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- PDB-6m0u: Structure of AhSYMRK kinase domain mutant - K625E -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m0u
タイトルStructure of AhSYMRK kinase domain mutant - K625E
要素Symbiosis receptor kinase SymRK
キーワードSIGNALING PROTEIN / Kinase domain / Ser/Tyr kinase / Plant Orphan receptor kinase / dead mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / protein kinase activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Malectin-like domain / Malectin-like domain / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Malectin-like domain / Malectin-like domain / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Symbiosis receptor kinase SymRK
類似検索 - 構成要素
生物種Arachis hypogaea (トウジンマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Datta, A.B. / Naskar, P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of AhSYMRK kinase domain mutant - K625E
著者: Datta, A.B. / Naskar, P.
履歴
登録2020年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Symbiosis receptor kinase SymRK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4894
ポリマ－34,1621
非ポリマー3273
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.905, 83.905, 80.497
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-903-

PGE

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要素

#1: タンパク質 Symbiosis receptor kinase SymRK


分子量: 34161.543 Da / 分子数: 1 / 変異: K625E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ)
プラスミド: pETSUMO2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: E6YC17
#2: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Calcium acetate, 0.1 M Sodium cacodylate, 40% v/v PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→40.24 Å / Num. obs: 15173 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 22.5 / Num. measured all: 111156 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.29-2.377.10.4241021714460.9230.170.4584.198.4
8.86-40.2460.02217432900.9990.0090.02451.695.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.24データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HGK

3hgk


解像度: 2.29→35.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 18.528 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.316 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 750 5 %RANDOM
Rwork0.2131 ---
obs0.2156 14391 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 192.54 Å2 / Biso mean: 65.111 Å2 / Biso min: 31.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å2-0.31 Å2-0 Å2
2---0.62 Å20 Å2
3---2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→35.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2163 0 16 44 2223
Biso mean--109.9 53.3 -
残基数----273
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0010.0132222
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0172067
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0631.6413009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0751.5744792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0975270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.84522.479121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.68515374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2081515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0250.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.022471
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02462
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.347 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 36 -
Rwork0.248 1038 -
obs--98.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.80492.7930.55354.38851.00690.234-0.51540.2704-0.0284-0.2940.4440.2886-0.05180.10870.07140.2409-0.06050.06410.2747-0.05720.102943.9639-8.121-13.6518
225.3313-6.1416-10.18982.18921.48486.230.3048-0.3274-1.5382-0.80670.48481.08480.5719-0.3424-0.78960.9262-0.4479-0.59370.45410.25931.110229.0652-11.374-14.3012
33.17224.5504-1.23836.5355-1.75960.529-0.61110.38420.1201-0.84590.55590.21710.3129-0.15890.05520.2526-0.03260.12860.291-0.10250.35137.6493-10.7296-11.9328
46.63261.9815-2.64930.5925-0.79051.06050.0970.32180.45550.03590.09520.1349-0.0255-0.1319-0.19220.0997-0.0061-0.00380.2623-0.08640.287234.7948-0.95-1.9647
53.24512.5496-1.60552.0896-0.95342.0497-0.28180.36270.2954-0.19230.28510.31260.21740.0528-0.00330.06260.0004-0.02180.3607-0.06890.356934.3774-8.6331-9.8674
62.65923.1965-1.81424.2818-3.42595.3452-0.50980.0392-0.2155-0.59-0.1254-0.34220.57040.25250.63520.29720.00790.05290.2093-0.1570.269821.1616-27.0827-4.0212
70.1437-0.0304-0.10021.10070.80790.7043-0.0663-0.06830.0568-0.12060.10850.05670.00720.1968-0.04220.14290.0352-0.01810.1955-0.15340.33323.9577-9.49053.3732
80.2867-0.3957-0.04693.1057-0.70310.23920.15010.1695-0.12410.0737-0.15780.2761-0.1066-0.05960.00760.11450.0774-0.04790.1843-0.1820.4499.9102-0.3281-3.3559
91.72270.9582-0.97750.706-0.1371.5642-0.05530.07740.310.0272-0.02540.23760.2054-0.3270.08070.1146-0.0297-0.09570.2105-0.20330.4417.1238-16.2408-2.5201
100.3228-0.60520.38311.2055-0.75794.00360.0484-0.1058-0.1388-0.09640.07670.35550.1817-0.4356-0.12510.1791-0.05950.04960.2777-0.14540.30317.4443-23.93439.3553
110.19090.00480.38980.6125-1.50544.5450.2517-0.21030.3550.1506-0.1450.35890.08270.0068-0.10680.2837-0.27430.47750.2865-0.49720.867513.3233-11.708712.616
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A582 - 600
2X-RAY DIFFRACTION2A601 - 608
3X-RAY DIFFRACTION3A609 - 629
4X-RAY DIFFRACTION4A638 - 660
5X-RAY DIFFRACTION5A661 - 680
6X-RAY DIFFRACTION6A681 - 692
7X-RAY DIFFRACTION7A693 - 743
8X-RAY DIFFRACTION8A763 - 780
9X-RAY DIFFRACTION9A781 - 818
10X-RAY DIFFRACTION10A819 - 842
11X-RAY DIFFRACTION11A843 - 881

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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