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万見
- PDB-6m0r: 2.7A Yeast Vo state3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m0r
タイトル2.7A Yeast Vo state3
要素
  • (V-type proton ATPase subunit ...) x 6
  • Uncharacterized protein YPR170W-B
  • V0 assembly protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / V-ATPase / Vo sub-complex / CryoEM
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall mannoprotein biosynthetic process / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / cellular response to alkaline pH / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / P-type proton-exporting transporter activity ...cell wall mannoprotein biosynthetic process / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / cellular response to alkaline pH / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / P-type proton-exporting transporter activity / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / vacuolar transport / vacuole organization / protein targeting to vacuole / proton-transporting V-type ATPase complex / fungal-type vacuole / cellular hyperosmotic response / fungal-type vacuole membrane / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / vacuolar acidification / proton transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / proton transmembrane transport / Neutrophil degranulation / RNA endonuclease activity / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / cell periphery / transmembrane transport / endocytosis / ATPase binding / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / early endosome / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / V-ATPase proteolipid subunit / ATPase, V0 complex, c/d subunit ...Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / V-ATPase proteolipid subunit / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EYR / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / PYROPHOSPHATE / V-type proton ATPase subunit f / V-type proton ATPase subunit c'' / V-type proton ATPase subunit c / V-type proton ATPase subunit d / V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform / V-type proton ATPase subunit c' / V0 assembly protein 1 / V-type proton ATPase subunit e
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Roh, S.H. / Shekhar, M. / Pintilie, G. / Chipot, C. / Wilkens, S. / Singharoy, A. / Chiu, W.
資金援助 米国, 韓国, フランス, 8件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM058600 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM079429 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10OD021600 米国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2019M3E5D6063865 韓国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1942763 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM067887 米国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ProteaseInAction Grant フランス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM and MD infer water-mediated proton transport and autoinhibition mechanisms of V complex.
著者: Soung-Hun Roh / Mrinal Shekhar / Grigore Pintilie / Christophe Chipot / Stephan Wilkens / Abhishek Singharoy / Wah Chiu /
要旨: Rotary vacuolar adenosine triphosphatases (V-ATPases) drive transmembrane proton transport through a V proton channel subcomplex. Despite recent high-resolution structures of several rotary ATPases, ...Rotary vacuolar adenosine triphosphatases (V-ATPases) drive transmembrane proton transport through a V proton channel subcomplex. Despite recent high-resolution structures of several rotary ATPases, the dynamic mechanism of proton pumping remains elusive. Here, we determined a 2.7-Å cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of yeast V proton channel in nanodisc that reveals the location of ordered water molecules along the proton path, details of specific protein-lipid interactions, and the architecture of the membrane scaffold protein. Moreover, we uncover a state of V that shows the -ring rotated by ~14°. Molecular dynamics simulations demonstrate that the two rotary states are in thermal equilibrium and depict how the protonation state of essential glutamic acid residues couples water-mediated proton transfer with -ring rotation. Our cryo-EM models and simulations also rationalize a mechanism for inhibition of passive proton transport as observed for free V that is generated as a result of V-ATPase regulation by reversible disassembly in vivo.
履歴
登録2020年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年3月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30034
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: V-type proton ATPase subunit c'
C: V-type proton ATPase subunit c''
N: V0 assembly protein 1
M: V-type proton ATPase subunit e
E: V-type proton ATPase subunit c
O: Uncharacterized protein YPR170W-B
F: V-type proton ATPase subunit c
G: V-type proton ATPase subunit c
H: V-type proton ATPase subunit c
I: V-type proton ATPase subunit c
J: V-type proton ATPase subunit c
K: V-type proton ATPase subunit c
L: V-type proton ATPase subunit c
B: V-type proton ATPase subunit d
A: V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,82848
ポリマ－322,86915
非ポリマー23,95933
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area97630 Å2
ΔGint-1014 kcal/mol
Surface area103780 Å2

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要素

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V-type proton ATPase subunit ... , 6種, 13分子 DCMEFGHIJKLBA

#1: タンパク質 V-type proton ATPase subunit c' / V-ATPase subunit c' / Proteolipid protein VMA11 / Trifluoperazine resistance protein 3 / V-ATPase ...V-ATPase subunit c' / Proteolipid protein VMA11 / Trifluoperazine resistance protein 3 / V-ATPase 16 kDa proteolipid subunit 2 / Vacuolar proton pump c' subunit


分子量: 16414.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: VMA11, CLS9, TFP3, YPL234C, P1064 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32842
#2: タンパク質 V-type proton ATPase subunit c'' / V-ATPase subunit c'' / V-ATPase 22 kDa proteolipid subunit / Vacuolar proton pump c'' subunit


分子量: 20880.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: VMA16, PPA1, YHR026W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23968
#4: タンパク質 V-type proton ATPase subunit e / V-ATPase subunit e / Low dye-binding protein 10 / Vacuolar proton pump subunit e


分子量: 8186.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: VMA9, CWH36, LDB10, YCL005W-A / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E7B6
#5: タンパク質
V-type proton ATPase subunit c / V-ATPase subunit c / Guanine nucleotide exchange factor 2 / V-ATPase 16 kDa proteolipid subunit 1 / ...V-ATPase subunit c / Guanine nucleotide exchange factor 2 / V-ATPase 16 kDa proteolipid subunit 1 / Vacuolar proton pump c subunit


分子量: 16254.358 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: VMA3, CLS7, CUP5, GEF2, YEL027W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25515
#7: タンパク質 V-type proton ATPase subunit d / V-ATPase subunit d / V-ATPase 39 kDa subunit / V-ATPase subunit M39 / Vacuolar proton pump subunit d


分子量: 39822.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: VMA6, YLR447C, L9324.8 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32366
#8: タンパク質 V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform / V-ATPase a 1 subunit / V-ATPase 95 kDa subunit / Vacuolar pH protein 1 / Vacuolar proton pump a ...V-ATPase a 1 subunit / V-ATPase 95 kDa subunit / Vacuolar pH protein 1 / Vacuolar proton pump a subunit / Vacuolar proton translocating ATPase subunit a 1


分子量: 94289.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: VPH1, YOR270C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32563

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タンパク質 , 2種, 2分子 NO

#3: タンパク質 V0 assembly protein 1


分子量: 5752.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: VOA1, YGR106C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53262
#6: タンパク質 Uncharacterized protein YPR170W-B


分子量: 7487.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YPR170W-B / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C5R9

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糖 , 1種, 1分子

#9: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 216分子

#10: 化合物...
ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#11: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸


分子量: 177.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: H4O7P2
#12: 化合物 ChemComp-EYR / (6~{E},10~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{R})-2,6,10,14,18,22,26,30-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26-heptaene


分子量: 548.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C40H68
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: V-type proton ATPase Vo sub-complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL
分子量値: 400 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_2744: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 117948 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00848398
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.79687909
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.64419028
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0523733
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0046678

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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