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万見
- PDB-6m56: Solution NMR Structure of Peptide P9R -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m56
タイトルSolution NMR Structure of Peptide P9R
要素Peptide P9R
キーワードANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defensins / Beta defensins / CCR6 chemokine receptor binding / chemoattractant activity / cell chemotaxis / chemotaxis / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Beta defensin type / Beta defensin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Yuen, K.Y. / Zhao, H.J. / Yung, T.M. / Sze, K.H.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: A broad-spectrum virus- and host-targeting peptide against respiratory viruses including influenza virus and SARS-CoV-2.
著者: Zhao, H. / To, K.K.W. / Sze, K.H. / Yung, T.T. / Bian, M. / Lam, H. / Yeung, M.L. / Li, C. / Chu, H. / Yuen, K.Y.
履歴
登録2020年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide P9R


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4181
ポリマ－3,4181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Peptide P9R / Beta-defensin 4 / mBD-4 / Defensin / beta 4


分子量: 3418.084 Da / 分子数: 1 / 変異: H21R/K23R/K28R / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P82019

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H COSY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-1H NOESY
142isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11 mg/mL NA- P9R, 95% H2O/5% D2O1 mg/mL P9R dissolved in pure 95% H2O/5% D2O.5% D2O95% H2O/5% D2O
solution21 mg/mL NA- P9R, 100% D2O1 mg/mL P9R dissolved in pure 99.996% D2O.100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mg/mLP9RNA-1
1 mg/mLP9RNA-2
試料状態イオン強度: 0 Not defined / Label: Standard / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.21Brunger A. T. et.al.精密化
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNchemical shift assignment
DANGLE1.1Nicole Cheung, Tim Stevens, Bill Broadhurststructure calculation
TopSpin4.0.6Bruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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