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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m0z | |||||||||
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タイトル | X-ray structure of Drosophila dopamine transporter with NET-like mutations (D121G/S426M/F471L) in L-norepinephrine bound form | |||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / neurotransmitter transporter / antibody fragment | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / cocaine binding / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / response to odorant / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / dopamine transport ...Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / cocaine binding / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / response to odorant / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / dopamine transport / sleep / dopamine uptake involved in synaptic transmission / amino acid transport / neuronal cell body membrane / sodium ion transmembrane transport / adult locomotory behavior / presynaptic membrane / axon / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Shabareesh, P. / Mallela, A.K. / Joseph, D. / Penmatsa, A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of norepinephrine recognition and transport inhibition in neurotransmitter transporters. 著者: Pidathala, S. / Mallela, A.K. / Joseph, D. / Penmatsa, A. #1: ![]() タイトル: X-ray structure of dopamine transporter elucidates antidepressant mechanism. 著者: Penmatsa, A. / Wang, K.H. / Gouaux, E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 212 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 161.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-抗体 , 2種, 2分子 LH
#2: 抗体 | 分子量: 23306.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#3: 抗体 | 分子量: 23619.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A![](data/chem/img/DMU.gif)
![](data/chem/img/DMU.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 60100.602 Da / 分子数: 1 変異: Deletion of N-terminal 1-24 and 162-202, V74A, D121G, L415A, S426M, F471L 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DAT, fmn, CG8380 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GnTI- / 発現宿主: ![]() |
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#6: 糖 | ChemComp-DMU / |
-非ポリマー , 6種, 42分子 ![](data/chem/img/CLR.gif)
![](data/chem/img/Y01.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/LNR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/Y01.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/LNR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-CLR / | ||||||
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#5: 化合物 | ChemComp-Y01 / | ||||||
#7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-CL / | #9: 化合物 | ChemComp-LNR / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.49 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M MOPS pH7.0, 32% PEG 600 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月31日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.876→48.65 Å / Num. obs: 54014 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 92.62 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 12.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4XP1 解像度: 2.88→48.61 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 27.81
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 181.12 Å2 / Biso mean: 89.6512 Å2 / Biso min: 59.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.88→48.61 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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