PDB-6lxm: Crystal structure of C-terminal DNA-binding domain of Escherichia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lxm

タイトル

Crystal structure of C-terminal DNA-binding domain of Escherichia coli OmpR as a domain-swapped dimer

要素

Transcriptional regulatory protein OmpR

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA binding protein Transcription factor / TRANSCRIPTION

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay response regulator activity / phosphorelay signal transduction system / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.412 Å

データ登録者

Sadotra, S. / Chen, C. / Hsu, C.H.

資金援助

台湾, 2件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for promoter DNA recognition by the response regulator OmpR.
著者: Sadotra, S. / Lou, Y.C. / Tang, H.C. / Chiu, Y.C. / Hsu, C.H. / Chen, C.

履歴

登録	2020年2月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月6日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lxm.cif.gz	143.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lxm.ent.gz	113.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lxm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lxm_validation.pdf.gz	482.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lxm_full_validation.pdf.gz	489 KB	表示
XML形式データ	6lxm_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	6lxm_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/6lxm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/6lxm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lxlC 6lxnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5tsc-d 5xcc-d 4yy1-d 7mjr-d 1bdf-d 4rl5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (10) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

C: Transcriptional regulatory protein OmpR

A: Transcriptional regulatory protein OmpR

B: Transcriptional regulatory protein OmpR

ヘテロ分子

40.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Transcriptional regulatory protein OmpR

ヘテロ分子

C: Transcriptional regulatory protein OmpR

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, dimeric form
27.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Transcriptional regulatory protein OmpR

B: Transcriptional regulatory protein OmpR

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.683, 98.683, 92.717
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-58- ARG

#1: タンパク質	Transcriptional regulatory protein OmpR 分子量: 13099.091 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ompR, NCTC10764_03768 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A376JR14, UniProt: P0AA16*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.91 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Potassium phosphate monobasic/sodium phosphate diabasic pH6.2 2.5M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.975 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.41→26.45 Å / Num. obs: 19976 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.974 / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 26.1
反射シェル	解像度: 2.41→2.49 Å / Num. unique obs: 19976 / CC_1/2: 0.893

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: solved structure

解像度: 2.412→26.45 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.62

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2213	1982	9.92 %
R_work	0.1817	-	-
obs	0.1857	19976	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 148.66 Å² / B_iso mean: 45.0144 Å² / B_iso min: 17.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.412→26.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2438	0	98	123	2659
B_iso mean	-	-	89.77	45.18	-
残基数	-	-	-	-	302

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.412-2.4721	0.2631	113	0.2068	1060	82
2.4721-2.5389	0.2642	132	0.2116	1190	93
2.5389-2.6135	0.2767	140	0.2217	1270	98
2.6135-2.6978	0.3163	145	0.223	1299	100
2.6978-2.7941	0.2672	143	0.2282	1287	100
2.7941-2.9059	0.3138	141	0.2092	1304	100
2.9059-3.038	0.2387	143	0.1947	1291	100
3.038-3.1979	0.2536	148	0.2051	1300	100
3.1979-3.3979	0.212	141	0.1913	1311	100
3.3979-3.6597	0.2141	144	0.1718	1307	100
3.6597-4.0269	0.1787	141	0.1502	1312	100
4.0269-4.6072	0.1764	152	0.1435	1323	100
4.6072-5.7953	0.2075	144	0.1639	1348	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8966	0.4603	0.9688	1.6326	0.2019	1.5806	0.2715	-0.2086	-0.1783	0.9375	-0.0181	-0.6196	0.1564	-0.0787	-0.0878	0.5652	0.0378	-0.1674	0.2514	-0.0045	0.319	25.0368	34.5035	24.3428
2	2.2527	-0.176	0.5132	4.1175	1.5373	4.223	-0.1878	0.2154	-0.009	-0.3675	0.3461	0.2094	-0.2178	0.3089	-0.1568	0.3709	0.0062	-0.0079	0.2118	-0.0134	0.3781	25.8781	42.5145	9.7446
3	1.5952	0.7735	-0.6227	1.2855	-0.7297	2.0812	-0.0777	0.2963	-0.163	-0.1392	0.1352	-0.0596	0.2809	-0.0941	-0.066	0.2716	-0.0403	-0.0119	0.2939	0.0294	0.3554	28.9933	37.3799	-15.9107
4	4.4715	-0.776	0.3374	3.876	-0.3683	2.6157	0.1286	0.3332	-0.5183	0.2116	0.3284	0.0782	-0.0434	-0.513	-0.4189	0.3355	-0.0156	-0.0568	0.3985	0.0017	0.3286	2.3731	25.4078	-21.4763
5	2.1748	0.417	-1.1361	2.0664	0.3282	3.0257	-0.0808	-0.1978	-0.3397	-0.0522	0.0195	0.1864	0.1781	0.1909	-0.0481	0.2357	0.026	-0.0555	0.2816	0.0933	0.3025	-0.2463	28.8372	-11.2352
6	1.5684	0.2314	-0.0452	1.5759	-0.4794	2.0338	-0.0073	0.0527	0.0079	-0.1127	-0.1981	-0.1162	0.2053	0.3395	0.2137	0.2442	-0.0043	0.0052	0.4282	0.1318	0.276	7.5596	22.0931	12.6272
7	2.7934	0.0031	0.8086	2.9683	-0.0734	2.9545	-0.1445	-0.3078	-0.5141	0.2941	-0.0937	-0.1016	0.1815	0.0021	0.2193	0.3248	-0.0862	0.0715	0.4215	0.0931	0.3	-2.7654	15.057	19.9149
8	1.3989	0.6338	0.2987	0.5265	0.4502	0.9653	0.1487	-1.0691	0.1527	0.7558	-0.3565	0.2916	-0.7911	0.32	0.1454	0.6161	-0.2114	0.0982	0.6925	-0.0121	0.3089	4.0093	26.9884	28.3273
9	1.2463	2.0394	-0.1324	3.6497	-1.4893	3.8157	-0.3473	0.6635	0.5197	0.1278	0.4077	0.173	0.096	-0.1876	-0.0296	0.3067	-0.0058	0.0383	0.4139	0.0665	0.3468	-2.7634	27.351	12.9119
10	2.5421	0.1742	0.1137	2.1066	-1.0383	6.7048	0.1262	-0.1524	0.1571	0.0805	-0.3521	-0.1673	-0.669	0.7054	0.1737	0.2531	-0.0249	-0.0183	0.3311	0.0436	0.3674	3.1684	38.1112	-5.4557
11	2.3299	-0.6105	-0.1898	2.3329	0.3685	2.4542	-0.0641	0.2812	0.0439	-0.1502	-0.1076	0.1432	-0.1846	-0.0524	0.1136	0.1711	0.0321	-0.0368	0.3174	0.0653	0.3075	-7.7573	37.8491	-16.2319

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 2 through 41 )	C	2 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 42 through 56 )	C	42 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 57 through 102 )	C	57 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 2 through 20 )	A	2 - 20
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 21 through 57 )	A	21 - 57
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 58 through 78 )	A	58 - 78
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 79 through 101 )	A	79 - 101
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 41 )	B	2 - 41
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 42 through 56 )	B	42 - 56
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 57 through 78 )	B	57 - 78
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 79 through 102 )	B	79 - 102

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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