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- PDB-6m4x: Co-crystal structure of Ac-AChBPP in complex with [N9A]LvIA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m4x
タイトルCo-crystal structure of Ac-AChBPP in complex with [N9A]LvIA
要素
  • Alpha-conotoxin LvIA
  • Soluble acetylcholine receptor
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/TOXIN / complex / conotoxin / AChBP / ion channel / METAL BINDING PROTEIN-TOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / toxin activity / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Conotoxin, alpha-type / Alpha conotoxin precursor / Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-conotoxin LvIA / Soluble acetylcholine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Aplysia californica (無脊椎動物)
Conus lividus (イボシマイモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.998 Å
データ登録者Wang, X.Q. / Pan, S. / Luo, S.L. / Zhu, X.P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of Ac-AChBP in complex with LvIA analogs reveals the mechanism of its selectivity towards different nAChR subtypes
著者: Zhu, X.P. / Pan, S. / Wang, X.Q. / Luo, S.L.
履歴
登録2020年3月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Soluble acetylcholine receptor
F: Alpha-conotoxin LvIA
B: Soluble acetylcholine receptor
C: Alpha-conotoxin LvIA
D: Soluble acetylcholine receptor
E: Alpha-conotoxin LvIA
G: Soluble acetylcholine receptor
H: Alpha-conotoxin LvIA
I: Soluble acetylcholine receptor
J: Alpha-conotoxin LvIA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,88610
ポリマ－125,88610
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20610 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area43910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.441, 207.441, 114.061
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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52(chain J and (resseq 401:410 or (resid 411 and (name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
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122ASPASPASPASP(chain E and (resseq 401:410 or (resid 411 and (name...EF41111
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572GLYGLYNH2NH2(chain J and (resseq 401:410 or (resid 411 and (name...JJ401 - 4171 - 17

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Soluble acetylcholine receptor / acetylcholine binding protein


分子量: 23535.307 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物)
発現宿主: Baculovirus expression vector pCTdual (ウイルス)
参照: UniProt: Q8WSF8
#2: タンパク質・ペプチド
Alpha-conotoxin LvIA / Alpha-CTx LvIA


分子量: 1641.893 Da / 分子数: 5 / Mutation: N29A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Conus lividus (イボシマイモ) / 発現宿主: Synthesium tursionis (無脊椎動物) / 参照: UniProt: L8BU87
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.0 M Magnesium sulfate hydrate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate (pH 4.6)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 50297 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 55.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.265 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.277 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3-3.0713.21.75232770.7470.5041.8250.70399.8
3.07-3.1513.31.31432990.8350.3771.3690.69799.9
3.15-3.2313.31.43633030.8850.4131.4960.76799.9
3.23-3.3312.90.97132790.8720.2861.0131.098100
3.33-3.4312.81.64733320.9520.5021.7251.0799.9
3.43-3.5612.10.63732950.9740.2050.6711.06199.9
3.56-3.711.70.49533370.9660.1630.5231.16999.8
3.7-3.8713.30.80632960.9730.2320.8391.01799.8
3.87-4.0711.90.27733590.9790.0940.2930.99299.9
4.07-4.33140.1733270.9950.0470.1771.048100
4.33-4.6614.10.1433570.9960.0390.1460.986100
4.66-5.1314.20.11733730.9970.0320.1211.091100
5.13-5.8714.10.11133970.9980.0310.1150.974100
5.87-7.3913.80.08934490.9980.0250.0921.063100
7.39-5013.50.04636170.9990.0130.0480.9899.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CO5

5co5


解像度: 2.998→48.584 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3162 2410 5.05 %
Rwork0.2625 --
obs0.2652 47700 94.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 150.06 Å2 / Biso mean: 59.8322 Å2 / Biso min: 24.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.998→48.584 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8820 0 0 0 8820
残基数----1115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0139055
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.53312365
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0575485
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4270X-RAY DIFFRACTION18.551TORSIONAL
12B4270X-RAY DIFFRACTION18.551TORSIONAL
13D4270X-RAY DIFFRACTION18.551TORSIONAL
14G4270X-RAY DIFFRACTION18.551TORSIONAL
15I4270X-RAY DIFFRACTION18.551TORSIONAL
21E361X-RAY DIFFRACTION18.551TORSIONAL
22C361X-RAY DIFFRACTION18.551TORSIONAL
23F361X-RAY DIFFRACTION18.551TORSIONAL
24H361X-RAY DIFFRACTION18.551TORSIONAL
25J361X-RAY DIFFRACTION18.551TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.998-3.05870.38311390.3076267397
3.0587-3.12520.33351340.27352763100
3.1252-3.19790.36971480.27442786100
3.1979-3.27780.38111240.3187276699
3.2778-3.36640.38211510.3272275099
3.3664-3.46550.59621170.4786229782
3.4655-3.57730.43221330.3995246688
3.5773-3.70510.54431340.4782227282
3.7051-3.85340.54871230.3924230983
3.8534-4.02870.43251150.359224781
4.0287-4.2410.24941640.2054278799
4.241-4.50650.23371510.1768278499
4.5065-4.85420.1851520.1628278899
4.8542-5.34210.22021500.1622839100
5.3421-6.11380.23821570.18362849100
6.1138-7.69790.21351540.20452893100
7.6979-48.5840.23151640.20123021100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -64.6842 Å / Origin y: 24.2529 Å / Origin z: -17.6663 Å
111213212223313233
T0.3003 Å20.0547 Å20.0223 Å2-0.3155 Å20.0052 Å2--0.3522 Å2
L0.519 °20.1629 °20.0141 °2-0.6152 °2-0.0591 °2--0.5943 °2
S-0.0206 Å °-0.085 Å °-0.0591 Å °-0.0684 Å °-0.0555 Å °-0.0894 Å °0.1084 Å °0.048 Å °0.0648 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA0 - 206
2X-RAY DIFFRACTION1allF401 - 417
3X-RAY DIFFRACTION1allB0 - 206
4X-RAY DIFFRACTION1allC401 - 417
5X-RAY DIFFRACTION1allD0 - 206
6X-RAY DIFFRACTION1allE401 - 417
7X-RAY DIFFRACTION1allG0 - 206
8X-RAY DIFFRACTION1allH401 - 417
9X-RAY DIFFRACTION1allI0 - 206
10X-RAY DIFFRACTION1allJ401 - 417

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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