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万見
- PDB-6lzp: The solution structure of N-terminal elongated hSNF5 RPT1 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lzp
タイトルThe solution structure of N-terminal elongated hSNF5 RPT1 domain
要素SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Chromatin remodeling complex SWI-SNF COMPLEX / TUMOR SUPPRESSOR / TRANSCRIPTION / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / blastocyst hatching / regulation of G0 to G1 transition / hepatocyte differentiation ...single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / blastocyst hatching / regulation of G0 to G1 transition / hepatocyte differentiation / Tat protein binding / XY body / RSC-type complex / regulation of nucleotide-excision repair / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / host-mediated activation of viral transcription / nucleosome disassembly / germ cell nucleus / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of double-strand break repair / nuclear chromosome / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / positive regulation of cell differentiation / DNA integration / kinetochore / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / fibrillar center / p53 binding / nervous system development / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / SWI/SNF Subunit INI1, DNA binding domain / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily b, member 1 / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lee, W. / Han, J. / Kim, I. / Suh, J.Y.
資金援助 韓国, 米国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2017R1A2B2008483 韓国
Rural Development AdministrationPJ011112 米国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: A Coil-to-Helix Transition Serves as a Binding Motif for hSNF5 and BAF155 Interaction.
著者: Han, J. / Kim, I. / Park, J.H. / Yun, J.H. / Joo, K. / Kim, T. / Park, G.Y. / Ryu, K.S. / Ko, Y.J. / Mizutani, K. / Park, S.Y. / Seong, R.H. / Lee, J. / Suh, J.Y. / Lee, W.
履歴
登録2020年2月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_audit_support.country

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0761
ポリマ－10,0761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7650 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100020
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1


分子量: 10076.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A0G2JRV3, UniProt: Q12824*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic23D CBCA(CO)NH
131isotropic23D HN(CA)CB
141isotropic23D HNCO
151isotropic23D HNHA
171isotropic23D H(CCO)NH
161isotropic13D 1H-15N NOESY
181isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 0.5 mM 15N hSNF5(171-258), 90% H2O/10% D2O / Label: 13C_15N_hSNF5(171-258) / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: hSNF5(171-258) / Isotopic labeling: 15N
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: solution / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
X-PLOR NIH2.52Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 20 / 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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