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- PDB-5knw: Solution NMR structure of human LARP7 xRRM2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5knw
タイトルSolution NMR structure of human LARP7 xRRM2
要素La-related protein 7
キーワードRNA BINDING PROTEIN / xRRM / RRM / 7SK
機能・相同性
機能・相同性情報


U6 2'-O-snRNA methylation / 7SK snRNP / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / 7SK snRNA binding / positive regulation of protein localization to Cajal body / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / negative regulation of viral transcription / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / U6 snRNA binding ...U6 2'-O-snRNA methylation / 7SK snRNP / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / 7SK snRNA binding / positive regulation of protein localization to Cajal body / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / negative regulation of viral transcription / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / U6 snRNA binding / RNA splicing / mRNA processing / spermatogenesis / cell differentiation / ribonucleoprotein complex / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
LARP7, RNA recognition motif 1 / LARP7, RNA recognition motif 2 / La-related protein 7, La domain / RNA binding motif / Lupus La protein / La protein, xRRM domain / xRRM domain profile. / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function ...LARP7, RNA recognition motif 1 / LARP7, RNA recognition motif 2 / La-related protein 7, La domain / RNA binding motif / Lupus La protein / La protein, xRRM domain / xRRM domain profile. / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
La-related protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Eichhorn, C.D. / Feigon, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107567 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: hLARP7 C-terminal domain contains an xRRM that binds the 3' hairpin of 7SK RNA.
著者: Eichhorn, C.D. / Chug, R. / Feigon, J.
履歴
登録2016年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: La-related protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3951
ポリマ－14,3951
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10330 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 La-related protein 7 / La ribonucleoprotein domain family member 7 / P-TEFb-interaction protein for 7SK stability / PIP7S


分子量: 14395.445 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 445-561 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LARP7, HDCMA18P
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q4G0J3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCO
1121isotropic12D 1H-15N HSQC
1111isotropic13D HNCA
121isotropic13D CBCA(CO)NH
1101isotropic13D CC(CO)NH
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D HBHA(CO)NH
151isotropic13d HN(CA)CO
161isotropic13D 1H-15N NOESY
1161isotropic12D 1H-13C HSQC
171isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1151isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
191isotropic13D (H)CCH-TOCSY
181isotropic13D (H)CCH-COSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] hLARP7 xRRM2, 0.8 mM [U-99% 15N] hLARP7 xRRM2, 90% H2O/10% D2O13C,15N_label_H2O90% H2O/10% D2O
solution20.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] hLARP7 xRRM2, 100% D2O13C,15N_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMhLARP7 xRRM2-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.8 mMhLARP7 xRRM2-2[U-99% 15N]1
0.8 mMhLARP7 xRRM2[U-99% 13C; U-99% 15N]2
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: condition1 / pH: 6.1 / 圧: 760 mmHg / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMRBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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