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万見
- PDB-6m3c: hAPC-h1573 Fab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m3c
タイトルhAPC-h1573 Fab complex
要素
  • Vitamin K-dependent protein C heavy chain
  • Vitamin K-dependent protein C light chain
  • h1573 Fab H chain
  • h1573 Fab L chain
キーワードBLOOD CLOTTING/IMMUNE SYSTEM / human APC / h1573 Fab / complex / BLOOD CLOTTING / BLOOD CLOTTING-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein C (activated) / positive regulation of establishment of endothelial barrier / negative regulation of coagulation / negative regulation of blood coagulation / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Cell surface interactions at the vascular wall ...protein C (activated) / positive regulation of establishment of endothelial barrier / negative regulation of coagulation / negative regulation of blood coagulation / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Cell surface interactions at the vascular wall / Post-translational protein phosphorylation / negative regulation of inflammatory response / Golgi lumen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Laminin / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Laminin / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vitamin K-dependent protein C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Wang, X. / Wang, D. / Zhao, X. / Egner, U.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Targeted inhibition of activated protein C by a non-active-site inhibitory antibody to treat hemophilia.
著者: Zhao, X.Y. / Wilmen, A. / Wang, D. / Wang, X. / Bauzon, M. / Kim, J.Y. / Linden, L. / Li, L. / Egner, U. / Marquardt, T. / Moosmayer, D. / Tebbe, J. / Gluck, J.M. / Ellinger, P. / McLean, K. ...著者: Zhao, X.Y. / Wilmen, A. / Wang, D. / Wang, X. / Bauzon, M. / Kim, J.Y. / Linden, L. / Li, L. / Egner, U. / Marquardt, T. / Moosmayer, D. / Tebbe, J. / Gluck, J.M. / Ellinger, P. / McLean, K. / Yuan, S. / Yegneswaran, S. / Jiang, X. / Evans, V. / Gu, J.M. / Schneider, D. / Zhu, Y. / Xu, Y. / Mallari, C. / Hesslein, A. / Wang, Y. / Schmidt, N. / Gutberlet, K. / Ruehl-Fehlert, C. / Freyberger, A. / Hermiston, T. / Patel, C. / Sim, D. / Mosnier, L.O. / Laux, V.
履歴
登録2020年3月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin K-dependent protein C heavy chain
B: Vitamin K-dependent protein C light chain
L: h1573 Fab H chain
H: h1573 Fab L chain
C: Vitamin K-dependent protein C heavy chain
D: Vitamin K-dependent protein C light chain
E: h1573 Fab H chain
F: h1573 Fab L chain
G: Vitamin K-dependent protein C heavy chain
I: Vitamin K-dependent protein C light chain
J: h1573 Fab H chain
K: h1573 Fab L chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,68412
ポリマ－279,68412
非ポリマー00
水00
1
A: Vitamin K-dependent protein C heavy chain
B: Vitamin K-dependent protein C light chain
L: h1573 Fab H chain
H: h1573 Fab L chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2284
ポリマ－93,2284
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Vitamin K-dependent protein C heavy chain
D: Vitamin K-dependent protein C light chain
E: h1573 Fab H chain
F: h1573 Fab L chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2284
ポリマ－93,2284
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Vitamin K-dependent protein C heavy chain
I: Vitamin K-dependent protein C light chain
J: h1573 Fab H chain
K: h1573 Fab L chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2284
ポリマ－93,2284
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.339, 124.339, 666.156
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain C and segid C
31chain G and segid G
12chain B and segid B
22chain D and segid D
32chain I and segid I
13chain E and segid E
23chain J and segid J
33chain L and segid L
14chain F and segid F
24chain H and segid H
34chain K and segid K

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain C and segid CC0
311chain G and segid GG0
112chain B and segid BB0
212chain D and segid DD0
312chain I and segid II0
113chain E and segid EE0
213chain J and segid JJ0
313chain L and segid LL0
114chain F and segid FF0
214chain H and segid HH0
314chain K and segid KK0

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 Vitamin K-dependent protein C heavy chain / Anticoagulant protein C / Autoprothrombin IIA / Blood coagulation factor XIV


分子量: 28091.115 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PROC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04070, protein C (activated)
#2: タンパク質 Vitamin K-dependent protein C light chain / Anticoagulant protein C / Autoprothrombin IIA / Blood coagulation factor XIV


分子量: 17607.980 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PROC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04070, protein C (activated)
#3: 抗体 h1573 Fab H chain


分子量: 23749.223 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 h1573 Fab L chain


分子量: 23779.533 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium fluoride, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 56425 / % possible obs: 98.42 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 69.9 Å2 / Rpim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 6.14
反射 シェル解像度: 3.7→3.79 Å / Num. unique obs: 3756 / CC1/2: 0.602

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AUT

1aut


解像度: 3.7→33.385 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3022 2811 4.98 %
Rwork0.2784 53614 -
obs0.2796 56425 98.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 243.12 Å2 / Biso mean: 107.9789 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.7→33.385 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16911 0 0 0 16911
残基数----2193
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00417340
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10123502
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432589
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073024
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7926249
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3302X-RAY DIFFRACTION8.641TORSIONAL
12C3302X-RAY DIFFRACTION8.641TORSIONAL
13G3302X-RAY DIFFRACTION8.641TORSIONAL
21B717X-RAY DIFFRACTION8.641TORSIONAL
22D717X-RAY DIFFRACTION8.641TORSIONAL
23I717X-RAY DIFFRACTION8.641TORSIONAL
31E3042X-RAY DIFFRACTION8.641TORSIONAL
32J3042X-RAY DIFFRACTION8.641TORSIONAL
33L3042X-RAY DIFFRACTION8.641TORSIONAL
41F3006X-RAY DIFFRACTION8.641TORSIONAL
42H3006X-RAY DIFFRACTION8.641TORSIONAL
43K3006X-RAY DIFFRACTION8.641TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.7-3.76370.43611420.37932679100
3.7637-3.83210.34511340.37792640100
3.8321-3.90570.5695970.5887216780
3.9057-3.98530.40461250.425249793
3.9853-4.07180.40871320.31282643100
4.0718-4.16630.29371570.30192670100
4.1663-4.27030.33311340.27882704100
4.2703-4.38550.32361350.26072653100
4.3855-4.51430.27451470.25922682100
4.5143-4.65960.2611390.25712693100
4.6596-4.82570.3321250.25062709100
4.8257-5.01830.26671620.24732700100
5.0183-5.24590.2661670.23462686100
5.2459-5.52130.25781270.23822723100
5.5213-5.86540.28271510.24542744100
5.8654-6.31550.30671370.25532739100
6.3155-6.94590.27581450.25242767100
6.9459-7.93920.2761490.25682771100
7.9392-9.95830.23791400.217281999
9.9583-33.3850.281660.2541292897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.15140.2649-0.21752.33950.65623.85810.17210.14810.0298-0.0056-0.2261-0.1668-0.1621-0.46720.00011.0736-0.2889-0.04060.80120.06610.887815.9873-45.600919.8096
21.80990.2714-0.84614.4847-0.9782.89740.07970.4120.1075-0.5415-0.06340.5612-0.2552-0.397-0.01971.0162-0.1933-0.18051.07940.09411.0416-8.6257-68.054-36.353
32.8613-0.09950.8042.7793-0.77963.9651-0.2190.4582-0.1654-0.07910.28620.05380.16630.3398-0.03890.9374-0.07680.02871.1773-0.03330.87413.7529-82.928174.8262
42.08210.22680.63532.8240.92092.32040.216-0.1593-0.44990.0417-0.0968-0.23270.05180.02130.00020.6394-0.3214-0.0120.81160.10311.0643-0.1446-93.7991-3.477
51.79531.7362-1.2454.0828-1.83541.48760.2455-0.16290.03380.5255-0.09750.0369-0.3748-0.00190.0011.2364-0.1545-0.01851.10440.04250.908127.4332-28.6764-54.1242
62.0523-0.9970.29563.5556-2.26424.06870.0536-0.33920.31210.55930.17370.2319-1.3758-0.62280.0041.7819-0.14160.06311.0755-0.08091.14991.4178-30.851856.9087
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 212:450)) or chain 'B' and ((resseq 136:187))A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and ((resseq 212:450)) or chain 'D' and ((resseq 136:187))C0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'G' and ((resseq 212:450)) or chain 'I' and ((resseq 136:187))G0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and ((resseq 1:218)) or chain 'H' and ((resseq 1:221))L0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and ((resseq 1:218)) or chain 'F' and ((resseq 1:221))E0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'J' and ((resseq 1:218)) or chain 'K' and ((resseq 1:221))J0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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