PDB-6m48: Crystal structure of pilus adhesin, SpaC from Lactobacillus rhamn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m48

タイトル

Crystal structure of pilus adhesin, SpaC from Lactobacillus rhamnosus GG - P21212 form

要素

SpaC

キーワード

CELL ADHESION / Pilus adhesin / Tip pilin / vWFA domain / SpaCBA pilus / sortase / Lactobacillus rhamnosus GG / pili / fimbria / Probiotics / SpaC / lectin / surface protein / MIDAS

機能・相同性

Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Pilus assembly protein

機能・相同性情報

生物種

Lactobacillus rhamnosus GG (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Kant, A. / Palva, A. / Von Ossowaski, I. / Krishnan, V.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of lactobacillar SpaC reveals an atypical five-domain pilus tip adhesin: Exposing its substrate-binding and assembly in SpaCBA pili.
著者: Kant, A. / Palva, A. / von Ossowski, I. / Krishnan, V.

履歴

登録	2020年3月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2021年9月15日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m48.cif.gz	624 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m48.ent.gz	509.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m48.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6m48_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6m48_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	6m48_validation.xml.gz	56.3 KB	表示
CIF形式データ	6m48_validation.cif.gz	79.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/6m48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/6m48	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6m3ySC 6m7cC 7bvxC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6m3y-d 3665 439 4m4r-2 4m4r-3 2ww8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (4) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: SpaC

B: SpaC

ヘテロ分子

182 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SpaC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
91 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SpaC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.181, 128.128, 136.358
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 38 - 852 / Label seq-ID: 10 - 824

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	SpaC 分子量: 90936.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus rhamnosus GG (バクテリア) 遺伝子: LGG_00444 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A1Y0DVK9
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.4 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.25M Sodium sulphate, 0.1M BIS-Tris propane pH 6.5, 15% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→46.69 Å / Num. obs: 70856 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / R_merge(I) obs: 0.758 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4503 / CC_1/2: 0.718 / R_pim(I) all: 0.631

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6M3Y

6m3y

解像度: 2.5→44.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 19.094 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.42 / ESU R Free: 0.259 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23525	3635	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19168	-	-	-
obs	0.19393	67165	99.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.798 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.27 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→44.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12201	0	4	303	12508

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	12465
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	10730
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.678	1.648	16962
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.32	1.572	25042
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.662	5	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.143	25.35	600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.591	15	1902
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.168	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	14327
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2377
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.832	5.07	6495
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.832	5.07	6494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.865	7.595	8107
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.864	7.596	8108
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.323	5.223	5970
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.315	5.224	5966
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.703	7.706	8856
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.204	93.782	51879
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.206	93.801	51767
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 23310 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	276	-
R_work	0.28	4917	-
obs	-	-	99.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2273	0.1984	0.0264	1.1172	-0.5053	0.6329	0.027	0.0914	-0.0274	0.0157	-0.0124	0.0026	0.0286	0.0557	-0.0146	0.1018	0.0336	0.0014	0.0513	-0.0081	0.0765	32.219	245.299	52.646
2	0.39	-0.3729	0.0978	1.1899	0.1028	0.4041	0.0066	0.0242	0.0416	0.0007	-0.0442	-0.0246	0.0238	-0.0423	0.0377	0.0932	0.0011	-0.0003	0.0249	-0.0122	0.1177	42.138	199.578	60.561
3	0.5078	0.1036	-0.4169	4.2605	2.1385	1.5109	-0.052	0.0515	-0.0888	0.1937	0.0015	-0.0836	0.1395	-0.0522	0.0505	0.1684	0.0244	-0.0451	0.0176	-0.036	0.079	50.113	161.231	45.248
4	1.4508	-0.746	0.0632	1.8257	-0.4455	0.403	0.1601	0.1384	-0.1354	-0.1098	-0.0535	0.2848	-0.0959	0.091	-0.1066	0.0862	0.0004	-0.0251	0.0603	-0.0352	0.1394	45.63	134.797	21.767
5	0.1692	0.518	0.2029	5.1008	0.4378	0.4168	0.124	-0.0959	0.0441	0.604	-0.3847	-0.5745	0.0232	-0.0616	0.2607	0.1853	-0.1061	-0.1281	0.0742	0.0463	0.3326	45.606	92.681	15.758
6	0.1225	0.3132	-0.0366	1.001	0.0202	0.6341	-0.038	-0.0167	-0.0456	0.0161	-0.0038	-0.0658	0.0599	0.0013	0.0417	0.1224	0.0115	0.0585	0.0172	0.0174	0.1339	32.839	51.518	15.761
7	0.6126	0.2736	-0.1894	1.5889	-0.3864	0.8533	0.0368	-0.0817	0.0416	-0.0224	-0.0677	-0.0463	-0.0196	0.0577	0.031	0.0643	0.0007	0.0057	0.0352	-0.0003	0.1033	16.797	6.839	11.398
8	0.118	0.5418	-0.2832	3.1554	-1.0242	0.9087	0.0213	-0.006	0.0024	0.0102	-0.0845	0.0397	0.0076	0.0224	0.0632	0.1187	0.0054	-0.0074	0.0445	0.0698	0.1355	10.628	-32.247	27.096
9	0.9649	0.0987	-0.1625	1.363	-0.1026	1.5478	-0.0093	-0.1441	0.0457	-0.0765	0.0478	0.0626	0.1704	0.0165	-0.0384	0.0907	0.0139	-0.001	0.0385	0.0231	0.0717	14.675	-60.701	47.727
10	0.8977	-0.541	-0.2246	3.6205	-0.4668	0.9004	0.3686	0.1357	-0.0507	-0.182	-0.4152	0.189	0.0533	-0.1792	0.0465	0.2684	-0.016	-0.0904	0.1193	-0.0167	0.1002	5.326	-101.533	47.886

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	129 - 385
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	37 - 128
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	386 - 493
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	494 - 597
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	598 - 731
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	732 - 857
7	X-RAY DIFFRACTION	6	A	129 - 385
8	X-RAY DIFFRACTION	7	A	38 - 128
9	X-RAY DIFFRACTION	7	A	386 - 493
10	X-RAY DIFFRACTION	8	A	494 - 597
11	X-RAY DIFFRACTION	9	A	598 - 731
12	X-RAY DIFFRACTION	10	A	732 - 852

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