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- PDB-6lxn: Crystal structure of C-terminal DNA-binding domain of Escherichia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lxn
タイトルCrystal structure of C-terminal DNA-binding domain of Escherichia coli OmpR in complex with F1-DNA
要素
  • (DNA (27-MER)) x 2
  • Transcriptional regulatory protein OmpR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA binding protein Transcription factor / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / phosphorelay signal transduction system / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-binding dual transcriptional regulator OmpR / DNA-binding dual transcriptional regulator OmpR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Sadotra, S. / Chen, C. / Hsu, C.H.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)108-2113-M-002-011 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)108-2628-B-002-013 台湾
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for promoter DNA recognition by the response regulator OmpR.
著者: Sadotra, S. / Lou, Y.C. / Tang, H.C. / Chiu, Y.C. / Hsu, C.H. / Chen, C.
履歴
登録2020年2月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (27-MER)
D: DNA (27-MER)
A: Transcriptional regulatory protein OmpR
B: Transcriptional regulatory protein OmpR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8795
ポリマ－42,7834
非ポリマー961
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, two monomeric proteins in complex with double-stranded DNA
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6840 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.753, 70.753, 165.344
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8276.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8308.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Transcriptional regulatory protein OmpR


分子量: 13099.091 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ompR, NCTC10764_03768 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A376JR14, UniProt: P0AA16*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.77 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.05 M MED monohydrate, pH 5.6, 20% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4,pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→28.73 Å / Num. obs: 8766 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 66.21 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 45.5
反射 シェル解像度: 2.93→3.04 Å / Num. unique obs: 985 / CC1/2: 0.996

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LXL

6lxl


解像度: 2.93→28.73 Å / SU ML: 0.3579 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.8666
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2415 894 10.2 %
Rwork0.1704 --
obs0.178 8766 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 64.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.93→28.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1705 1107 5 0 2817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00952989
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12754266
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055464
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.48341603
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.94-3.120.4367850.2589772X-RAY DIFFRACTION51.75
3.12-3.360.29731270.21321128X-RAY DIFFRACTION75.74
3.36-3.70.30251720.20021482X-RAY DIFFRACTION99.64
3.7-4.230.22751710.16821502X-RAY DIFFRACTION100
4.23-5.320.21421710.1551501X-RAY DIFFRACTION100
5.32-28.730.20861680.14731487X-RAY DIFFRACTION97.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.203706144258-0.212465667685-0.17437125150.3120548818220.1587948219130.155133124239-0.007837181428610.0103121361991-0.00330027965708-0.01053064898150.00424675434938-0.01257462003730.0133151945484-0.0189811233096-0.002729954204262.08486594888-0.175275175920.2648887797832.20863862386-0.007421168175451.826902993395.52860293672-32.6344623306-0.958814146262
20.127020373327-0.061144238885-0.007718879732060.03366161865160.009878891352650.0777561157994-0.006001116741110.02307384313540.01979168309450.2070100872130.0702403928512-0.0596998603151-0.370084614949-0.0833113971469-0.1147919363420.3216837055980.1888017243920.1391737863790.2818487848330.05658613480960.3216980010352.21569711368-12.788087572642.8769365152
30.0577012804765-0.02291062124920.02302438690920.0639731309166-0.01460469588430.00826761781977-0.0261084229920.0141351876820.03540004359550.06276893700580.02756384574230.0165468888375-0.224809959131-0.0122029497020.06063758961810.4661384420070.004839658115670.1593592507580.2537888152880.1804080321170.3490562153178.53607744222-10.067002897940.4979381291
40.1800510099920.118265015117-0.03828443659360.13912367767-0.08543195385660.05896176256530.0174016057936-0.0629254471334-0.03377879895-0.0370611028047-0.1846164111680.1055029464520.08970820308570.0366003534309-0.193099794449-0.565433432172-0.2674544137970.4239424825760.01395623946590.1169338699920.2300265824231.87006250954-24.47474315448.2034021077
50.02045818276220.01039678124550.002050150313090.0203762980556-0.02075888200760.02845969938680.06550860500930.0284744616083-0.162722369002-0.18324969568-0.05140644964290.05166694425960.0777109072762-0.0150207104815-0.00294874373270.177021752136-0.0165431265289-0.04463372737860.1531706260440.1973438118470.1709298108035.13434692818-33.159826347546.8406909097
60.2237309791840.1360216198460.05705333144690.135468841510.09069013019180.5295475364150.02379105326120.00332751438744-0.161698572339-0.06154658829540.05516410843940.133660639146-0.0717366574010.120771700541-0.07626752795440.4917635119280.185161718448-0.02409924935640.254794954922-0.1837259564390.42849913642911.9582408269-37.495636022247.6716644644
70.0829778451828-0.05423124105180.01725448350920.07616610439810.003608380959660.00907573877803-0.02218992765640.08481185350070.121075601387-0.0374023044325-0.00250980618599-0.108477866642-0.1198965512740.151564765477-0.05302479942260.125781204669-0.2048433533890.06338745911840.125149095237-0.0856771423810.41655863222214.0558241026-23.156534073148.5738476029
80.04868457546790.08323573008110.009890097965620.271367246909-0.1064241577530.1258461275340.0881501399365-0.1911961995480.4208804443250.280041269649-0.004794133105950.16252283029-0.2541473267890.05578740268290.1729860043330.368360776795-0.1226434739510.1470632710660.241301414704-0.1047355928070.4131560627158.8949696769-20.378482246857.1605248379
90.0706968429056-0.002165773589020.06088308309220.001796587639070.0007732137173950.08461360689580.0184862632154-0.1590364957060.283725742940.03446509688480.09216173797270.00820006942608-0.25911161299-0.1709509185130.02005449278560.45100057490.02551824443830.1531857126280.440968549525-0.02575253888840.524072964954-4.12506028865-25.27688454362.5728832786
100.030767082008-0.000185547935208-0.03501878403480.02420660300070.007772294317860.06060989032020.1153865060530.01188981347340.0319414625493-0.01352293539330.09650375743160.00973690066849-0.0358339049992-0.09241011025110.013768493850.2959542053830.156400214556-0.17933297040.3698692382250.1312556206940.606080573053-5.92587006696-14.012803508518.3488739422
110.02384461812590.007761009412740.02951837625160.0796592273946-0.03253459764240.05735291718880.01410880350610.193132429373-0.113094954195-0.0449777419655-0.07631805552470.0141447359107-0.142775291851-0.153111453253-0.00217073427710.8881085343410.0620070828984-0.2807981660190.8421732499730.3557554964191.03498897808-4.80623593404-15.668052803311.4498214468
120.0169430184917-0.0118955875195-0.0130798598520.004273183490380.009629859429350.01490307547860.04835781119610.02168560476530.08600396927720.04870370884250.0968087340140.0899501487013-0.0727982079824-0.139335645756-0.008323108353120.8382142541220.1281899796850.04160999347370.9009844454260.3060362398730.373724386264-0.803598731338-10.16739864311.2306974613
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190.07749206457410.1986855489550.2330552149450.7873445158720.374401238220.9178259076290.03989646153940.1723281765640.3162193656890.06392708009950.3313721947670.374069258905-0.176101471617-0.1753750117680.3110207370290.256312543560.01605715651870.09671467086350.2514982247050.09644445324880.371350903913.84586969595-22.867607333728.9119502393
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 20 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 28 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 29 through 47 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 48 through 56 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 57 through 65 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 66 through 77 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 78 through 98 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 99 through 111 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 2 through 12 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 13 through 20 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 21 through 28 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 29 through 40 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 41 through 47 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 48 through 56 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 57 through 65 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 66 through 77 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 78 through 87 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 88 through 102 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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