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万見
- PDB-6m2t: The crystal structure of benzoate coenzyme A ligase double mutant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m2t
タイトルThe crystal structure of benzoate coenzyme A ligase double mutant (H333A/I334A) in complex with 2-methyl-thiazole-5 carboxylate-AMP
要素Benzoate-coenzyme A ligase
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


acid-thiol ligase activity / CoA-ligase activity / secondary metabolite biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Benzoate-CoA ligase family / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
2-methyl-1,3-thiazole-5-carboxylic acid / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Benzoate-coenzyme A ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Li, T.L. / Adhikari, K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of benzoate coenzyme A ligase double mutant (H333A/I334A) in complex with 2-methyl-thiazole-5 carboxylate-AMP
著者: Li, T.L. / Adhikari, K. / Malek, Z.S.
履歴
登録2020年2月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Benzoate-coenzyme A ligase
B: Benzoate-coenzyme A ligase
C: Benzoate-coenzyme A ligase
D: Benzoate-coenzyme A ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,69412
ポリマ－226,7324
非ポリマー1,9628
水24,8071377
1
A: Benzoate-coenzyme A ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1733
ポリマ－56,6831
非ポリマー4902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Benzoate-coenzyme A ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1733
ポリマ－56,6831
非ポリマー4902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Benzoate-coenzyme A ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1733
ポリマ－56,6831
非ポリマー4902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Benzoate-coenzyme A ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1733
ポリマ－56,6831
非ポリマー4902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.046, 95.143, 119.524
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Benzoate-coenzyme A ligase


分子量: 56683.098 Da / 分子数: 4 / 変異: T83A, H333A, I334A, G341D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
遺伝子: badA / 発現宿主: Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) / 参照: UniProt: Q93TK0
#2: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-6V9 / 2-methyl-1,3-thiazole-5-carboxylic acid / 2-メチルチアゾ-ル-5-カルボン酸


タイプ: peptide linking / 分子量: 143.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 4000, 0.1 M sodium chloride, 0.2 M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.138→27.783 Å / Num. obs: 113090 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 25.33
反射 シェル解像度: 2.14→2.22 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / Num. unique obs: 113090 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6M20

6m20


解像度: 2.14→27.78 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 2003 1.77 %
Rwork0.16 --
obs0.16 113090 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→27.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15608 0 124 1377 17109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00716211
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97722160
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4799627
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0662470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062883
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.1910.22881280.17717433X-RAY DIFFRACTION94
2.191-2.25030.22531500.1687922X-RAY DIFFRACTION100
2.2503-2.31640.19821360.16468008X-RAY DIFFRACTION100
2.3164-2.39120.22121450.16477955X-RAY DIFFRACTION100
2.3912-2.47660.21761440.1667910X-RAY DIFFRACTION100
2.4766-2.57570.17321430.16537978X-RAY DIFFRACTION100
2.5757-2.69280.22831450.17087911X-RAY DIFFRACTION100
2.6928-2.83460.23971360.17417971X-RAY DIFFRACTION100
2.8346-3.0120.22281480.17637938X-RAY DIFFRACTION100
3.012-3.24430.19821460.1718007X-RAY DIFFRACTION100
3.2443-3.57020.18531450.15537987X-RAY DIFFRACTION100
3.5702-4.08540.18451420.14398006X-RAY DIFFRACTION100
4.0854-5.14180.15851440.13518010X-RAY DIFFRACTION100
5.1418-27.780.19891510.16268051X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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