PDB-6lyi: Crystal structure of a N-methyltransferase CkTbS from Camellia as...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lyi

タイトル

Crystal structure of a N-methyltransferase CkTbS from Camellia assamica var. kucha

要素

N-methyltransferase CkTbS

キーワード

TRANSFERASE / CkTbS / N-methyltransferase / tea

機能・相同性

機能・相同性情報

caffeine synthase / : / caffeine synthase activity / alkaloid metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Camellia sinensis var. assamica (アッサムチャ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Wang, Y. / Zhang, Z.M.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Identification and characterization of N9-methyltransferase involved in converting caffeine into non-stimulatory theacrine in tea.
著者: Zhang, Y.H. / Li, Y.F. / Wang, Y. / Tan, L. / Cao, Z.Q. / Xie, C. / Xie, G. / Gong, H.B. / Sun, W.Y. / Ouyang, S.H. / Duan, W.J. / Lu, X. / Ding, K. / Kurihara, H. / Hu, D. / Zhang, Z.M. / Abe, I. / He, R.R.

履歴

登録	2020年2月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lyi.cif.gz	269.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lyi.ent.gz	217.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lyi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lyi_validation.pdf.gz	437.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lyi_full_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示
XML形式データ	6lyi_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	6lyi_validation.cif.gz	34.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/6lyi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/6lyi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lyhC 2efjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5g6j-1 4ugf-1 5g6q-1 4d7i-1 5g6l-1 5g6k-1 1m7v-1 5g6i-1 4uqs-1 2vxx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-methyltransferase CkTbS

B: N-methyltransferase CkTbS

82.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-methyltransferase CkTbS

B: N-methyltransferase CkTbS

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
82.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.768, 144.768, 76.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	N-methyltransferase CkTbS 分子量: 41444.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Camellia sinensis var. assamica (アッサムチャ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FZN8*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.51 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES (pH 6.0), 0.2 M Li2SO4, 20% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 62522 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.7 % / B_iso Wilson estimate: 53.3 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 28.5
反射シェル	解像度: 2.49→2.53 Å / R_merge(I) obs: 2 / Num. unique obs: 34000 / CC_1/2: 0.883

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2EFJ

2efj

解像度: 2.49→47.386 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2242	3668	5.87 %
R_work	0.1834	-	-
obs	0.1859	62522	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 176.49 Å² / B_iso mean: 67.5193 Å² / B_iso min: 20 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.49→47.386 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5047	0	0	90	5137
B_iso mean	-	-	-	56.01	-
残基数	-	-	-	-	663

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5141
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.106	6974
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	804
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	898
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.027	1836

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.49-2.5228	0.3188	148	0.2939	2284	100
2.5228-2.5574	0.2975	142	0.266	2279	100
2.5574-2.5939	0.3299	141	0.2738	2271	100
2.5939-2.6326	0.3256	146	0.2766	2229	100
2.6326-2.6737	0.319	138	0.2512	2317	100
2.6737-2.7176	0.3016	140	0.2369	2253	100
2.7176-2.7644	0.2673	140	0.2435	2195	100
2.7644-2.8147	0.297	139	0.2327	2303	100
2.8147-2.8688	0.3232	146	0.2267	2233	100
2.8688-2.9274	0.2859	142	0.2328	2282	100
2.9274-2.991	0.289	136	0.2359	2221	100
2.991-3.0606	0.2997	145	0.2113	2287	100
3.0606-3.1371	0.2233	135	0.2158	2306	100
3.1371-3.2219	0.287	138	0.2126	2254	100
3.2219-3.3167	0.2788	140	0.2201	2256	100
3.3167-3.4237	0.2885	140	0.2119	2276	100
3.4237-3.546	0.229	146	0.1946	2268	100
3.546-3.688	0.1976	137	0.1783	2262	100
3.688-3.8557	0.224	142	0.176	2246	100
3.8557-4.0589	0.2251	140	0.1693	2249	100
4.0589-4.3131	0.1765	145	0.1506	2263	100
4.3131-4.6458	0.1848	152	0.1426	2264	100
4.6458-5.1129	0.1559	130	0.1328	2285	100
5.1129-5.8515	0.1877	144	0.1665	2269	100
5.8515-7.3679	0.1883	145	0.1706	2250	100
7.3679-47.386	0.1928	131	0.1489	2252	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.2165	-2.8946	-0.8583	3.122	-0.5442	2.7477	-0.2647	-1.5325	-0.3017	0.7524	0.5173	0.0455	0.1423	0.1889	-0.2944	0.5539	0.0605	-0.1084	0.6957	0.0141	0.5997	-5.7755	-66.1284	0.4097
2	2.6659	-1.2836	-0.4721	3.1246	0.0985	0.966	-0.0665	-0.3721	0.008	0.5565	0.0616	0.0816	-0.0285	-0.0117	-0.0037	0.3707	-0.0037	-0.0162	0.4921	0.0612	0.3131	-27.2904	-51.8821	5.91
3	5.0355	0.3436	-3.905	4.4904	-1.1972	4.1056	0.329	1.375	0.1992	-0.6266	-0.2264	-0.0932	0.0671	-0.247	-0.0882	0.7099	0.1351	-0.1091	0.3702	-0.0181	0.3618	-54.3347	-25.3441	-24.0105
4	5.5724	-0.6744	-0.1222	3.5474	-0.7253	3.1948	0.1384	0.1865	0.2837	-0.1974	-0.0173	0.0327	-0.5186	0.134	-0.0746	0.5105	0.0424	-0.0322	0.3009	-0.0027	0.4532	-60.5837	-20.8738	-12.9597
5	4.034	-1.575	0.0721	2.8349	-0.2647	1.2284	0.1289	0.1945	-0.0537	-0.4291	-0.1792	-0.0932	-0.0939	0.1769	0.0879	0.3959	0.0046	0.0116	0.3424	0.0096	0.2947	-41.3384	-34.8801	-13.7121
6	3.5122	-0.8674	0.2547	2.6967	-0.6076	2.0161	0.1135	0.4685	0.3983	-0.4036	-0.3072	-0.4501	-0.3728	0.3611	0.167	0.6015	0.0085	0.0498	0.4163	0.0549	0.4646	-33.5873	-30.3264	-19.7312

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 140 )	A	28 - 140
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 141 through 369 )	A	141 - 369
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 29 through 51 )	B	29 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 52 through 117 )	B	52 - 117
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 118 through 254 )	B	118 - 254
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 255 through 370 )	B	255 - 370

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