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- PDB-6m38: X-ray structure of a Drosophila dopamine transporter with subsite... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m38
タイトルX-ray structure of a Drosophila dopamine transporter with subsiteB mutations (D121G/S426M) in S-duloxetine bound form
要素
  • (Antibody fragment 9D5 ...) x 2
  • Sodium-dependent dopamine transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / neurotransmitter transporter / antibody fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / response to odorant / cocaine binding / norepinephrine transport / dopamine:sodium symporter activity / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / dopamine transport / sleep ...Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / response to odorant / cocaine binding / norepinephrine transport / dopamine:sodium symporter activity / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / dopamine transport / sleep / neuronal cell body membrane / dopamine uptake involved in synaptic transmission / amino acid transport / sodium ion transmembrane transport / adult locomotory behavior / presynaptic membrane / axon / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-29E / CHOLESTEROL / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Sodium-dependent dopamine transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.001 Å
データ登録者Shabareesh, P. / Mallela, A.K. / Joseph, D. / Penmatsa, A.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/1/15/2/502063 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/09/IYBA/2015/13 インド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of norepinephrine recognition and transport inhibition in neurotransmitter transporters.
著者: Pidathala, S. / Mallela, A.K. / Joseph, D. / Penmatsa, A.
履歴
登録2020年3月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium-dependent dopamine transporter
L: Antibody fragment 9D5 light chain
H: Antibody fragment 9D5 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,53910
ポリマ－106,8043
非ポリマー1,7357
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.288, 140.641, 167.818
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#2: 抗体 Antibody fragment 9D5 light chain


分子量: 23306.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 抗体 Antibody fragment 9D5 heavy chain


分子量: 23619.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Sodium-dependent dopamine transporter / Protein fumin


分子量: 59878.367 Da / 分子数: 1
変異: N-terminal deletion 1-24, V74A, D121G, Deletion 162-202, L415A, S426M
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: DAT, fmn, CG8380 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GnTi- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7K4Y6
#8: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 6種, 30分子

#4: 化合物 ChemComp-29E / (3S)-N-methyl-3-(naphthalen-1-yloxy)-3-(thiophen-2-yl)propan-1-amine / Duloxetine / デュロキセチン


分子量: 297.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19NOS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M MOPS pH 7.0, 30% PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→48.644 Å / Num. obs: 46777 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 86.16 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3-3.117.31.3943250844630.6040.5471.51.698.7
11.62-48.646.20.03956479180.9980.0180.04335.198.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.7.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XNX

4xnx


解像度: 3.001→48.64 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 2316 4.96 %
Rwork0.215 --
obs0.2165 46693 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.91 Å2 / Biso mean: 78.2486 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.001→48.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7494 0 120 24 7638
Biso mean--88.08 69.86 -
残基数----967
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.001-3.06220.36551260.3414251698
3.0622-3.12870.32091230.30282590100
3.1287-3.20150.30961530.27522557100
3.2015-3.28150.29831150.26742609100
3.2815-3.37020.30031430.25882570100
3.3702-3.46940.29691400.25132572100
3.4694-3.58130.28471330.24552607100
3.5813-3.70930.27291410.22782569100
3.7093-3.85780.271250.2112599100
3.8578-4.03330.20541360.20532596100
4.0333-4.24580.231300.1942621100
4.2458-4.51160.25021590.17772598100
4.5116-4.85970.20051360.17082625100
4.8597-5.34820.22731280.18262634100
5.3482-6.12080.21121500.20712647100
6.1208-7.70660.23541510.20242661100
7.7066-48.640.22831270.2315280699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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