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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m3g | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human HPF1 | ||||||
![]() | Histone PARylation factor 1 | ||||||
![]() | NUCLEAR PROTEIN / cofactor / ADP-ribosylation / DNA damage response | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein ADP-ribosyltransferase-substrate adaptor activity / regulation of protein ADP-ribosylation / poly-ADP-D-ribose binding / DNA repair-dependent chromatin remodeling / site of DNA damage / double-strand break repair / histone binding / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding ...protein ADP-ribosyltransferase-substrate adaptor activity / regulation of protein ADP-ribosylation / poly-ADP-D-ribose binding / DNA repair-dependent chromatin remodeling / site of DNA damage / double-strand break repair / histone binding / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sun, F.H. / Yun, C.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: HPF1 remodels the active site of PARP1 to enable the serine ADP-ribosylation of histones. 著者: Sun, F.H. / Zhao, P. / Zhang, N. / Kong, L.L. / Wong, C.C.L. / Yun, C.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 420.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 423.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39495.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q9NWY4 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.03 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.1 M Tris-pH 8.1, 0.2 M potassium acetate, 20% w/v Polyethylene glycol (PEG) 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月17日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 49462 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 21.57 Å2 / Rpim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 45.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.57→1.6 Å / Num. unique obs: 2567 / CC1/2: 0.78 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.57→45.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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