06090.4747-0.02890.834812.79386.366113.1715
393.73272.21980.14482.06781.76863.8225-0.4843-0.1842-1.19110.1118-0.2683-0.46941.1496-0.18130.4750.9778-0.16610.22050.519-0.0111.022614.08054.675922.4303
404.5312-1.73310.0963.2717-2.251.888-0.24240.65640.7517-0.217-0.41120.3208-0.5751-0.25080.60390.7249-0.1976-0.13040.6438-0.05880.69270.979519.54829.5039
413.41011.79730.56643.8170.65212.2577-0.2675-0.5102-2.03670.27120.0983-0.04331.0936-0.01860.13221.1076-0.0180.07180.4487-0.11721.108712.31070.663216.5834
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 227 )A5 - 227
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 228 through 398 )A228 - 398
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 399 through 582 )A399 - 582
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 2 through 72 )H2 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 73 through 111 )H73 - 111
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 112 through 182 )H112 - 182
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 183 through 221 )H183 - 221
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 1 through 18 )L1 - 18
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 19 through 38 )L19 - 38
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 39 through 61 )L39 - 61
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 62 through 75 )L62 - 75
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 76 through 90 )L76 - 90
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 91 through 128 )L91 - 128
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 129 through 143 )L129 - 143
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 144 through 155 )L144 - 155
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 156 through 174 )L156 - 174
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 175 through 187 )L175 - 187
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 188 through 198 )L188 - 198
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'L' and (resid 199 through 210 )L199 - 210
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 5 through 130 )B5 - 130
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 131 through 291 )B131 - 291
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 292 through 398 )B292 - 398
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 399 through 582 )B399 - 582
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 2 through 44 )C2 - 44
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 45 through 59 )C45 - 59
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 60 through 100 )C60 - 100B
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 101 through 142 )C100C - 142
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 143 through 164 )C143 - 164
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 165 through 184 )C165 - 184
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 185 through 200 )C185 - 200
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'C' and (resid 201 through 220 )C201 - 220
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 1 through 18 )D1 - 18
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 19 through 61 )D19 - 61
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 62 through 75 )D62 - 75
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 76 through 90 )D76 - 90
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 91 through 102 )D91 - 102
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 103 through 113 )D103 - 113
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 114 through 150 )D114 - 150
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'D' and (resid 151 through 163 )D151 - 163
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'D' and (resid 164 through 174 )D164 - 174
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'D' and (resid 175 through 210 )D175 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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